Opgeloste oefeningen vanuit de les ter voorbereiding voor het examen Bioinformatica. Door deze oefeningen te kennen & aan de hand van de uitwerking erlangs behaalde ik een 16/20 in eerste zit.
OEFENINGEN & OPLOSSINGEN
LES 1 – INTRODUCTIE DATABANKEN
- Zonder PMID; enkel nummer ingeven
- Which gene → E2F1
- NM identifier → NM_005225.3
- Display FASTA, genbank en Graphics → gelukt
- Download Genbank flatfile → gelukt
- Download flatfile using DBFetch → website van
slides ervoor gebruiken en daar invullen
UniProt nummer → P69905
FASTA download → gelukt (eerste FASTA optie)
GFF download → gelukt
- Pubmed ID: PMID: 7926722
- IN UNIPROT → Signal sequentie: (control+F naar
signal) of via ‘PTM/Processing’ 1-25 →
MENSLRCVWVPKLAFVLFGASLFSA (staat gewoon
onder het pijltje)
SOX 2
- 1 mRNA
- Regulation of embryonic development
- mRNA & protein: check
- Meerdere bindingen van structuren: entrezgene →
sox2 ingeven → hierop klikken → rechts staat lijst
met ‘relevante information’ → hier staat 3D
structures (kan je de PDB ID vinden van alle
structuren)
- Uniprot: Family & Domains → InterPro → scrollen
naar beneden ‘domains’ → overzicht als je hierover
gaat met muis
MYC
- 2 mRNA
- Proto-oncogen: role in cell cycle progression,
apoptosis and cellular transformation
- mRNA & protein: van isoform2 check
- 12 structuren
- 8 domeinen vermeld bij InterPRO
1
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper flowerbiomed. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €8,17. Je zit daarna nergens aan vast.