100% tevredenheidsgarantie Direct beschikbaar na je betaling Lees online óf als PDF Geen vaste maandelijkse kosten
logo-home
Eerder door jou gezocht
Eerder door jou gezocht
logo
Volledige samenvatting hoofdstuk 2 methoden in het biomedisch onderzoek 3 €4,99
In winkelwagen
Snel navigeren naar
Voorbeeld
  2.  
  3. Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)
  4.  
  5. Biomedische Wetenschappen

Samenvatting

Volledige samenvatting hoofdstuk 2 methoden in het biomedisch onderzoek 3

1 beoordeling
 1 keer verkocht

Volledige samenvatting hoofdstuk 2 van methoden in het biomedisch onderzoek 3. Hoge punten al bewezen na gebruik van deze samenvatting, 16+/20! alle sequencers op volledige en begrijpbare manier neer geschreven met alle uitleg vandien.

Voorbeeld 4 van de 37  pagina's

Document informatie

  • 16 november 2023
  • 37
  • 2022/2023
  • Samenvatting

Onderwerpen

Geschreven voor

1  beoordeling

review-writer-avatar

Door: mayavounckx • 1 jaar geleden

Verkoper

avatar-seller
lukanys11

Ontvangen beoordelingen

Voorbeeld van de inhoud

Methoden 3 – samenvatting
H1: inleiding

Methoden 3: van één (enkele) molecule(n) naar omics

- Next Generation sequencing = NGS

Multi-omics:




Bulk- vs single cell-omics




 Spatial
omics: ruimtelijke info behouden, cellen bekijken terwijl ze nog in het weefsel zitten
o Fruit bekijken terwijl het nog in de fruitschaal ligt en dus info blijft behouden van
waar in de fruitschaal het zich bevindt.

Interactomics  interacties bekijken

Fluxomics  meten hoe moleculen worden omgezet in een ander en de snelheden  Pathway
analyse.

Gen modulatie: biomedisch probleem bv. ziekte  adhv. omics identificatie gen, proteïne, lipide dat
veranderd is in ziekte  gen modulatie toepassen om functie van gen/lipide/proteïne in ziekte na te
gaan.

DOEL: Concrete vraagstellingen beantwoorden  integratie van methoden.

,H2. DNA
2.1 DNA sequentiebepaling


De novo genoom sequentiebepaling

- Ongekende genomen
- HGP
- Overlappen om zo te achterhalen hoe deze in elkaar passen, repeats zijn een uitdaging!

Resequencing

- Gekende genomen
- Referentiegenoom  achterhalen hoe alle fragmenten in elkaar passen door te mappen tov.
referentiegenoom
- Verschillen tussen individuen
o SNP’s
o Ziekten
- Diagnose, farmacogenetica, etc.

Sequentiebepaling als teller

- #DNA moleculen achterhalen

de novo seq. vs reseq.

,2.1.1. 1ste generatie sequentiebepaling
Maxam & Gilbert = chemische klievingsmethode

- Differentiële chemische klieving van nucleïnezuren in 4 verschillende reacties, gevolgd door
scheiding volgens grootte op gel en visualisatie via autoradiografie
- Strengen radioactief merken
 Relatief korte fragmenten
 Niet helemaal specifiek  sequentie niet altijd eenduidig



Fragmenten merken => knippen zodat maar 1 merker per
fragment is.

Dan verschillende klievingsreacties

- Knippen na een G
- Knippen na een G of A
- Knippen na een C of T
- Knippen na een C

Op gel zetten dan adhv. waar bandjes kan je afleiden
welke base zich op die plek bevindt.
ddNTP = ontbreken van 3’ OH,
deze vormt normaal
fosfodiesterverbindingen in een
DNA met
Sanger sequencing = nieuwsynthese keten
dideoxy-keten
terminatie

Template = gefragmenteerd genoom dat geamplificeerd wordt door cloneren of een specifiek
fragment dat geamplificeerd wordt met PCR.

Polymerase + primer + mengsel van 4 dNTPs + ddNTPs (elke ddNTP met verschillend fluorescent
label). Reactie gaat gwn door bij inbouw van dNTPs maar stopt bij inbouw van een ddNTP. Daar
fluorescente merker.  aflezen in capillaire gelektroforese = elektroferogram, kortse fragment eerst
en zo sequentie bepalen.

- Juiste verhouding dNTPs/ddNTPs
- Betrouwbaarheid verhogen door reactie in beide richtingen uit te voeren  FW en RV
primer
 Beperkt tot ~500nt, lastig met repeats
 €

Phred-Score van elektroferogram:

- 10 = 1/10 bp is fout
- 20 = 1/100 bp is fout
- 30 = 1/1000 bp is fout
 Liefst 20 of 30

,  Sequentie fout vs mutatie?  FW en RV primer ter bevestiging

Craig Venter
Sequentie v.e. individuele mens voor eerste keer. Gedaan adhv. whole genome shotgun
sequencing.

- Random clones, geen mapping
- Sanger

Heel moeilijke data-analyse om alles te assembleren  random korte sequenties zonder mapping
reassembleren

Enorme impact op:

- Technologische ontwikkeling van sequencing
- Bio-informatica
- Visie op delen van data  open science
- Biologische kennis  nagenoeg hele sequentie humane genoom gekend, nu kijkend naar
genetische verschillen en evolutie.
- Etc.

Nieuwe uitdagingen:

- Persoonlijke genoomsequenties van iedereen
 Personalized precision medicine
o Sequentie gekend met SNPs  diagnose, prognose, preventie, gebruik medicatie,
inzicht in aandoeningen
o THERAPIE OP MAAT

 Ethisch!



2.1.2. 2de generatie sequentiebepaling: short-read next-generation
sequencing
DOEL = veel hogere throughput aan veel lagere kost  massale DNA sequentiebepaling mogelijk

Parallelle detectie (Massive parallel sequencing)

- Korte sequenties massief parallel sequencen

Miniaturisatie van reacties

Integratie van het proces (pipeline)

- Directe detectie (<> scheiding fragmenten vie gelelectroforese)



4 basis stappen:
- Stap 1: aanmaak DNA library
- Stap 2: Klonale in vitro amplificaties
- Stap 3: Sequencing/sequentiebepaling
- Stap 4: Data analyse

Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:

Bewezen kwaliteit door reviews

Bewezen kwaliteit door reviews

Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!

In een paar klikken geregeld

In een paar klikken geregeld

Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard en je bent klaar. Geen abonnement nodig.

Focus op de essentie

Focus op de essentie

Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.

Van wie koop ik deze samenvatting?

Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper lukanys11. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.

Zit ik meteen vast aan een abonnement?

Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €4,99. Je zit daarna nergens aan vast.

Is Stuvia te vertrouwen?

4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)

Afgelopen 30 dagen zijn er 68175 samenvattingen verkocht

Opgericht in 2010, al 15 jaar dé plek om samenvattingen te kopen

Start met verkopen
€4,99  1x  verkocht
  • (1)
In winkelwagen
Toegevoegd