Dit document omvat de samenvatting (info slides + lesnotities) van les 8 van het vak 'genome technology and applications'. Les 4 was gewoon een inleiding van NGS voor de taak. Hierbij moet je in groep een presentatie geven over een bepaalde NGS techniek.
Iden%fying gene%c cause in know gene%c disorders
Miller syndrome
- Limb abnormali%es
- Eye lid problems
- …
- Different pa%ents reported independently - > gene%c disorder
- What is the cause of the gene%c disorder?
o Parents are related -> autosomal recessive
How to proceed?
- Look at a few families
o Look at the variants in all the desease pa%ents
o There is one gene that is responsible or the variant is specific for that pa%ent?
§ Do you need to sequence everything?
• No, a small part are coding sequencing -> whole exome sequencing (1-
2% of the genome is the exome)
Whole exome sequencing
- All genomic sequences
o Blue = exons
o Red = non coding sequences
- Shearing DNA -> adap%ng liga%on -> add probes and these contain all the exonic
sequences -> bio%n label -> you capture -> you mix the two sequences -> bind to the
coding sequences -> take out the bio%n, so all the coding sequences
- Shearing -> add adapters -> probes bound to the array (only probes for the exonic
sequences) -> blue ones are bound -> red ones are washed way -> whole genome
sequencing
- S%ll expensive
, Databases for normal varia<on (control popula<ons sequences0
o Substract the normal varia%on -> you see abnormali%es
Muta<ons in DHODH gene
Iden%fying novel, as yet unknown gene%c disorders
Trio approach
- De novo muta%on = muta%on in the child, but not in the parents
o Like down syndrome, but also intellectual disorders
- Look at the father, mother and child
o Abnormality also present in the mother -> not the cause for the disease
§ Same for father
o Abnormality in child, but not in parents -> related to the disease
- Not all the novel varia%ons cause the disease
Variant calling
- Sequence father, mother and child
- Lot of raw data -> filtering steps with bioinforma%cs-> 1 of 2 de novo variants
Example from own research
- Sequence all the exomes, from the child, the father and mother
- 4 bp del in ADNP was found
o Causes frameshiV introducing stop codon
o Looked in control databases -> found nothing
ADNP gene
- Expressed in brain
- Zinc fingers/homeobox domain: poten%al transcrip%on factor
- Involved in neurogenesis
- Involved in heart development
- Homozygous KO mice are embryonically lethal
- Heterozygous KO mice have cogni%ve & behavioral problems
Look to other muta<ons
- One descrip%on of a group that found two muta%ons in the gene
o MIP sequencing to sequence large numbers of candidate genes
- 10 pa%ents with trunca%ng muta%ons in ADNP
- The de novo muta%ons in ADNP cause new au%sm syndrome
How about genes with only a single muta<on
- MIPs technology comes in the picture
Would you not like to screen a large set of pa%ents ?
- MIPs is useful for this
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper evagoormans. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €6,76. Je zit daarna nergens aan vast.
