Samenvatting

Summary Oplossing practicum 3 tot 5 - data mining

0 keer verkocht

Instelling
Universiteit Antwerpen (UA)

Complete oplossing (en opgave) van practicum 3 tot 5 in het engels. Ook samenvatting van de bijhorende ppt. Bevat codes en screenshots van de oplossingen in R. Alles is heel snel en makkelijk vindbaar en duidelijk onderverdeeld in de verschillende practica. Dit is het deel dat op het eindexamen ...

[Meer zien]

Voorbeeld 4 van de 117 pagina's

Bekijk voorbeeld

Geupload op 13 september 2024
Aantal pagina's 117
Geschreven in 2024/2025
Type Samenvatting

€6,69

In winkelwagen

Op verlanglijstje

100% tevredenheidsgarantie
Direct beschikbaar na je betaling
Lees online óf als PDF
Geen vaste maandelijkse kosten

PRACTICAL 3
SUMMERY SLIDES

Automation, add-on packages and reshaping

AUTOMATION OF REPETITIVE ANALYSES

Dataset

• Genetic analysis of age-related hearing impairment

• Phenotype : Z-score

- Standardized measure for hearing quality

- Lower Z-score = better

• Association between Zscore and genotype

- SNP genotype : aa, ab, bb

• ANOVA : SNP GT = categorical

• Regression : SNP GT = 0,1,2

• Find SNP associated with phenotype

2 ways to analyse this

1) consider genotype categorical variable and do one way anova

2) Consider genotype to be a nr (count nr of rare alleles) (bb has 2 rare alleles)

Repetitive analysis

• Regression :

- one dependent numeric variable (Y)

- several independent (X) variables

• Regress Y on all separate X-variables

- à several times simple linear regression/ANOVA

1

,Y Xvar1 Xvar2 Xvar3 Xvar4
5.71 aa ab aa ab
-0.93 aa ab ab aa
2.58 ab bb bb aa

In columns the genotype

In the regression, the Y, the numeric phenotype = dependent variable (outcome)

We want to know p, which associations are significant

Don’t run all individually (anova) à smarter ways to do it trough R

R is useful for repetitive analysis

For the first Xvariable
myModel<- lm(Y ~ Xvar1)

For the second Xvariable
myModel<- lm(Y ~ Xvar2)

For the third X variable
myModel<- lm(Y ~ Xvar3)

• 1 analysis:

• myModel<- lm(Y ~ allXvars[,1])

For the first X variable
myModel<- lm(Y ~ allXvars[,1])

For the second X variable
myModel<- lm(Y ~ allXvars[,2])

For the third X variable
myModel<- lm(Y ~ allXvars[,3])

Could also run
i<-1
myModel<- lm(Y ~ allXvars[ ,i])

i<-2
myModel<- lm(Y ~ allXvars[ ,i])

i<-3

2

, myModel<- lm(Y ~ allXvars[ ,i])

Than have everytime the same formula, but you change i
Can ask R that i goes trough all the values

For-loop

• Let i run through all values from i to n, for all commands within the {curly braces}

for(i in 1:3) {

myModel<- lm(Y ~ allXvars[ ,i])

}

In curly brackets put value that i needs to run trough

Will be executed for i= 1, i=2, i=3

Parameter estimates in a loop

• Suppose in each step you estimate a parameter or a p-value
• First create empty vector to save the output from each step
p.value<-rep(NA,3)
for(i in 1:3) {
myModel<-lm(Y ~ allXvars[ ,i])
p.value[i]<-anova(myModel)[1,5]

We need p-values

Have to extract p value from that model, but we don’t want to overwrite the p-value

Have to extract and store it somewhere

First create an empty vector

Rep=repeat

Before start loop, create empty vector with 3 spaces

In the first loop you assign the result of the p value to the first place of the empty vector

When R has finished the loop, the vector has been filled and contains all p values of all loops

Automation with new function
• Piece of script, to be carried out multiple times
Data<- read.table(“input_1.txt”)
p.value<-t.test(…)
write.table(p.value,file=“output_1.txt”)

• 3 similar input files

3

, Data<- read.table(“input_1.txt”)
p.value<-t.test(…)
write.table(p.value,file=“output_1.txt”)
Data<- read.table(“input_2.txt”)
p.value<-t.test(…)
write.table(p.value,file=“output_2.txt”)
Data<- read.table(“input_3.txt”)
p.value<-t.test(…)
write.table(p.value,file=“output_3.txt”)

• Wrap the piece of code into a new function
- Give name to function
- List necessary arguments
- Use argument names in the code

doMyAnalysis<- function(inputfile,outputfile) {
Data<- read.table(inputfile)
p.value<-t.test(…)
write.table(p.value,file=outputfile)

To run the new function

• Initialize the new function
- Select code and run
- Each time you restart R
- No output
• Run
doMyAnalysis(“input_1.txt”,”output_1.txt”)
doMyAnalysis(“input_2.txt”,”output_2.txt”)
doMyAnalysis(“input_3.txt”,”output_3.txt”)

Further automation

• Using a list object
- Consists of other objects (elements)
- Individual elements accessed by double square brackets
list.object[[i]]
• Here
- Put input files and/or output files in a list
- 1 list-objects, containing the 3 input-dataframes

Combine list and for-loop

• First create empty list
Mylist<-vector(“list”,n.elements)

• Read in the 3 inputfiles

4

Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:

Bewezen kwaliteit door reviews

Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!

In een paar klikken geregeld

Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard en je bent klaar. Geen abonnement nodig.

Focus op de essentie

Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.

Van wie koop ik deze samenvatting?

Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper paulienmeulemeester. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.

Zit ik meteen vast aan een abonnement?

Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €6,69. Je zit daarna nergens aan vast.

Is Stuvia te vertrouwen?

4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)

Afgelopen 30 dagen zijn er 69411 samenvattingen verkocht

Opgericht in 2010, al 15 jaar dé plek om samenvattingen te kopen

Start met verkopen