Samenvatting microbiologie dit is een onderdeel van
het vak inleiding in de microbiologie en principes van
infectiebeheersing en beheersing.
1 Inhoudsopgave
1 Inhoudsopgave....................................................................................................................................1
2 De wereld van de micro-organismen...................................................................................................3
2.1 Een overzicht van de micro-organismen.......................................................................................3
2.1.1 Definitie.................................................................................................................................3
2.1.2 Soorten..................................................................................................................................4
3 De normale microflora.........................................................................................................................6
3.1 De normale gastro intestinale flora..............................................................................................6
3.2 De huidflora..................................................................................................................................7
3.3 Functies van de commensale flora...............................................................................................7
4 Verdediging tegen micro – organismen...............................................................................................7
4.1 Mechanisch-fysiologische barièrres: volgens anatomie...............................................................7
4.1.1 De huid..................................................................................................................................7
4.1.2 Inspiratoire tractus................................................................................................................8
4.1.3 De gastro intestinale tractus..................................................................................................8
4.1.4 Urogenitale tractus................................................................................................................8
4.1.5 Oropharyngeale tractus.........................................................................................................8
4.2 Innate of aangeboren immuunsysteem:.......................................................................................9
4.3 Adaptief of verworven immuunsysteem:.....................................................................................9
5 Pathogene elementen, infectie en transmissie....................................................................................9
5.1 Hoe ontstaan er dan toch problemen?.........................................................................................9
5.1.1 Veranderde barrières.............................................................................................................9
5.2 Ontstaan van ziekte door............................................................................................................10
6 Onderscheid tussen 3 soorten micro-organismen.............................................................................10
6.1 Pathogene micro-organismen....................................................................................................10
6.2 Conditionele pathogenen...........................................................................................................10
6.3 Opportunisten............................................................................................................................10
7 Bron, reservoir, overdracht...............................................................................................................11
8 Genezen en voorkomen van infecties................................................................................................12
1
, 8.1 Genezen......................................................................................................................................12
8.2 Voorkomen.................................................................................................................................12
9 Enkele belangrijke pathogene micro-organismen en de infecties die ze kunnen veroorzaken.........13
9.1 Classificatie van bacteriën..........................................................................................................13
9.2 Staphylococcus aureus................................................................................................................14
9.2.1 Algemene info en beschrijving.............................................................................................14
9.2.2 Pathogeen vermogen...........................................................................................................14
9.2.3 Cultuur en identificatie........................................................................................................15
9.2.4 Epidemiologie......................................................................................................................15
9.2.5 Gevoeligheid en therapie – niet uitgebreid kennen maar wel begrip MRSA begrijpen.......15
9.2.6 MRSA-detectie.....................................................................................................................16
9.3 Staphylococcus epidermidis.......................................................................................................16
9.3.1 Algemene info en beschrijving.............................................................................................16
9.3.2 Pathogeen vermogen...........................................................................................................16
9.3.3 Cultuur en identificatie........................................................................................................16
9.3.4 Epidemiologie......................................................................................................................16
9.3.5 Gevoeligheid en therapie.....................................................................................................16
9.4 Streptococcus pneumoniae........................................................................................................17
9.4.1 Algemene info en beschrijving.............................................................................................17
9.4.2 Pathogeen vermogen...........................................................................................................17
9.4.3 Cultuur en identificatie........................................................................................................17
9.4.4 Epidemiologie......................................................................................................................17
9.4.5 Gevoeligheid en therapie.....................................................................................................17
9.5 Neisseria meningitidis.................................................................................................................17
9.5.1 Algemene beschrijving en info.............................................................................................17
9.5.2 Pathogeen vermogen...........................................................................................................18
9.5.3 Cultuur en identificatie........................................................................................................18
