100% tevredenheidsgarantie Direct beschikbaar na betaling Zowel online als in PDF Je zit nergens aan vast
logo-home
Samenvatting Theorie Bio-informatica Celine Vens €7,39   In winkelwagen

Samenvatting

Samenvatting Theorie Bio-informatica Celine Vens

 12 keer bekeken  0 keer verkocht

Bio-informatica gegeven door Celine Vens in 2de jaar Bio-informatica Kulak (KuLeuven) Biomedische Wetenschappen, enkel de theorie samengevat

Voorbeeld 4 van de 42  pagina's

  • 23 maart 2024
  • 42
  • 2022/2023
  • Samenvatting
Alle documenten voor dit vak (15)
avatar-seller
sarahvermoere
Bio-Informatica Sarah V.

1. Introduction
Bio-informatica = computationeel beheer en analyse van biologische informatie
Management = beheer: hoe de informatie organiseren en op te slaan
Analyse: hoe haal je kennis uit de informatie


-> 2 sequenties aligneren
-> bank die sequenties bevat van ons DNA
-> databanken overkoepelen
-> sequentie aligneren t.o.v. hele databank



Technieken om het humaan genoom te sequensen werden steeds goedkoper -> daarbij gaan ethische kwesties
gepaard: stel je ontdekt een andere erfelijke ziekte bij een patiënt (moet je dit gaan zeggen of niet?), de vader
is niet de vader (wat te doen?)
Wie mag er die informatie zien bewaren?




Functies van Bio-informatica:
1) Ontwikkelingsproces van geneesmiddelen
-> Identificatie van nieuwe drug targets (bijv. ziektespecifieke eiwitten), veronderstelt kennis van
ziektemechanismen, bv. Door differentiële expressieanalyse
Ontdekking van verbindingen die met het doelwit interageren
-> Gebruik van computationele technieken om geneesmiddel-eiwit interacties te voorspellen.


2) Bio-informatica in de ontwikkeling van breedspectrum antibiotica
-> Eiwitfamilies die geconserveerd zijn in bacteriën en afwezig in eukaryoten definiëren potentiële
doelwitten voor breedspectrum antibiotica
-> Maakt het mogelijk om eiwitfamilies te definiëren die sterk geconserveerd zijn in één levensdomein
en afwezig in andere (zo kunnen we antibiotica ontwikkelen dat enkel bacteriën aanvalt en niet de
mens)




1

, Wij reageren met deze applicaties door een
gebruikersinterface

Grafische interface = je bureaublad op de computer

Niet grafisch = Linux (commando’s typen-


Word, Google, photoshop, R… (alles wat je gebruikt op de computer)

Deze programma’s zijn gemaakt geweest met een programmeertaal
met een bepaalde syntax



Vaak gebruikte besturingssystemen: Windows, Linux en Apple




- CPU (central processing unit) -> doet alles, uitlezen en
uitvoeren programma instructies, hoe snel dat gebeurt wordt
uitgedrukt in GHz, hiervoor zijn programma instructies nodig
en die komen uit het geheugen

- Memory / geheugen -> grote van GB, hetgeen dat van
uw harde schijf gekopieerd wordt naar de CPU

- Harde schijf




 Hoe zien gegevens eruit?

De CPU ziet enkel een reeks van 1’en 0’en passeren (tekst, liedjes, foto’s, video’s…)

De hardware van onze computer ziet dus enkel Bits & Bytes (een 1 of een 0)

k bits: 2k mogelijke waarden

vb. als je 2 bits bekijkt, heb je eigenlijk 4 mogelijke waarden:

- 00 - 01 - 10 - 11



De computer werkt vaak met Bytes -> dit zijn 8 bits

Als de CPU iets inleest vanuit het ramgeheugen is dat per Byte

28 = 256 mogelijke waarden (genoeg voor alle codes op toetsenbord)



2

,Met k bits kan je 2k waarden voorstellen -> dus je kan met k bits het getal 0 tot 2k -1 kan voorstellen

Vb. als je 2 bits hebt -> 22 = 4 -> kan je het getal 0, 1, 2, 3 voorstellen (2 k – 1 = 3)



Stel dat we het getal 4 willen voorstellen binair (hoe de computer het zou zien), wordt dit
beschreven met de binaire string 100

1 x 22 + 0 x 21 + 0 x 20 = 4

Als we dit willen lezen in Bytes = 8 bits voegen we er nullen aan toe tot 8: hier dus 00000100



Voorbeeld met 19 -> dit is 16 + 2 +1 (beschreven met binaire string 10011)

1 x 24 + 0 x 23 + 0 x 22 + 1 x 21 + 1 x 20 = 19

Als we dit willen lezen in Bytes = 8 bits voegen we er nullen aan toe tot 8: hier dus 00010011



Oefening: binaire string is 1101 -> wat is het getal?

1 x 23 + 1 x 22 + 0 x 21 + 1 x 20 = 13



-> ook letters kunnen we doen (ASCII code) vb. letter 1 is code 97




2. Biologische databanken


 Algemeen



Biologische databanken -> data beschikbaar maken voor
wetenschappers + structuur in de data stoppen en op een
logische manier kunnen opslaan



Databank = verzameling gerelateerde gegevens die een bepaalde betekenis heeft

Vb. hotel reservatie maken (getallen/ foto’s/ tekst bevatten)




3

, Flat File DB



 Meest eenvoudige vorm: databank zien als een gewone

tabel Elke rij (record) = 1 gegeven

Kolommen (attribuut) = eigenschap van de gegevens

! problemen: redundantie = informatie kan dubbel voorkomen als een klant bvb. Hetzelfde product
koopt (heel veel herhalingen)

Zo wordt het inconsistent -> foutjes in gebeuren, bvb. Je verhuisd -> 2 verschillende adressen voor 1
klant



Relationele DB




 I.p.v. 1 grote tabel, 3 kleine tabellen met een datatype

Tabel voor alle gegevens van de klant, een voor alle gegevens van de producten en 1 van alle
aankopen

Unieke aankopen = sleutelatributen (kolom)

Vb. Klant wordt uniek geïdentificeerd door een customer ID

Het product wordt uniek geïdentificeerd door een product ID

Een aankoop wordt gedaan door 1 unieke klant, die 1 unieke aankoop doet op een unieke datum



Algemene databanken
(Japan, Amerika, Europa)




4

Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:

√  	Verzekerd van kwaliteit door reviews

√ Verzekerd van kwaliteit door reviews

Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!

Snel en makkelijk kopen

Snel en makkelijk kopen

Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.

Focus op de essentie

Focus op de essentie

Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.

Van wie koop ik deze samenvatting?

Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper sarahvermoere. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.

Zit ik meteen vast aan een abonnement?

Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €7,39. Je zit daarna nergens aan vast.

Is Stuvia te vertrouwen?

4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)

Afgelopen 30 dagen zijn er 73918 samenvattingen verkocht

Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen

Start met verkopen
€7,39
  • (0)
  Kopen