Flowschema – Wanneer gebruik
je wat?
Commands in linux
Server: tlsc-bid3v-17.biomarker-hu.surf-hosted.nl
Login: BID17_20a_laralommers
Wachtwoord: Lar@1763910
Port: 22
Pwd (print work directory): welke locatie en folder
ls (list): welke folders en bestanden er al aanwezig zijn binnen de home directory
ls -lh: mooi overzichtje
… --help: hulp voor het onderwerp op de puntjes
cd .. :Als je weer 1 folder naar “boven” wilt
cd ../.. : Als je twee folders naar boven wilt
cd ../les5 : Als je naar module1/les5 wilt
head: laat de eerste 10 regels van een bestand zien
tail: aat de laatste 10 regels van een bestand zien
head -n50: laat de eerste 50 regels van een bestand zien
tail -n50: laat de laatste 50 regels van een bestand zien
head -n1000 ‘bestandsnaam’ |tail : Om regel 990-1000 te printen op het scherm
tail -n1000 ‘bestandsnaam’ |head : Om de 1000ste tot en met 990ste voorlaatste regels van bestand
te printen
perl: voor het uitvoeren van scripts die eindigen op pl
cat (catenate): laat de volledige inhoud van een bestand zien
mkdir (make directory): nieuwe folders aanmaken
mv (move): verplaatsen van folder (zet mv ‘te verplaatsen bestand’ folder)
cp (copy): het kopieren van een bestand naar een folder (zet cp ‘te verplaatsen bestand’ folder)
rm (remove): het verwijderen van een bestand
grep (Global Regular Expression Parser): patronen / motifs te herkennen in text bestanden (grep -n
‘wat je wilt herkennen’ ‘bestand’)
bash (BNU Bourne-Again Shell): om meerdere commands / scripts achter elkaar uit te voeren
wc –l (wc betekent word count en de –l opties staat voor het aantal “lines” (regels)): je krijgt het
aantal regels waaruit het bestaat.
> :Dit betekent maak een nieuw bestand aan met de bestandsnaam die je achter het > teken schrijft.
Databases
NCBI
NCBI heeft een hele rij met databanken. In deze cursus wordt gebruik gemaakt van ‘gene’
‘nucleotide’ (Les 2) en ‘protein’.
Bij gene en dan onder de table of content kun je ‘genomic regions, transcripts and products’ vinden.
Hierin staan allerlei transcripten van het gen. Wanneer er voor de naam van deze transcripten NM_
staat zijn het mRNA’s. NP_ staat voor het protein en staan aan de rechterkant van het transcript. Hier
kun je ook het verschil bekijken tussen de transcripten. Wil je nou het precieze verschil weten dan
, moet de nucleotide databank gebruikt worden. Onder het kopje FASTA is de nucleotide volgorde te
vinden. Hierin kan je de regio veranderen die word laten zien. Je wilt bijvoorbeeld de CDS van een
gen dan kun je het begin en einde instellen en krijg je alleen die nucleotide.
Hier is ook de link naar het protein_id te vinden: Je bevindt je nu in NCBI protein database. In deze
database staat informatie over de aminozuur sequentie van eiwitten en allerlei andere nuttige links
naar eiwit informatie. Hier bevindt zich ook de eiwit sequentie onder de FASTA link. De translatie van
de CDS kan je dus gelijk in de NCBI databank opzoeken. Echter als je een onbekende sequentie hebt
zijn translatie tools erg nuttig om het juiste reading frame te vinden en de bijbehorende peptide
sequentie.
Run blast in de foto: In plaats van een sequentie te kopiëren en te plakken kunnen we ook een BLAST
analyse uitvoeren met alleen de "protein identifier". NCBI BLAST leest automatisch de bijbehorende
sequentie in. Hier kun je meer informatie vinden over het eiwit zoals de familie (onder description).
Wanneer je op de link klikt van de familie krijg je meer informatie.
Onder de structure database kun je de structuur van eiwitten vinden
Blast tool
Hier kun je sequenties vergelijken met 200 miljoen bekende sequenties
Nucleotide blast
Vier tabbladen Graphic summary (De "Graphic Summary"geeft de mate van gelijkenis aan met een
sequentie in de nucleotide databank), descriptions (De "Descriptions" geeft informatie over de
gevonden sequentie), alignments (De "Alignments" vertoont de gelijkenis op nucleotide niveau) en
taxonomy (word niet gebruikt)
Primer blast
Hier kunnen primers ontworpen worden met minimale overlap van 50bp
Protein blast - https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Hier kun je twee sequenties met elkaar vergelijken
Align two or more sequences
Nu kun je de mutatie opsporen. Om de mutatie beter te zien kun je gebruik maken van de MSA
viewer aangegeven in de BLAST output. Deze geeft grafisch aan waar de mutatie zich bevindt.
je wat?
