Samenvatting

Samenvatting Enzymkinetiek (prof. Versées

1 keer verkocht

Instelling
Vrije Universiteit Brussel (VUB)

Samenvatting Enzymkinetiek, gegeven door professor Versées in 2MA Bio-ingenieur. Opgelet, dit bevat alleen de leerstof van het deel enzymkinetiek. Het deel enzymmechanismen is hierin niet verwerkt (maar daar komen normaal geen examenvragen over, alleen een artikel dat je moet bespreken).

[Meer zien]

Voorbeeld 7 van de 95 pagina's

Bekijk voorbeeld

Geupload op 28 december 2024
Aantal pagina's 95
Geschreven in 2024/2025
Type Samenvatting

enzymkinetiek

Volgen

lenaceuppens Lid sinds 2 jaar 36 documenten verkocht

€8,79

In winkelwagen

Opslaan

100% tevredenheidsgarantie
Direct beschikbaar na je betaling
Lees online óf als PDF
Geen vaste maandelijkse kosten

ENZYMKINETIEK & ENZYMMECHANISMEN
Inhoud
1.1 Importance of kinetics in biology ............................................................................................... 4
1.2 Chemische kinetiek .................................................................................................................... 4
1.2.1 Order and molecularity of a reaction ..................................................................................... 4
1.2.2 Eerste orde reacties ................................................................................................................ 5
1.2.3 Tweede orde reacties .............................................................................................................. 6
1.2.4 Pseudo-eerste orde vergelijking ............................................................................................. 7
1.2.5 Reversibele reacties ............................................................................................................... 7
1.3 Catalysis: Transition State (TS) Theory ..................................................................................... 8
1.3.1 Transition state analogue inhibitors ..................................................................................... 10
1.3.2 Catalytic antibodies (Abzymes) ............................................................................................11
1.4 Enzyme Catalysis ......................................................................................................................11
1.4.1 Enzyme catalytic strategies ...................................................................................................11
1.5 Enzymatic Assays ......................................................................................................................11
1.5.1 Different types of assays ...................................................................................................... 12
1.5.2 Initial rate measurements ..................................................................................................... 13
1.5.3 Selwyn’s test ........................................................................................................................ 13
2.1 Historical Perspective ...................................................................................................................... 15
2.2 Michaelis-Menten vergelijking ....................................................................................................... 15
2.2.1 The equilibrium assumption: Michaelis-Menten treatment ...................................................... 16
2.2.2 The steady state assumption: Briggs-Haldane treatment .......................................................... 16
2.2.3 Intermediates occurring after EA (minimal realistic model) .................................................... 18
2.3 The Curve defined by the Michaelis-Menten Equation................................................................... 19
2.4 The Significance of Michaelis-Menten Parameters......................................................................... 19
2.5 Graphs of the Michaelis-Menten Equation...................................................................................... 21
2.5.1 Plotting v against a ................................................................................................................... 21
2.5.2 Plotting 1/v against 1/a: double reciprocal or Lineweaver-Burk plot....................................... 21
2.5.3 Plotting a/v against a: Hanes plot ............................................................................................. 21
2.5.4 Plotting v against v/a: Eady-Hofstee plot ................................................................................. 22
2.5.5 Direct linear plot or Eisenthal – Cornish-Bowden plot ............................................................ 23
2.6 Experimental Design ....................................................................................................................... 23
2.7 The Integrated Michaelis-Menten Equation .................................................................................... 24
2.8 Reversible Reactions – the Haldane Relationship ........................................................................... 26
2.9 Derivation of Rate Equations .......................................................................................................... 28
2.9.1 Method of net rate constants and transit times ......................................................................... 29
2.9.2 Method of King and Altman ..................................................................................................... 30

