Dit is een volledige samenvatting van het vak Scheiding en Zuivering van Biomoleculen gegeven door Xaveer Van Ostade en bevat ook de extra informatie die tijdens de les gegeven is.
Het bevat:
1. Algemene inleiding
2. Celcultivatie en Fractionatie
3. Scheiden en zuiveren van cellen
4. Centrifugatie...
SAMENVATTING
Scheiding en Zuivering van Biomoleculen
UA
, Hoofdstuk 1
Algemene inleiding
Doel van biochemische analyse
Biochemie is de studie van chemische processen in levende organismen met als doel het begrijpen
van het moleculaire werkingsmechanisme van de cel. De technieken die aan bod komen bij een
biochemische analyse zijn: a. staalvoorbereiding, b. zuivering en isolatie van bio-componenten uit het
staal, c. identificatie/ karakterisatie en kwantificatie van biomoleculen.
Design van een biochemisch experiment
Dit is een meer-stappenproces!
a. Identificatie van het onderwerp
b. Literatuur: men doet onderzoek naar het reeds verrichte onderzoek en vorige hypotheses
c. Formulering van vraagstelling of hypothese
d. Selectie van biologische systeem: afhankelijk van het experiment een species kiezen en in
vitro of in vivo werken.
e. Identificatie van de variabele die we zullen bestuderen en nagaan van andere variabelen die
men gecontroleerd moet houden zodat de gekozen variabele, de enige variabele is.
f. Design van het experiment: keuze materiaal en apparatuur met oog op veiligheid
g. Uitvoering: belangrijk om controle op te stellen bij onbehandeld staal
h. Analyse van resultaten en eventueel statistisch onderzoek
i. Conclusie formuleren
j. Eventueel nieuwe hypotheses voor verdere experimenten
Belangrijke opmerkingen:
- Negatieve resultaten zijn ook nuttig!
- Notities nemen bij proces
- Controles opstellen want anders waardeloos experiment
a. Positieve controle
b. Negatieve controle
c. Andere controles bijvoorbeeld bij moeilijke parameters die gelijk moeten blijven
Vraagstelling+
Verdere motivatie:
experimenten WAT,
WAAROM?
Experimentele
Conclusie setup en
controles
Bespreken van
opvallende Resultaten
resultaten
Analyse en
Statistiek
,Cyclus van een wetenschappelijk experiment
Meeteenheden
SI Units zijn de algemeen aanvaarde eenheden die geconvergeerd kunnen worden naar andere units
of door conversie uit andere units verkregen worden.
Dit is zoals bij Fysica!
Oplossingen: concentraties
Een oplossing is een homogeen mengsel van een of meerdere substanties in een vloeibare
component. De concentratie van de substanties in de oplossing geeft de hoeveelheid weer van elke
substantie in een bepaalde hoeveelheid solvent. Meestal is het in weight per volume maar soms ook
volume op volume of weight over weight. In percentage wordt deze verhouding dan vermenigvuldigt
met 100 indien we w/w of V/V hebben.
Parts per million is een deeltje per miljoen deeltjes die aanwezig zijn en parts per billion is een
deeltje aanwezig op een miljard deeltjes.
Molariteit
Een mol is de hoeveelheid van een substantie die 6,022* 10^23 moleculen bevat. Dit is het getal van
Avogadro of NA. De moleculaire massa is het aantal dalton en een dalton is 1/12 van de massa van
een koolstof 12 atoom. De relatieve moleculaire massa is de moleculaire massa van een substantie
relatief tot 1/12 van de atoommassa van een koolstof 12 atoom. Het is dus eigenlijk gelijk aan de
moleculaire massa maar zonder eenheid.
In de praktijk zien we dat een mol van een substantie gelijk is aan de moleculaire massa van die
substantie in gram. In biochemische processen gebruiken we voor concentratie de eenheid mol/liter
of molariteit.
Het is ook mogelijk om verdunningen te maken uit hoger geconcentreerde stoffen door gebruik te
maken van de formule:
c1 * V1 = c2 * V2
In dit geval zijn er dan drie factoren gekend en kan je de derde bepalen.
Elektrolyten: ionaire concentratie of ionaire activiteit
Ionaire sterkte is µ of I.
, Ionisatie is het uiteenvallen in ionen zoals NaCl in waterige oplossing. We hebben dan sterke, zwakke
en non- elektrolyten. Sterke elektrolyten zullen resulteren in een irreversibele ionisatie. Dit is
mogelijk door de ionaire binding. Zwakke elektrolyten zorgen voor een reversibele ionisatie zoals de
carboxylgroep. De covalente binding is partieel positief en een afsplitsing bij het vrije elektron zal
delokaliseren over de twee zuurstof atomen waardoor het carboxyl anion relatief gestabiliseerd
wordt tegenover de carboxylgroep dus dit stimuleert de ionisatie. Non elektrolyten brengen geen
ionisatie te weeg.
Wanneer zowel sterke als zwakke elektrolyten worden gebruikt is het beter de hoeveelheid
individuele ionen te meten dan de concentratie van de componenten waaruit ze ontstaan.
Zouten die monovalente ionen vormen zorgen voor volledige ionisatie in water. Zouten die divalente
ionen vormen vertonen ionenpairing. De ionen trekken elkaar aan in waterige oplossing dus vormen
toch een ionbinding. Hierdoor verlaagt de lading in de concentratie.
Ionen worden omgeven door tegenionen, wat ook water kan zijn door polaire karakter. Dit leidt tot
reductie van effectieve lading van centrale ionen en dit effect vergroot bij verhoogde ionensterktes.
Alle berekeningen van evenwichtsreacties waarbij gebruik wordt gemaakt van ionenconcentraties
zijn eigenlijk fout! Ionen zijn immers geladen en zullen interageren in oplossing waardoor ze elkaar
aantrekken en afstoten met Coulombkrachten. Deze interacties beïnvloeden het gedrag van ionen en
laten in principe niet toe dat elk ion in oplossing afzonderlijk behandeld wordt. Hierdoor moeten we
voor berekeningen bij evenwicht niet de concentraties gebruiken maar de ionenactiviteit.
De ionensterkte beïnvloedt dus de effectieve concentratie waarbij de effectieve concentratie, A, in
verband staat met de nominale concentratie door een factor die we de activiteitcoëfficiënt noemen,
gamma.
De activiteitcoëfficiënt is de maat voor afwijking van ionisatiegedrag van de stof als gevolg van de
ionische sterkte. Indien µ stijgt, zal gamma dalen waardoor de activiteit daalt tegenover de
concentratie. In het algemeen zijn concentraties bij biochemische experimenten laag zodat activiteit
en concentratie bijna samenvallen.
Zwakke elektrolyten
Biochemisch belang
Deze zijn van biochemisch belang. Zuren en basen zullen maar gedeeltelijk ioniseren in waterige
oplossing wat we bijvoorbeeld zien bij aminozuren, peptiden, eiwitten, nucleosiden, nucleotiden en
nucleïnezuren. De biochemische functie is afhankelijk van de precieze staat van ionisatie bij een
bepaalde pH in een bepaalde cellulaire context zoals amino- en carboxylgroepen van aminozuren bij
catalystische plaatsen van eiwitten.
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper UABMW2000. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €10,99. Je zit daarna nergens aan vast.
