Samenvatting
Samenvatting Methoden in het biomedisch onderzoek 3
- Instelling
- Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)
Samenvatting Methoden in het biomedisch onderzoek 3
[Meer zien]Voorbeeld 4 van de 175 pagina's
Voorbeeld 4 van de 175 pagina's
In winkelwagenVerkoper
Volgen
Voorbeeld van de inhoud
InhoudsopgaveMETHODEN IN BIOMEDISCH ONDERZOEK 3 ........................................... 5
3.1 INLEIDING ............................................................................................ 5
3.2 DNA: DRAGER GENETISCHE INFORMATIE...................................................... 6
3.2.1.1 1STE GENERATIE SEQUENTIENEPALING ....................................................... 9
3.3.1.2 2DE GENERATIE SEQUENTIEBEPALING .................................................... 11
3.2.1.3 3DE GENERATIE SEQUENTIEBEPALING .................................................... 30
3.2.1.4 EPIGENETICA SEQUENTIEBEPALING ...................................................... 32
3.2.1.5 Single-cell sequen3ebepaling ........................................................ 34
3.2.2 DNA GENOTYPEREN ............................................................................... 36
3.2.2.1 Short tandem repeat genotypering ............................................... 38
3.2.2.2 Taqman genotypering.................................................................... 40
3.2.2.3 Microarrays (voor bepaling DNA sequen3e varia3e) .................... 41
3.2.3 DNA HYDRIDIZEREN ............................................................................... 46
3.2.3.1 FISH ............................................................................................... 47
3.2.3.2 CGH ............................................................................................... 47
3.3 RNA ................................................................................................ 47
3.3.1 RNA MICROARRAYS ............................................................................... 49
3.3.2 RNA SEQUENCING RNA-SEQ (BULK) ......................................................... 54
3.3.2.1 short read cDNA sequencing ......................................................... 54
3.3.2.2 long read cDNA sequencing .......................................................... 57
3.3.3 SINGLE-CELL RNA SEQUENCING (SCRNA-SEQ) ............................................. 57
3.3.4. SPATIAL TRANSCRIPTOMICS ..................................................................... 63
3.4 EIWITTEN ........................................................................................... 67
3.4.1 EIWIT SEQUENTIBEPALING ........................................................................ 68
3.4.1.1 Edman degrada3e ......................................................................... 68
3.4.1.2 eiwit sequen3ebepaling via massa spectrometrie ........................ 68
3.4.2.1 Bulk analyse: proteomics op eiwitextracten.................................. 70
3.4.2.2 Single cell proteomics.................................................................... 76
1
,3.4.2.3 Spa3al proteomics ......................................................................... 79
3.4.3 3D STRUCTUURBEP ALING .................................................................... 81
3.4.3.1 X-straaldiffrac3e en kristallografie................................................. 82
3.4.3.2 NMR spectroscopie ....................................................................... 89
3.4.3.3 Cryo-elektronenmicroscopie (Cryo-EM) ........................................ 90
3.4.4 EIWIT- EIWIT EN EIWT-LIGAND INTERACTIES ................................................. 90
3.4.4.1 Yeast-2-hybrid en mammalian 2-hybrid ........................................ 91
3.4.4.2 Affinity pull-down .......................................................................... 93
3.4.4.3 Co-immunoprecipita3e (co-IP) ...................................................... 94
3.4.4.4 FRET en BRET ................................................................................. 95
3.4.4.5 Bindingsarrays ............................................................................... 96
3.4.4.6 Surface plasmon resonance .......................................................... 97
3.4.4.7 phage display ................................................................................. 97
3.4.4.8 Proximity liga3on assay ................................................................. 98
3.4.4.9 Ligand – receptor bindingstudies .................................................. 99
3.5 ANALYSE VAN METABOLIETEN EN LIPIDEN .................................................. 100
3.5.1 SPECIFIEKE TESTEN VAN INDIVIDUELE METABOLIETEN .................................... 101
3.5.2 METABOLOMICS ................................................................................... 102
3.5.3 METABOLE FLUX ANALYSE ....................................................................... 105
3.5.4 ANALYSE VAN LIPIDEN ............................................................................ 106
3.6 ANALYSE VAN GENTRANSCRIPTIE REGULATIE .............................................. 121
3.6.1 NASCENT RNA ANALYSES ...................................................................... 121
3.6.1.1 Run-on assays .............................................................................. 121
3.6.1.2 Andere nascent RNA analyse methoden ..................................... 123
3.6.1.3 Imaging-gebaseerde nascent RNA analyse methoden ................ 126
3.6.2 PROMOTOR REPORTER STUDIES............................................................... 126
3.6.3 ANALYSE VAN DNA-PROTEÏNE INTERACTIES ............................................... 127
3.6.3.1 DNAse footprin3ng ...................................................................... 127
3.6.3.2 EMSA: electrophore3c mobility shi` assay ................................. 128
3.6.3.3 Open chroma3ne assays ............................................................. 129
3.6.3.4 ChIP, ChIP-chip en ChIP-seq ......................................................... 132
3.7 DATA-ANALYSE EN DATABANKEN ............................................................ 133
2
,3.7.1.1 Literatuur ..................................................................................... 134
3.7.1.2 Data Respositora ......................................................................... 135
3.7.1.3 Data placormen .......................................................................... 135
3.7.2 DATA ANALYSE ..................................................................................... 137
3.7.2.1 Annota3e van genlijsten .............................................................. 137
3.7.2.2 interac3enetwerken .................................................................... 138
3.7.2.3 structuuranalyse van biomoleculen ............................................ 138
3.8 MODULATIE VAN GENEXPRESSIE ............................................................. 140
3.8.1 ONDERDRUKKING VAN GENEXPRESSIE VIA ANTISENSE TECHNOLOGIE ................ 140
3.8.1.1 An3sense oligonucelo3de ........................................................... 140
3.8.1.2 RNA interferen3e (RNAi) ............................................................. 141
3.8.2 GENDISRUPTIE, MUTAGENESE EN EDITING .................................................. 146
3.8.2.1 transposons ................................................................................. 146
3.8.2.4 CRISPR genoommodifica3e ......................................................... 151
3.8.3 ECTOPISCHE EXPRESSIE EN OVEREXPRESSIE ................................................ 161
3.8.3.1 directe mRNA injec3e.................................................................. 161
3.8.3.2 DNA vectoren .............................................................................. 162
3.8.4 GERICHTE PROTEÏNE DEGRADATIE ............................................................. 166
3.8.4.1 Condi3onele degrons .................................................................. 166
... 168
3
, ... 168
3.8.4.2 Bifunc3onele moleculen ............................................................. 168
3.8.4.3 TRIM away ................................................................................... 169
3.8.5 METHODEN VAN GENTRANSFER ............................................................... 169
3.8.5.1 transfec3e ................................................................................... 169
3.8.5.2 Transduc3e .................................................................................. 172
4
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper caromonteny. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €8,16. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 72042 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen