College aantekeningen
uitgeschreven oefeningen bio-informatica Acar - moleculaire technieken
- Vak
- Bio-informatica
- Instelling
- Hogeschool Gent (HoGent)
alle oefeningen van bio-informatica stap voor stap uitgeschreven via databanken
[Meer zien]Voorbeeld 4 van de 34 pagina's
Voorbeeld 4 van de 34 pagina's
In winkelwagen
Voorbeeld van de inhoud
OPDRACHT 1 ANSOFFICIËLE GENNAAM
1a
Wat is de officiële gennaam en het officiële gensymbool van het BLUgen bij de mens?
HGNC à BLU (= alias)
De officiële gennaam is: zinc finger MYND-type containing 10
Het gensymbool is: ZMYND10
1b
Welke databank is het meest geschikt om deze informatie op te zoeken? Geef de lettercode
weer.
HGNC
1c
Geef 1 mogelijk alternatief gensymbool.
- CILD22
- DNAAF7
,GENBANK
2a
Wat heeft accessienummer NM_001446 in de nucleotide databank van het NCBI?
NCBI à nucleotide à NM_001446
= mRNA sequentie
2b
Geef de specifieke naam/definitie van de sequentie met accessienummer NM_001446 in de
nucleotide databank van het NCBI.
NCBI à nucleotide à NM_001446
= Homo sapiens fatty acid binding protein 7 (FABP7), transcript variant 1, mRNA
2c
Hoeveel exonen bevat deze sequentie volgens deze genbank file?
Feautures à exonen tellen
= 4 exonen (Bij genen met veel exonen worden ze vaak genummerd. Dan kan je naar het
laatste exon gaan onder de features en bij 'number' het aantal exonen aflezen.)
,2d
Wat is de locatie van deze sequentie?
Features à location à map
= 6q22.31
2e
Hoe groot is het fragment dat vertaald wordt naar eiwit? Geef het overeenkomstige
accessienummer weer van dit eiwit in de genbank en de bijhorende sequentie in FASTA
formaat.
CDS à NP_ …
Voor FASTA eiwit: klikken op NP_001437.1 à FASTA
Grootte = 478-80+1(!!!) = 399 nucleotiden
Accessienummer = NP_001437.1
FASTA =
MVEAFCATWKLTNSQNFDEYMKALGVGFATRQVGNVTKPTVIISQEGDKVVIRTLSTFKNTEISFQLGEE
FDETTADDRNCKSVVSLDGDKLVHIQKWDGKETNFVREIKDGKMVMTLTFGDVVAVRHYEKA
, WELK GEN BIJ WELK EIWIT?
3a
XP_001138587
XP = proteïne à NCBI à protein à XP_001138587 à CDS
= ATP5H
3b
XP_016775240.1
XP = proteïne à NCBI à protein à XP_016775240.1 à CDS
= INS
GEN OP CHROMOSOOM
Vb: chromosoom 4
4a
Zoek alternatieve namen (alias) voor het gen.
NCBI à gene à 4q22 homo sapiens àcategories: protein coding
= NACP, PARK1, PARK4, PD1
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper joellel3s. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €6,46. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 73918 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen