Dit document omvat de samenvatting (info slides + lesnotities) van les 6 van het vak 'genome technology and applications'. Les 4 was gewoon een inleiding van NGS voor de taak. Hierbij moet je in groep een presentatie geven over een bepaalde NGS techniek.
Copy number Varia/on in Human Health and Disease
Varia%on in the human genome
- Human genome
- 22 chromosomes
“The” sequence of the Human Genome
- We are not iden4cal, so no one has the ‘the’ sequence of the human genome
- What can explain the differences between people?
Single Nucleo%de Polymorphism (SNP)
- On average 1 SNP / 700bp
- Long thought to be the major source of human varia4on
- We differ from each other in terms of SNPs
o SNPs = differences in base paires one predefined posi4ons in the genome
- The varia4on is more of less constant in Europe/Asia/America, in Africa the varia4on
is much higher
Down syndrome - trisomy 21
- One extra chromosome 21
- There is also trisomy 18 -> don’t live very long
- All the other trisomies are lethal
Prader-Willi syndrome
- Obese
- Small hands
- Small feet
- Intellect disabled
- Dele4on of chromosome 15 -> cause of the prader willi syndrome
FISH
- Fluorescent in situ hybdridisa4on (FISH)
- You denature DNA
- You make of the deleted piece a probe -> label it (fluorescent label)
- That piece of DNA will search for the complementary DNA -> probe signal on the
chromosome
- Take another probe -> look at the other chromosome
- You need to repeat this, probe per probe
- Very difficult to upscale this
Principle of array-CGH
- Probes were brought on an array
- The whole genome is brought into small vectors
- You label the DNA green and you compare that with a control (healthy individual)
o You combine
§ Dele4on -> only one of the two chromosomes 15 -> less green and more
red (two copies of the reference DNA)
§ No change -> yellow
- In one array you can analyze the whole genome
- There is a laser that reads the intensity and it makes a log ra4o
o Around zero -> reference
o Nega4ve -> dele4on
, o Posi4ve -> duplica4on
- Schema4c representa4on: why not exactly zero -> because it is a biological
experiment
o Noise
o Not every probe has the same quality
- What would you do next ?
CNV in the control popula%on
- Only if you compare with a control you can conclude certain things)
- At some of the posi4ons you see a lot of duplica4ons and dele4ons -> hotspot in the
genome
- Also dele4ons and duplica4on at random posi4ons
à There seems to be a varia4on in the human genome (SNPs + CNV)
Defini%on
DNA copy number variants, defined as stretches of DNA larger than 1 kb that display copy
number differences in the normal popula4on
CNV is a subtype of structural varia%on
- Three groups:
o Gain:
§ Inser4on
§ Duplica4on
o Loss:
§ Dele4on
• Replacement:
§ Inversion
§ Transloca4on
How frequent are CNVs
- Ini4al maps showed > 10% of genome to be copy number variant
- 4% of the genome more realis4c es4mates
Mechanisms of rearrangements
- HR
o For example crossover during meiosis
o Different rearrangement/combina4on
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper evagoormans. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €7,06. Je zit daarna nergens aan vast.