9.5.4 Gevoeligheid en therapie (niet in detail kennen).................................................................18
9.6 Escherichia coli...........................................................................................................................18
9.6.1 Algemene info en beschrijving.............................................................................................18
9.6.2 Pathogeen vermogen...........................................................................................................19
9.6.3 Urineweginfecties (lezen vlug overgegaan in de les)...........................................................19
9.6.4 Cultuur en identificatie........................................................................................................19
9.6.5 Epidemiologie......................................................................................................................20
9.6.6 Detectie...............................................................................................................................20
9.7 CPE..............................................................................................................................................20
2
, 9.8 Clostridioides difficile..................................................................................................................21
9.8.1 Algemene info en beschrijving.............................................................................................21
9.8.2 Pathogeen vermogen...........................................................................................................21
9.8.3 Cultuur en identificatie diagnostiek (lezen).........................................................................21
9.8.4 Epidemiologie......................................................................................................................21
9.8.5 Gevoeligheid en therapie (lezen).........................................................................................22
9.9 Pseudomonas aeruginosa...........................................................................................................22
9.9.1 Algemene info en beschrijving.............................................................................................22
9.9.2 Pathogeen vermogen...........................................................................................................22
9.9.3 Cultuur en identificatie........................................................................................................22
9.9.4 Gevoeligheid en therapie.....................................................................................................22
10 Diagnostiek en laboratoriumweetjes...............................................................................................23
10.1 Het microbiologisch proces......................................................................................................23
10.1.1 De aanvraag.......................................................................................................................23
10.1.2 Staal afnames.....................................................................................................................23
10.1.3 Wat gebeurt er met de stalen?..........................................................................................23
10.1.4 Besluit microscopie............................................................................................................24
10.1.5 Kweek................................................................................................................................24
10.1.6 Kweek van moeilijker kweekbare micro-organismen........................................................25
10.1.7 Detectie van micro – organismen, niet gebaseerd op cultuur...........................................26
10.1.8 Serologie (opsporen van antilichaamrespons)...................................................................27
10.2 Gevoeligheidsbepaling en resistentie.......................................................................................27
10.2.1 Het ideale antibioticum.....................................................................................................28
10.2.2 Targets van antibioticum...................................................................................................28
10.2.3 Gevoeligheidsbepaling en resistentie................................................................................28
10.2.4 Resistentie.........................................................................................................................30
10.3 Resultaten.................................................................................................................................30
10.4 Kwaliteitsbewaking in het LAB..................................................................................................30
10.5 Herhaling types stalen..............................................................................................................31
2 De wereld van de micro-organismen
2.1 Een overzicht van de micro-organismen
2.1.1 Definitie
Microbiologie is de wetenschap die zich bezighoudt met het bestuderen van “microscopisch kleine
organismen”. Dergelijke levende wezens worden micro-organismen genoemd. In de volksmond
3
,spreekt men soms ook over “microben”, maar dan worden meestal bacteriën en/of virussen
bedoeld.
Een andere definitie die soms gebruikt wordt, is de volgende:
Micro-organismen zijn eencellige, microscopisch zichtbare organismen.
In deze definitie zitten enkele onnauwkeurigheden; micro-organismen zijn niet noodzakelijk
eencelligen en je hebt ook niet steeds een microscoop nodig om ze te kunnen zien. Bijvoorbeeld
beschimmelde confituur, een lintworm. Een groot deel van de micro-organismen die we zullen
bespreken zijn zichtbaar met het blote oog.
In geen enkel boek waarin een definitie staat die echt perfect is.
2.1.2 Soorten
2.1.2.1 Virussen
Hebben geen cellulaire structuur
Dus: geen celmembranen, cytoplasma of celorganellen
Wél: genetisch materiaal (RNA of DNA)
Afhankelijk van gastheercellen voor hun replicatie
Organisatie genetisch materiaal: dubbel- of enkelstrengig, lineair of circulair, in een capsule
of capsid, dan zit er eiwit rond maar dit is niet altijd zo.
Genetisch materiaal + capsule of capsid = nucleocapsid
Virion = virus partikel = nucleocapsid +/- envelop of membraan (verschil tussen naakte
virussen en virussen met enveloppe) er zijn evelopt virussen die een structuur hebben die
zich beschermen maar er zijn ook naakte die dit niet hebben. De naakte zijn weerspanniger
dan de envelopt virussen.
Voorbeeld virus = HIV
2.1.2.2 Prionen
Hebben geen cellulaire structuur – nog eenvoudiger van opbouw dan de virussen.
Dus: geen celmembranen, cytoplasma of celorganellen
Evenmin geen genetisch materiaal (RNA of DNA) dit is het verschil met virussen die wel
genetisch materiaal hebben.
Enkel eiwitachtige infecterende deeltjes
Zeer trage vermenigvuldiging > lange incubatietijd bij ziektes zoals creutzfeld-jacob
Grootte vergelijkbaar met virussen
Voorbeelden: Creutzfeld-Jakob Disease (ook een familiale variant, niet-infectieus), kuru
(~kannibalisme), scrapie
Het is heel belangrijk dat het eiwit goed is opgevouwen – een prion is eigenlijk een eiwit die
niet normaal opgevouwen zijn. Als een prion in contact komt met een normaal gevormd
eiwit gaat het dit aantasten om ook zo een vervormde vorm aan te nemen.