Commands in linux
Server: tlsc-bid3v-17.biomarker-hu.surf-hosted.nl
Login: BID17_20a_laralommers
Wachtwoord: Lar@1763910
Port: 22
Pwd (print work directory): welke locatie en folder
ls (list): welke folders en bestanden er al aanwezig zijn binnen de home directory
ls -lh: mooi overzichtje
… --help: hulp voor het onderwerp op de puntjes
cd .. :Als je weer 1 folder naar “boven” wilt
cd ../.. : Als je twee folders naar boven wilt
cd ../les5 : Als je naar module1/les5 wilt
head: laat de eerste 10 regels van een bestand zien
tail: aat de laatste 10 regels van een bestand zien
head -n50: laat de eerste 50 regels van een bestand zien
tail -n50: laat de laatste 50 regels van een bestand zien
head -n1000 ‘bestandsnaam’ |tail : Om regel 990-1000 te printen op het scherm
tail -n1000 ‘bestandsnaam’ |head : Om de 1000ste tot en met 990ste voorlaatste regels van bestand
te printen
perl: voor het uitvoeren van scripts die eindigen op pl
cat (catenate): laat de volledige inhoud van een bestand zien
mkdir (make directory): nieuwe folders aanmaken
mv (move): verplaatsen van folder (zet mv ‘te verplaatsen bestand’ folder)
cp (copy): het kopieren van een bestand naar een folder (zet cp ‘te verplaatsen bestand’ folder)
rm (remove): het verwijderen van een bestand
grep (Global Regular Expression Parser): patronen / motifs te herkennen in text bestanden (grep -n
‘wat je wilt herkennen’ ‘bestand’)
bash (BNU Bourne-Again Shell): om meerdere commands / scripts achter elkaar uit te voeren
wc –l (wc betekent word count en de –l opties staat voor het aantal “lines” (regels)): je krijgt het
aantal regels waaruit het bestaat.
> :Dit betekent maak een nieuw bestand aan met de bestandsnaam die je achter het > teken schrijft.
Databases
NCBI
NCBI heeft een hele rij met databanken. In deze cursus wordt gebruik gemaakt van ‘gene’
‘nucleotide’ (Les 2) en ‘protein’.
Bij gene en dan onder de table of content kun je ‘genomic regions, transcripts and products’ vinden.
Hierin staan allerlei transcripten van het gen. Wanneer er voor de naam van deze transcripten NM_
staat zijn het mRNA’s. NP_ staat voor het protein en staan aan de rechterkant van het transcript. Hier
kun je ook het verschil bekijken tussen de transcripten. Wil je nou het precieze verschil weten dan
, moet de nucleotide databank gebruikt worden. Onder het kopje FASTA is de nucleotide volgorde te
vinden. Hierin kan je de regio veranderen die word laten zien. Je wilt bijvoorbeeld de CDS van een
gen dan kun je het begin en einde instellen en krijg je alleen die nucleotide.
Hier is ook de link naar het protein_id te vinden: Je bevindt je nu in NCBI protein database. In deze
database staat informatie over de aminozuur sequentie van eiwitten en allerlei andere nuttige links
naar eiwit informatie. Hier bevindt zich ook de eiwit sequentie onder de FASTA link. De translatie van
de CDS kan je dus gelijk in de NCBI databank opzoeken. Echter als je een onbekende sequentie hebt
zijn translatie tools erg nuttig om het juiste reading frame te vinden en de bijbehorende peptide
sequentie.
Run blast in de foto: In plaats van een sequentie te kopiëren en te plakken kunnen we ook een BLAST
analyse uitvoeren met alleen de "protein identifier". NCBI BLAST leest automatisch de bijbehorende
sequentie in. Hier kun je meer informatie vinden over het eiwit zoals de familie (onder description).
Wanneer je op de link klikt van de familie krijg je meer informatie.
Onder de structure database kun je de structuur van eiwitten vinden
Blast tool
Hier kun je sequenties vergelijken met 200 miljoen bekende sequenties
Nucleotide blast
Vier tabbladen Graphic summary (De "Graphic Summary"geeft de mate van gelijkenis aan met een
sequentie in de nucleotide databank), descriptions (De "Descriptions" geeft informatie over de
gevonden sequentie), alignments (De "Alignments" vertoont de gelijkenis op nucleotide niveau) en
taxonomy (word niet gebruikt)
Primer blast
Hier kunnen primers ontworpen worden met minimale overlap van 50bp
Protein blast - https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Hier kun je twee sequenties met elkaar vergelijken
Align two or more sequences
Nu kun je de mutatie opsporen. Om de mutatie beter te zien kun je gebruik maken van de MSA
viewer aangegeven in de BLAST output. Deze geeft grafisch aan waar de mutatie zich bevindt.
