Samenvatting moleculaire biologie (cel IV). Het bevat zowel de info uit de cursus (van Sarah Gerlo & Bert Callewaert) en de powerpoints + afbeeldingen ter verduidelijking.
OH-groep op 3’C van pentose reageert met fosfaatgroep op 5’C van
pentose ander nucleotide
Vorming fosfodiësterbinding (covalente binding zeer stabiel)
Eliminatie van 1 molecule water en 2 fosfaatgroepen (pyrofosfaat)
5’-3’ polariteit
Na vorming binding: 1 zuurstof van de fosfaatgroep is nog negatief
geladen
,Maat voor lengte van dubbelstrengig DNA = aantal basenparen (bp)
Korte enkelstrengige DNA moleculen = oligonucleotiden
2.2 Secundaire structuur
Zwakke krachten
- Waterstofbruggen tussen basen van 2 complementaire DNA
strengen
H atoom wordt gedeeld door 2 elektronegatieve atomen
Dragen bij aan stabiliteit dubbele helix
Basenparing tussen A-T en C-G = ‘watson-Crick’ of
complementaire basenparing
Tussen A-T 2 H-bruggen
Tussen C-G 3 H-bruggen
Basen zijn apolair slecht oplosbaar in water
Eens basen zijn ingebouwd in nucleotide, wel polair
DNA-helix: gepaarde, relatief vlakke basen hebben de neiging om zich op
elkaar te stapelen = base stacking
Verdrijven van watermoleculen uit binnenste van de dubbele helix
Hydrofobe basen zijn dicht op elkaar gestapeld stabilisatie door
elektrostatische interacties (VdW)
Zwakke krachten ontstaan doordat elektronen constant in beweging zijn
en de atomen kleine asymmetrie in lading bezorgen
Lading fluctueert doorheen tijd
Glycosidische bindingen verbinden de basenpaar met deoxyribose
suikers
Liggen niet perfect tegenover elkaar
Suiker-fosfaatruggengraten liggen niet op gelijke afstanden van
elkaar liggen
Grote groeve van de helix: rol in sequentiespecifieke interacties
tussen DNA en eiwitten
eiwitten lezen chemische informatie in de groeve af
N- en O-atomen van de basen in de grote groeve kunnen H-
bruggen aangaan met de zijketens van de AZ van DNA-
bindende eiwitten
kleine groeve van de helix: minder chemische informatie; minder
vaak specifieke eiwit-DNA interacties
,KENMERKEN SECUNDAIRE DNA (Watson en Crick)
- DNA = dubbelstrengige helix (door H-bruggen samengehouden) A –
T en C – G
- DNA helix is rechtshandig
- Helix is anti-parallel = 5’ uiteinde ene streng is gepaard met 3’ van
complementaire streng
- Basenparen en buitenranden van de basen zijn betrokken in H-
bruggen
Zodat DNA interacties kan aangaan met ander moleculen
(voor transcriptie en translatie)
2.3 Denaturatie en renaturatie
Denaturatie = DNA strengscheiding
DNA verwarmen: H-bruggen verbroken tussen basenparen
Fosfodiësterbindingen blijven intact
Wordt spectrofotometrisch gemeten
o Basen absorberen UV licht bij λ = 260 nm
o Absorptie bij enkelstrengig DNA is 2 maal sterker dan bij
dubbelstrengig DNA
o Tijdens smelten neemt capaciteit om UV licht te absorberen
toe = hyperchromiciteit
Smelttemperatuur (Tm) = waarbij de helft van de basenparen in een
dubbelstrengige DNA gedenatureerd zijn
o Bepaald door G – C gehalte
Ook door zoutconcentratie te verlagen: minder kationen aanwezig
om de negatieve lading van de fosfaatgroep te neutraliseren
o Ruggengraten van de 2 DNA stengen gaan elkaar afstoten
o DNA kan bij lage temperatuur denatureren
Hoge PH
Organische solventen
Renaturatie = annealing
Afkoelen: complementaire DNA strengen zullen elkaar terug vinden
en nieuwe dubbele helix vormen
2 complementaire DNA strengen van verschillende oorsprong laten
basenparen = hybridisatie
Snelheid is afhankelijk van de oorspronkelijke DNA concentratie
Renaturatiesnelheden vergelijken: ‘cot’curves
o Humaan DNA verschillende buigpunten want mengsel van
verschillende types DNA
Hoog repetitief
Gemiddeld repetitief
, Uniek DNA
o Bacterie (E. Coli) geen repeterende sequenties
o Sequenties die verschillende keren voorkomen in DNA mengsel
meer kans op terugvinden complement lagere Cot-
waarde
2.4 tertiaire structuur
Lange DNA moleculen makkelijk omwentelingen bijkrijgen of verliezen
Door lokaal ontwinden van DNA dubbele helix tijdens replicatie
Door binding van DNA aan bepaalde eiwitten
Indien de uiteinden van de eiwitten niet vrij kunnen bewegen:
torsionele stress en extra windingen
= supercoiling
Circulair DNA = 2 cirkels enkelstrenig DNA die om elkaar gedraaid zijn
Positieve vs negatieve supercoiling
DNA eukaryoten dubbele helix is 2x in linkshandige spiraal rond
nucleosoom gewonden = negatieve supercoiling DNA
Gestabiliseerd door zwakke interacties tussen DNA en DNA-bindende
eiwitten
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
√ Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper nicapaulien. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €12,49. Je zit daarna nergens aan vast.