1

,Inleiding ................................................................................................................................................ 33
3.1 Reversible versus Irreversible Inhibition......................................................................................... 33
3.2 Reversible Inhibition - General Rate Equation................................................................................ 34
3.3 Types of Inhibition .......................................................................................................................... 36
3.3.1 Competitive inhibition .............................................................................................................. 36
3.3.2 Uncompetitive inhibition .......................................................................................................... 39
3.3.3 Mixed inhibition ....................................................................................................................... 41
3.3.4 Interpretation of IC50 values .................................................................................................... 45
3.4 Linear versus Hyperbolic Inhibition................................................................................................ 46
3.5 Substraat Inhibitie............................................................................................................................ 46
3.6 Slow and Tight Binding Inhibition .................................................................................................. 47
3.6.1 Tight binding inhibition ............................................................................................................ 47
3.6.2 Slow binding inhibition ............................................................................................................ 48
Inleiding ................................................................................................................................................ 51
4.1 The pH Dependence of Enzyme Reactions ..................................................................................... 51
4.1.1 Acid/base properties of enzymes .............................................................................................. 52
4.1.2 Effect of pH on kinetic constants ............................................................................................. 52
4.1.3 Kinetic versus real pKa ............................................................................................................ 56
4.2 The Temperature Dependence of Enzyme Reactions ...................................................................... 57
4.2.1 Effect of temperature on individual rate constants ................................................................... 57
4.2.2 Temperature dependence of enzyme-catalyzed reactions – “optimum” temperature............... 58
Inleiding ................................................................................................................................................ 60
5.1 Reaction schemes for two-substrate two-product reactions ............................................................ 60
5.1.1 Nomenclature ........................................................................................................................... 60
5.1.2 Classification of Mechanisms – Reaction Schemes ................................................................. 60
5.2 General Equations ........................................................................................................................... 62
5.3 Initial Rate Measurements ............................................................................................................... 63
5.4 Product Inhibition Studies to Determine the Mechanism ................................................................ 66
5.5 Example: Carbamate Kinase ........................................................................................................... 68
6.1 The Need for Enzyme Regulation ................................................................................................... 71
6.1.1 Cooperativity and Allostery – Definitions ................................................................................ 71
6.2 The Hill Equation – the Classical Case of Hemoglobin .................................................................. 72
6.3 Models to Explain Cooperativity..................................................................................................... 74
6.3.1 The concerted model – MWC .................................................................................................. 75
6.3.2 The sequential model – KNF ............................................................................................... 77
6.4 Kinetic Cooperativity ............................................................................................................... 78
7.1 Transient State versus Steady State Kinetics ................................................................................... 80

2

,7.2 Experimental Techniques ................................................................................................................ 81
7.2.1 Flow methoden..................................................................................................................... 81
7.1.2 Relaxatie methoden .................................................................................................................. 83
7.3 Kinetics of Substrate Binding................................................................................................... 84
7.3.1 One-step binding .................................................................................................................. 84
7.3.2 Two-steps binding ................................................................................................................ 87
7.4 Pre-Steady-State Burst Kinetics ............................................................................................... 90
7.5 Fitting and Simulation of Transient State Kinetic Data............................................................ 92
7.6 Example: reaction pathway of nucleoside hydrolase (NH) ...................................................... 92

3

,Hoofdstuk 1: Introduction – Chemical Kinetics and Catalysis
1.1 Importance of kinetics in biology
Definitie van kinetiek:
Kinetiek is de studie van de snelheid waarmee een (chemische) reactie plaatsvindt.
Er is een verschil met thermodynamica, nl. thermodynamica kan weergeven of een proces spontaan
gebeurt of niet (∆G), dus of de reactie van links naar rechts of van rechts naar links gebeurt. Maar, het
zegt niets over de weg die gevolgd wordt om van A naar B te gaan oftewel er is geen informatie over
het reactiemechanisme.
Bij kinetiek wordt er gekeken naar de snelheid waarmee processen gebeuren (∆G‡) en hangt af van de
grootte van de energiebergen (reactiemechanisme). Kinetiek gaat meer fundamenteel inzicht geven over
reactiemechanismen van bepaalde enzymen.

Het lot van een cel is meer afhankelijk van kinetiek dan van thermodynamica. Thermodynamica streeft
om naar een zo hoog mogelijke entropie te gaan (2de wet), maar dat betekent desintegratie. Het is kinetiek
die cellen weghoudt daarvan.
Voorbeeld: oxidatie van glucose
Dit is een zeer exergonische reactie met een heel negatieve ∆G0. Er komt dus veel energie vrij bij de
reactie (en is een belangrijke reactie om levende cellen van energie te voorzien). Ondanks dat het proces
spontaan is, is het wel heel traag. Er is dus een katalysator nodig om de reactie te versnellen en de
energiebergen te verlagen (kinetiek!). Thermodynamica is dus gunstig, maar je moet zeker kinetiek ook
in rekening brengen.

1.2 Chemische kinetiek
1.2.1 Order and molecularity of a reaction
Stel we beschouwen een reactie met een globale stoichiometrie van A naar P: A → P
Dan bestaat die reactie uit een paar elementaire reacties (subreacties, zoals in de glycolyse): A → I1 →
I2 → P
De elementaire reacties kunnen veralgemeend worden als: aA + bB + … + zZ → P
Dan is de snelheid van die reacties proportioneel met de kans dat al die moleculen met elkaar gaan
botsen en interageren. De kans hangt af van de concentratie substraten aanwezig, want een hogere
concentratie is meer kans dat die met elkaar in aanraking gaan komen.
De snelheid v in functie van de concentratie van de verschillende betrokken reagentia is de
snelheidsvergelijking (met k de snelheidsconstante):