2.1.2.3 Bacteriën
Zijn prokaryoten, een andere opbouw dan eukaryoten (wij, dieren, planten zijn eukaryoten)
Hebben een cellulaire structuur in tegenstelling tot de virussen en prionen
Wél: celmembraan, meestal ook een celwand, cytoplasma, ribosomen (waarmee ze zélf
eiwitten kunnen maken), genetisch materiaal
4
, Geen celkern, mitochondriën of endoplasmatisch reticulum (in tegenstelling tot wij)
Het genetisch materiaal is georganiseerd als een circulair chromosoom (nucleoid), daarnaast
kunnen er ook circulaire plasmiden zijn. Genetisch materiaal is een beetje georganiseerd als
een rekkertje dat rond en rond draait.
De celwand vervult een belangrijke rol in de pathogeniciteit van de bacteriën met elementen
als pili, flagellen en/of een kapsel.
2.1.2.4 Protozoa
Eéncellige worden soms ook dieren/diertjes genoemd
Eukaryoten
Zeer veel variatie, frequent voorkomen
Verwekkers van humane parasitaire infecties, zoals ….
Overdracht voornamelijk via bloedzuigende insecten of inname van infectieuze stadia met
voedsel/water
Snelle reproductie dus je kan heel snel symptomen krijgen.
Sommige protozoa zijn vooral pathogeen in zeer jonge of immuungecompromitteerde
personen. Bv. Cryptosporidium (acute diarree door besmet water), Pneumocystis jirovecii
2.1.2.5 Helminthen (wormen)
Meercelligen
Eukaryoten
Vrij groot, vaak zichtbaar met het blote oog
Rondwormen, trilwormen, lintwormen,…
In darm, gal, bloed, weefsels,…
Veel variatie volgens levenscyclus, gastheer,…
2.1.2.6 Fungi
3 grote groepen:
o Filamenteuze fungi (schimmels) dit zijn de harige zoals op de pot confituur .
5
, o Gisten zijn niet harig en lijken op bacteriën. Door de microscoop lijkt het soms alsof
ze harig zijn maar dit is gewoon omdat ze allemaal aan elkaar hangen. Een vaginale
schimmelinfectie bestaat niet het is een gistinfectie.
o Dimorfe soorten gedragen zich bij bepaalde temperaturen als een schimmel (bij
kamertemperatuur) en bij andere als een gist( bij 37 graden)
Meercellig
Eukaryoten
Membraanstructuur
Groter dan bacteriën
3 De normale microflora
Micro-organismen zijn overal: in de natuur, in water, in mens en dier…
Ze vormen een essentieel deel van de verschillende ecosystemen op aarde. Zonder micro-
organismen geen leven op aarde.
De grote meerderheid berokkent geen schade maar is in tegendeel erg nuttig.
Ze worden door de mens ook “gebruikt” in allerhande processen.
o Bier, wijn, kaas, brood, fermentatie,…
o Bio-cyclus: levende organismen en macromoleculen --> organische bouwstenen. De
bladeren vallen van de bomen in de herfst en de micro-organismen zorgen ervoor
dat de bladeren terug worden afgebroken.
o ‘Genetische’ manipulatie
o Aanwezig bij mens en dier: - Bescherming tegen indringers en vertering > de
microflora
Elk lichaamsoppervlak dat in contact staat met de buitenwereld heeft een eigen commensale
flora. Op de huid van je arm zijn dit andere micro organismen dan in je darm,…
Huid: grotere aantallen waar het wat vochtiger is (huidplooien bijv.), bepaalde soorten t.h.v
haarfollikels (bij)
Cutibacterium acnes), beïnvloedbaar door hormoonproductie ( ~ acne)
Al tijdens de geboorte begint de opbouw van de eigen commensale flora.
Continu proces. Vanaf dat je volwassen bent is deze flora min of meer stabiel maar als je
vegetariër wordt ofzo zal het zich aanpassen.
Hoofdzakelijk bacteriën
3.1 De normale gastro intestinale flora
Hier vind je het grootste deel micro-organismen. In de maag weinig door de zure omgeving.
Vooral t.h.v. de dikke darm (colon) is de flora zeer divers en zeer omvangrijk.
Meer en meer worden verbanden gevonden tussen verstoorde darmflora en bepaalde
ziektebeelden (bv. diabetes mellitus, IBD, depressie, CVS (controversiëler ).
De maag vernietigt de meeste bacteriën die we inslikken, verder in de tractus veranderen de
condities voortdurend en geleidelijk aan krijgen we enkele, dan meer en meer soorten. Op
het einde (colon) is de densiteit en de diversiteit groot.
Sommige bacteriën komen bij iedereen voor, andere bij slechts een deel van de populatie.
Aan het begin van de spijsverteringsbuis (de mondholte, niet in deze figuur) komen ook zeer
veel verschillende soorten voor, sommigen in zeer groot aantal (in tandplaque even dens als
6
