Dit document omvat de samenvatting (info slides + lesnotities) van les 5 van het vak 'genome technology and applications'. Les 4 was gewoon een inleiding van NGS voor de taak. Hierbij moet je in groep een presentatie geven over een bepaalde NGS techniek.
Model organisms, compara1ve genomics and evolu1on
Model organisms
- Used to increase basic knowledge of cells and organisms
- Understand differences between species
- Insights into pathogenesis of diseases and poten9al new treatments
- Number of important model organisms
o Less complex: unicellular organism
o Vertebrates and non-vertebrates
o Mice and rats have been very important
o Maybe you can add the primates -> most close to the human situa9on
§ Expensive and ethical issues
- Important to research development
Model organisms and genome sequencing
- Already at the start of the Human Genome Project it was stated that it would also be
important to sequence other organisms
- Smaller organisms were considered as pilot projects
- Insights in evolu9on and differences between species
Unicellular organisms
- Rapid genera9on 9me
o You need a lot of copies for sequencing
- Easy large scale cultures
- Important
o Economically (food, waste processing, produc9on drugs)
o Some are pathogenic
§ For that reason is important to know their func9on
§ Some bacteria causes ulcers in a human situa9on -> important to have a idea of the
organ func9on
- Specific characteris9cs
o high temperature, extreme pH
§ Taq polymerase: enzyme that can work in very high temperatures
- Cellular mechanisms similar to eukaryotes
- Homologous genes in eukaryotes
Bacteria
- In general small : feasible for genome sequencing
- 1 st Sequencing : Haemophilus influenzae
, o 1.83 Mb genome (limited size of the genome)
o Performed in 1995 with shotgun sequencing strategy
§ Isolate DNA -> make fragments -> sequence and a^er that you try to assembly the
fragments
o First free living organism that was sequenced
- Other bacteria
o Sanger Center sequenced many
o Currently several hundreds are sequenced for different reasons:
§ Medical relevance (Helicobacter Pylori, pep9c ulcers)
• Ulcers can be caused by Helicobacter pylori
§ Evolu9onary important (Archaeabacterie Methanococcus Jannaschii)
• Important to establish evolu9on
§ Model organism in research (E. coli, 4.6 Mb)
• Most use in life sciences research
Saccharomyces cerevisiae
- Unicellular yeast
- Gene9cally important model organism
- Many cellular processes are conserved up to human
- Sequenced by team lead by Prof. André Goffeau, UCL, Louvain-la-Neuve in 1996
- First sequence of eukaryo9c cell
- 6340 genes
- 60 % new genes without a known func9on in yeast
- Many genes homology with genes from mammals: 25% genes with unknown func9on
- First gene where introns and exons that are defined
- Important for research of life sciences
Mycoplasma genitalium
- Parasite of human genitalia
o Can grow on its own
- 482 genes
- 530 kb (known since 2008)
- Smallest genome, minimal genome?
o Minimal set of genes to have something surviving?
§ It’s quite close to it, so maybe this set of genes is close to the minimal set of genes
to have something survival
- First synthe9c model organism
o 10000 oligonucleo9des of 50 bp
§ Noval organisms by making use of these set of genes, by making a large number of
oligonucleo9des and binding them
=> Synthe9c biology, ar9ficial life
- Knocking out the genes to see which of the genes are essen9al to survive
Invertebrates
- Possible to study cell-cell interac9ons
- Easy and inexpensive
- Some9mes they lack important organs (central nervous system, immune system, skeleton)
- Homologous genes invertebrates
- High throughput drug screening
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper evagoormans. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €7,46. Je zit daarna nergens aan vast.
