Samenvatting
Samenvatting Moleculaire diagnostiek
- Instelling
- Thomas More Hogeschool (tmhs)
Samenvatting moleculaire diagnostiek, flashcards te vinden op quizlet (gebruikersnaam: Anouk_Lambrechts)
[Meer zien]Voorbeeld 3 van de 30 pagina's
Voorbeeld 3 van de 30 pagina's
In winkelwagen
Voorbeeld van de inhoud
Moleculaire diagnostiek1. Inleiding tot opsporen van DNA-variaties
1.1 Op niveau van chromosomen
1.1.1 Polyploïdie en trisomie
• Polyploïdie
o Het aantal chromosomen in een cel is groter dan 2
• Trisomie
o Van een chromosoom zijn er 3 stuks aanwezig
o Ontstaan door non-disjunctie tijdens de meiotische deling
1.1.2 Chromosomale translocaties
• Reciproke
o Wederkerige uitwisseling tussen DNA-segmenten van
2 niet-homologe chromosomen
• Niet-reciproke translocaties komen eveneens voor en hier
gaat het veelal over inversies binnen hetzelfde chromosoom
• Mogelijke gevolgen voor fenotype na translocatie:
o Breekpunt kan in een gen liggen en functie verstoren
o Gen kan onder invloed van andere promotor komen
o Breekpunt kan in een gen liggen en er kan een
hybride gen gecreëerd worden
1.1.3 Chromosomale deleties en inserties
• Deletie = verwijderen
• Insertie = toevoegen
1.1.4 Duplicaties
• Ontstaan door oneven crossing-over
tijdens de meiose, waarbij een
chromosoom tweemaal een bepaald DNA-
fragment draagt
1.1.5 Trinucleotide repeats
• Herhalingen van 3 nucleotiden hebben
verhoogd copy nummer tot ze de threshold
over gaan en worden ze onstabiel
1.2 Op niveau van DNA
1.2.1 SNPs en INDELs
• SN(i)Ps = single nucleotide polymorhism (basepaarsubstituties)
• INDELs = samentrekking van kleine deleties en inserties
• Missense mutatie = basensubstitutie leidt tot een aminozuur verandering
• Nonsense mutatie = codon verandert in STOPcodon, verkorte eiwit is meestal niet
functioneel en wordt snel afgebroken door de cel
• Anti-nonsense mutaties = stopcodon muteert naar codon voor een AZ, eiwit wordt langer
• Silent mutaties = basenpaarverandering geeft geen aanleiding tot AZ-verandering
1
, • INDELs-basenpaardeleties en inserties = deletie of insertie van 1 of meerdere basenparen in
coderende regio kan leiden tot verschil in fenotype
• Splice site mutaties = tijdens verwijderen van intron uit de pre-mRNA wordt er gebruik
gemaakt van consensussequenties, als signaalnucleotiden veranderen, wordt de splice-
machinerie van cel misleid en het intron wordt niet of deels verwijderd
• Transcriptionele mutaties = mutaties in 5’ of 3’-flankeerde genregio’s die het transcriptie
niveau van het gen veranderen
• Mutaties die translatie aantasten = door mutatie kan de efficiëntie van de mRNA binding
aan het ribosoom veranderen
1.2.2 Epigenetische variatie op DNA methylatie van C-residuen
2. Moleculaire diagnostiek
2.1 Moleculaire diagnostiek: wat en waarom?
• qPCR
2.2 Aandoeningen die bestudeerd worden in MD
• Monogene erfelijke aandoeningen
• Somatische defecten
• HLA-typering
• Infectieuze MO
2.2.1 MD voor erfelijke aandoeningen, verschillende levensstadia
• Chronologisch onderscheiden we volgende testen
o Pre-implantatie
o Prenataal
o Postnataal
▪ Neonataal (direct na de geboorte)
▪ Presymptomatisch
▪ Dragerschap bepalingen
2.2.1.1 Pre-implantatie
• Via PCR-onderzoek op embryonale stamcel van in vitro bevrucht embryo
2.2.1.2 Prenataal
• Testen op foetus
• Verschillende manieren om DNA van de foetus te verzamelen:
o Amnioncentese of vruchtwaterpunctie: 16-20 weken
▪ Cellen uit vruchtwater onderzocht op eventuele chromosoomafwijking
▪ Cellen in cultuur gebracht en gekweekt
▪ Na 3 weken resultaat
o Chorionvillibiopsie of vlokkentest: 9-12 weken
▪ Via buikwand of via vagina
▪ Stukje weefsel van placenta genomen
▪ Veel eerder uitvoerbaar
▪ Uitslag na enkele dagen beschikbaar
o NIPT (non invasieve prenatale test)
▪ Bloedonderzoek dat ten vroegste op 12 weken uitgevoerd kan worden
▪ DNA van baby dat in moederlijk bloed terecht is gekomen onderzocht
2
, 2.2.1.3 Neonataal
• Net na geboorte
• Aantal metabole aandoeningen
2.2.1.4 Presymptomatisch
• Eventuele mutaties opsporen, alvorens ziekte tot uiting komt
2.2.1.5 Carrier detectie
• Voor recessieve aandoeningen
3. Overzicht van de technieken
• Gekende variaties = gericht een bepaalde variant analyseren
• Ongekende variaties = nagaan of in DNA-sequentie variaties voorkomen
o Nieuw geanalyseerde DNA vergelijken met referentie
• Voor gekende ‘grotere’ mutaties (deleties, inserties, trinucleotidenexpansies,
translocaties,…)
o PCR en scheiding van de amplicons volgens lengte
o Multiplex-PCR en MLPA voor exondeleties in Duchenne spierdystrofiepatiënten
o FISH
o Southern blotting
• Voor gekende SNPs en INDELs
o Restrictie-enzym gebaseerde methoden
▪ RFLP-analyse
o Allele specific oligonucleotide (ASO) assays
▪ Hybridisatie aan capture probes, gebonden op vaste dragers
• Dot of slotblot assays
• SNP-chip
▪ Hybridisatie in oplossing
• Allel specifieke-PCR
• Via molecular beacons, FRET, lineaire probes
• Smeltcurve-analyse
o Ligatie-gebaseerde methoden
▪ OLA LCR
▪ MLPA
• Voor onbekende SNPs en INDELs
o SSCP (single strand conformation polymorphism)-analyse
o Heteroduplex analyse
• Voor gemethyleerde DNA-sequenties
o Restrictie-enzymdigesten
o Methylatiegevoelige PCR-bisulfietmethode
• High throughput SNP-detection
o SNP-minisequencing
o Pyrosequening
o Next en third generation sequencing
3
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper Anoukl1. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €4,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 66579 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen