100% tevredenheidsgarantie Direct beschikbaar na betaling Zowel online als in PDF Je zit nergens aan vast
logo-home
Eerder door jou gezocht
Eerder door jou gezocht
logo
Bio-informatica - samenvatting/handig uitgebreid document examen €11,99
In winkelwagen
Snel navigeren naar
Voorbeeld
  2.  
  3. Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)
  4.  
  5. Biomedische Wetenschappen
  6.  
  7. Bio informatica (E06E2B)

Samenvatting

Bio-informatica - samenvatting/handig uitgebreid document examen
 0 keer verkocht

Samenvatting van alle slides en notities voor het vak Bio-informatica gegeven in de 2de bachelor Biomedische Wetenschappen. Door dit document te gebruiken op het examen behaalde in een 18/20. Achteraan bezit het ook uitwerkingen van de oefenzittingen. Zeer handig document om te gebruiken tijdens he...

[Meer zien]

Voorbeeld 4 van de 49  pagina's

Document informatie

  • 20 januari 2025
  • 49
  • 2023/2024
  • Samenvatting

Onderwerpen

Geschreven voor

Alle documenten voor dit vak (17)

Verkoper

avatar-seller
flowerbiomed

Ontvangen beoordelingen

Voorbeeld van de inhoud

Bio-informatica
INHOUD
1. Databanken ............................................................................................................................................................................... 3
Entrez gene (NCBI): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/ ............................................................................................................ 3
Entrez nucleotide (NCBI): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/ .......................................................................................... 3
Entrez protein (NCBI): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein ...................................................................................................... 4
3D structuren Entrez Structure (NCBI): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/index.shtml .................................................... 4
EMBL/EBI search (European databank): https://www.ebi.ac.uk/ .................................................................................................. 4
ENA (tegenhanger entrez nucleotide): https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home ..................................................................... 4
PUBMED: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/................................................................................................................................. 4
Uniprot: https://www.uniprot.org/ ................................................................................................................................................ 4
Gene ontology: https://geneontology.org/ .................................................................................................................................... 6
MGI (mouse base): https://www.informatics.jax.org/ ................................................................................................................... 6
Flybase: https://flybase.org/ .......................................................................................................................................................... 6
OBO Open Biomedical Ontologies (OBO): https://obofoundry.org/ .............................................................................................. 7
OMIM Online Mendelian Inheritance in Man: https://www.omim.org/ ....................................................................................... 7
Human Phenotype Ontology (HPO): https://hpo.jax.org/ .............................................................................................................. 7
UCSC Genome Browser: https://genome.ucsc.edu/ ...................................................................................................................... 7
Ensembl genome browser (europese versie van de UCSC): https://www.ensembl.org/index.html ........................................... 10
UCSC cell browser: https://cells.ucsc.edu/ ................................................................................................................................... 10
2. Query ....................................................................................................................................................................................... 11
MySQL ........................................................................................................................................................................................... 11
UCSC table browser: https://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables ......................................................................................... 12
BioMart: https://www.ensembl.org/biomart/ ............................................................................................................................. 13
3. Linux .............................................................................................................................................................................................. 14
Inloggen ........................................................................................................................................................................................ 14
• Jupyter ..................................................................................................................................................................................... 16
Codes: (shift enter om de code uit te voeren, steeds spatie tussen eerste commando en het vervolg) ..................................... 16
Notebooks ..................................................................................................................................................................................... 19
5. BLAST ............................................................................................................................................................................................ 19
BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi............................................................................................................................ 19
BLAT: https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat ........................................................................................................................... 20
6. Oefeningen in Jupyter ............................................................................................................................................................. 21
LINUX Oefeningen ............................................................................................................................................................................. 21
Intro .............................................................................................................................................................................................. 21
Notebook: Introduction_linux.ipynb & Copying_files ............................................................................................................... 21
Gene ontology ............................................................................................................................................................................... 21
Notebooks: Exercise_Linux_GOdownload.ipynb ....................................................................................................................... 21
1

, HeidiSQL ........................................................................................................................................................................................ 23
Table browser ............................................................................................................................................................................... 24
GO-exercise ................................................................................................................................................................................... 26
Verwerken van een quickGO file in jupyter (zie notebook: GO_download) ................................................................................. 26
Verwerken van sequenties in Jupyter ........................................................................................................................................... 27
Notebook: Exercise_Linux_Emboss.ipynb ................................................................................................................................. 27
2 bestanden overlappen in Jupyter (zie notebook: BEDTools) ..................................................................................................... 28
Notebook: BEDTools_example.ipynb ........................................................................................................................................ 28
Gene predection in Jupyter (2 notebooks) ................................................................................................................................... 28
ORF prediction: reading frame bepalen .................................................................................................................................... 28
Basic codon statistics – ORF prediction: codon usage – codon gebruik ................................................................................... 29
Advanced codon statistics - ORF prediction ............................................................................................................................. 29
Gene ID (ORF prediction + custom track UCSC) ........................................................................................................................ 29
Via GeneID genen voorspellen om een custom track van te maken in UCSC ter controle: ...................................................... 30
Pandas: SQL querry met python ............................................................................................................................................... 34
Dot plot ......................................................................................................................................................................................... 35
Notebook: Les 9 ........................................................................................................................................................................ 35
Alignment ...................................................................................................................................................................................... 35
Notebook: Les 9 ........................................................................................................................................................................ 35
Sequenties vergelijken en repeats vinden met dotplot ............................................................................................................ 35
Alignments + parameters zoeken ............................................................................................................................................. 35
Gene lists from expression analysis .......................................................................................................................................... 37
Pattern matching: patronen in sequenties zoeken ................................................................................................................... 39
7. Oefenzittingen .............................................................................................................................................................................. 41
Oefenzitting 1................................................................................................................................................................................ 41
Information retrieval ................................................................................................................................................................. 41
CpG eilanden (zie notebook werkzittingen 1) ........................................................................................................................... 42
Unknown sequence study ......................................................................................................................................................... 44
Oefenzitting 2................................................................................................................................................................................ 47
CpG eilanden met Python (zie notebook: python CpgIsland excercise) ................................................................................... 47
miRNA target genes discovery: (zie notebook: miRNA exercise) .............................................................................................. 47