4

,De orde van de reactie is een puur mathematische uitdrukking die de som geeft van a, b, … en z (som
van de coëfficiënten). De orde definieert hoeveel concentratie termen vermenigvuldigd moeten worden
om een uitdrukking van de snelheid te krijgen. Complexe meerstapsreacties hebben vaak geen
veelzeggende orde, behalve als 1 van de stappen veel trager is dan de andere: de snelheidsbepalende
stap.
De moleculariteit van de reactie is het aantal moleculen dat simultaan moet botsen in een elementaire
reactie. In goede benadering is die hetzelfde als de orde en ook gewoon de som van alle coëfficiënten
(voor elementaire reacties).

Welke types reacties komen voor?

• Eerste orde reacties = unimoleculaire reacties = A wordt omgezet in P en de
snelheidsvergelijking is heel simpel. v = dP/dt = [M/s].
• Tweede orde reacties = bimoleculaire reacties

Termoleculaire reacties zijn zeldzaam, want de kans dat 3 moleculen met elkaar botsen is heel klein.
Vierde orde reacties zijn niet gekend.
In principe bestaan er ook 0de orde reacties. De snelheid is dan onafhankelijk van de concentratie van de
reactanten. Dit gebeurt in gekatalyseerde reacties als ieder reactant in zo’n overmaat aanwezig is dat het
volledige potentieel van de katalysator gebruikt wordt (dan is de snelheid dus onafhankelijk van de
concentratie A).

1.2.2 Eerste orde reacties
Stel je hebt een eerste orde irreversibel proces. Hoe kunnen we vanuit de snelheidsvergelijking kijken
hoe a en p evolueren in functie van de tijd?

We kunnen een vergelijking fitten en zo modelleren hoe a en p evolueren in functie van de tijd:

5

,Hoe lang duurt een reactie? → halfwaardetijd
De halfwaardetijd van een reactie is de tijd nodig om de concentratie van de initiële reactanten te
halveren, onafhankelijk van de beginconcentratie → tijd waarbij a = a0/2.

Je krijgt een exponentieel verval van a in functie van t.

1.2.3 Tweede orde reacties
Afleiding van de tweede orde snelheidsvergelijking:

Om de integratieconstante alfa te berekenen wordt p gelijk gesteld aan 0 en t gelijk gesteld aan 0. Dan
is α = ln(a0/b0). Nu geldt verder:

Hier is de halfwaardetijd wel afhankelijk van de beginconcentraties:

6

, De vergelijking voor een tweede orde reactie is ingewikkeld, maar kan vereenvoudigd worden tot de
pseudo-eerste orde vergelijking.

1.2.4 Pseudo-eerste orde vergelijking
Breng 1 van de 2 reactanten in overmaat zodat die tijdens de reactie als constant kan worden beschouwd.
Stel B is in overmaat, dan heb je in een reactie 100% afname van a maar slechts een afname van 100%
naar 90% voor b. Dan kan je zeggen dat b constant is gebleven aan de initiële waarde b 0. ⇒ (b0-a0) en
(b0-p) kunnen benaderd worden door b0 (want b0 >> a0 en b0 >> p).

➔ Is de pseudo-eerste orde snelheidsvergelijking met b0*k1 de pseudo-eerste orde
snelheidsconstant (kobs).
Hoe bepaal je k1 dan?
Bij een irreversibel proces kan je kobs gewoon delen door de beginconcentratie van b, maar bij een
reversibel proces gaat dan niet.
Dan gaan we de reacties en het fitten in een grafiek herhalen bij telkens andere concentratie van b0 maar
dezelfde concentratie a0. kobs = b0*k1 kan dan worden gefit en geeft een lineair verloop met als
richtingscoëfficiënt k1.

1.2.5 Reversibele reacties
In geval van reversibele reacties is er ook een terugwaartse snelheidsconstante k-1.

7

Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:

Bewezen kwaliteit door reviews

Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!

In een paar klikken geregeld

Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard en je bent klaar. Geen abonnement nodig.

Focus op de essentie

Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.

Van wie koop ik deze samenvatting?

Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper lenaceuppens. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.

Zit ik meteen vast aan een abonnement?

Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €8,79. Je zit daarna nergens aan vast.

Is Stuvia te vertrouwen?

4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)

Afgelopen 30 dagen zijn er 66184 samenvattingen verkocht

Opgericht in 2010, al 15 jaar dé plek om samenvattingen te kopen

Start met verkopen

Samenvatting

Samenvatting Enzymkinetiek (prof. Versées

Document informatie

Onderwerpen

Geschreven voor

Verkoper

Ontvangen beoordelingen

Voorbeeld van de inhoud