2

,1. DATABANKEN

ENTREZ GENE (NCBI): HTTPS://WWW.NCBI.NLM.NIH.GOV/GENE/

=> Opzoeken van een gen, gen structuur annotatie
• Klikken op juiste gen in de lijst (kan filteren op organismen)
• Inhoud:
• Samenvatting
• Visualisatie van de locatie van het gen
o Elk verschillend lijntje is een andere isovorm van het gen (kan tot andere eiwitten lijden) en heeft
een andere NM identifier en een andere NP identifier
o Donker gekleurde blokjes = coding sequences
o Licht gekleurde blokjes = UTR
o Licht gekleurde lijntjes = intronen
• Expressie van het gen (welke organen/weefsels)
• Bibliografie (artikels uit PubMed gelinkt aan het gen)
• Geassocieerde ziekten
• Pathways
• Gene Ontology
• Refseq identifiers van al de mRNA’s en de bijhorende proteïnes (met link naar entrez nucleotide) -> hier
staat voor hoeveel verschillende proteïnes het gen codeert.
• mRNAs/CDS/exon/intron features

ENTREZ NUCLEOTIDE (NCBI): HTTPS://WWW.NCBI.NLM.NIH.GOV/NUCLEOTIDE/

=> databank die vol zit met nucleotide sequenties & alle mRNA’s

• Samenvatting: header
• Publicaties
• Features:
o Lengte
o Exon per exon: mRNA -> zegt waar de coderende regio’s liggen, waar de aparte exonen gelegen zijn
o CDS (van welk tot welk nucleotide de effectieve code van het gen zit -> alles hiervoor = 5’UTR en
alles hierna is 3’UTR tov de totale lengte van het gen)
o Poly A site
o Eiwitsequentie
• Onderaan mRNA sequentie: nucleotiden sequentie
• Downloaden FASTA
o Send to (rechts bovenaan)
o Complete record
o File
o Format: FASTA (enkel sequentie) of GENBANK (header + al de features + sequentie) -> flat tekst file
zijn beide




3

, ENTREZ PROTEIN (NCBI): HTTPS://WWW.NCBI.NLM.NIH.GOV/PROTEIN

=> databank die vol zit met proteïne sequenties

• Samenvatting
• Publicaties
• Features:
o Delen van het eiwit met bepaalde functies (bijvoorbeeld opzoeken DNA bindingsplaats !kan
verschillend zijn in elke isovorm van het gen)
• Onderaan aminozuur sequentie

3D STRUCTUREN ENTREZ STRUCTURE (NCBI):
HTTPS://WWW.NCBI.NLM.NIH.GOV/STRUCTURE/INDEX.SHTML
• Zien van 3D structuren van eiwitten

EMBL/EBI SEARCH (EUROPEAN DATABANK): HTTPS://WWW.EBI.AC.UK/

=> zelfde informatie als in NCBI maar een Europese back-up
• Gene and protein summary
• Link naar ENSEMBL
• DBFETCH: kan je met deze link meteen direct de FASTA file gaan extraheren als je dit mee in je code steekt
als commando
o http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch?
db=refseqn;id=NM_005225.3;format=fasta&style=raw
o Kan je gewoon in zoekbalk vanboven ingeven & dan heb je meteen een txt file in je browser
o Je kan format als fasta (= enkel nucleotide) kiezen of als default (= alle informatie)

ENA (TEGENHANGER ENTREZ NUCLEOTIDE): HTTPS://WWW.EBI.AC.UK/ENA/BROWSER/HOME

=> overnacht back-up van entrez gene
• Enkel gebruiken als entrez gene niet werkt.
• Accession number: U… (kan ook ingevoerd worden in Entrez nucleotide)
• Hier haal je EMBL formaten van

PUBMED: HTTPS://PUBMED.NCBI.NLM.NIH.GOV/
=> wetenschappelijke artikels

• Onderaan artikel bij ‘related information’ staat Refseq voor vernoemde genen en proteïnes.

UNIPROT: HTTPS://WWW.UNIPROT.ORG/

=> onderaan Entrez gene onder NM en NP identifiers ook identifier voor uniprot (P…)
• Functie eiwit
• Heel veel informatie over het eiwit
• Downloaden via knop download
o Tekst -> zoals Embl en genbank formaat
o Fasta file
o GFF -> 9 kolommen: eiwit ID, bron, start, stop, en note in de laatste kolom



4

Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:

√ Verzekerd van kwaliteit door reviews

√ Verzekerd van kwaliteit door reviews

Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!

Snel en makkelijk kopen

Snel en makkelijk kopen

Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, Bancontact of creditcard voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.

Focus op de essentie

Focus op de essentie

Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.

Van wie koop ik deze samenvatting?

Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper flowerbiomed. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.

Zit ik meteen vast aan een abonnement?

Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €11,99. Je zit daarna nergens aan vast.

Is Stuvia te vertrouwen?

4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)

Afgelopen 30 dagen zijn er 64450 samenvattingen verkocht

Opgericht in 2010, al 15 jaar dé plek om samenvattingen te kopen

Start met verkopen
€11,99
  • (0)
In winkelwagen
Toegevoegd