Brittheijmans
Mijn samenvattingen bevatten altijd kleurtjes om de belangrijke begrippen aan te duiden en verder gebruik ik veel figuren om zaken uit te leggen. Heb je echter toch nog vragen, dan kan je altijd contact met met opnemen. Ik heb eerst 3 jaar biologie gestudeerd en ben nu bezig met een master om zowel arts als klinisch onderzoeker te worden.
- 305
- 0
- 15
Community
- Followers
- Following
532 Reviews received
162 items
HCO fylogenetische interferentie
Dit is een uitgebreide samenvatting van hoofdstuk 9 uit de reader: phylogenetic interference. Onderwerpen die hierin aan bod komen zijn: fylogenetische interferentie, fylogenetische resolutie, distance-based, model-based, boom bouwen, UPGMA, multifurcating branch, root, ultrametric, evolutie, NJ, neighbor joining, MP, maximum parsimony, informative position, MJ, maximum likelihood, heuristieken, rooting, outgroup, midpoint rooting, alignment, trimming alignmnent, branch support, bootstrapping et...
- Package deal
- Summary
- • 9 pages •
Dit is een uitgebreide samenvatting van hoofdstuk 9 uit de reader: phylogenetic interference. Onderwerpen die hierin aan bod komen zijn: fylogenetische interferentie, fylogenetische resolutie, distance-based, model-based, boom bouwen, UPGMA, multifurcating branch, root, ultrametric, evolutie, NJ, neighbor joining, MP, maximum parsimony, informative position, MJ, maximum likelihood, heuristieken, rooting, outgroup, midpoint rooting, alignment, trimming alignmnent, branch support, bootstrapping et...
HCO heuristic searches
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 8 uit de reader. In het geel staan dingen gemarkeerd die nog niet helemaal duidelijk zijn. Daar verwacht na het hoorcollege van maandag meer duidelijkheid over te geven. Onderwerpen die hier naar voren komen, zijn: heuristieken, database, RAM, k-mer, transcriptomics, metagenomics, index search, natural sequence diverge, BLAST, HSP, BLAST input, BLAST output, alignment output, tabular output, bitscore, blastn, megablast, disco...
- Package deal
- Summary
- • 7 pages •
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 8 uit de reader. In het geel staan dingen gemarkeerd die nog niet helemaal duidelijk zijn. Daar verwacht na het hoorcollege van maandag meer duidelijkheid over te geven. Onderwerpen die hier naar voren komen, zijn: heuristieken, database, RAM, k-mer, transcriptomics, metagenomics, index search, natural sequence diverge, BLAST, HSP, BLAST input, BLAST output, alignment output, tabular output, bitscore, blastn, megablast, disco...
HCO algoritmes voor sequentie alignments
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 7 uit de reader: algoritmes voor sequentie alignments. Onderwerpen die naar voren komen, zijn: algoritme, alignment, local alignment, global alignment, identity, alignment matrix, gap penalty, model van evolutie, gap open penalty, gap extension penalty, linear gap penalty, fixed gap penalty, affine gap penalty, dynamic programming, Needleman-Wunsch, Smith-Waterman, optimale alignment, BABA, progressive multiple sequence align...
- Package deal
- Summary
- • 7 pages •
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 7 uit de reader: algoritmes voor sequentie alignments. Onderwerpen die naar voren komen, zijn: algoritme, alignment, local alignment, global alignment, identity, alignment matrix, gap penalty, model van evolutie, gap open penalty, gap extension penalty, linear gap penalty, fixed gap penalty, affine gap penalty, dynamic programming, Needleman-Wunsch, Smith-Waterman, optimale alignment, BABA, progressive multiple sequence align...
HCO kwantificeren van sequentie similarity
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 6 uit de reader: kwantificeren van sequentie similarity. Er zijn twee gedeeltes geel gemarkeerd, omdat ik daar maandag bij het hoorcollege nog vragen over heb. Onderwerpen die aan bod komen, zijn: similarity, fylogenetische boom, homoloog, identity, alignment, evolutionaire afstand, substitutie matrix, identity matrix, transitie, transversie, BLOSUM matrix, BLOSUM nummers, alignment score, PAM matrix, Gonnet matrix etc.
- Package deal
- Summary
- • 5 pages •
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 6 uit de reader: kwantificeren van sequentie similarity. Er zijn twee gedeeltes geel gemarkeerd, omdat ik daar maandag bij het hoorcollege nog vragen over heb. Onderwerpen die aan bod komen, zijn: similarity, fylogenetische boom, homoloog, identity, alignment, evolutionaire afstand, substitutie matrix, identity matrix, transitie, transversie, BLOSUM matrix, BLOSUM nummers, alignment score, PAM matrix, Gonnet matrix etc.
HCO conservatie
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 5 uit de reader: conservatie. Onderwerpen die hierin vermeld staan, zijn: evolutie, mutatie, conservering, substitutie, insertie, deletie, indel, inversie, duplicatie, HGT, conjugatie, transformatie, transductie, low complexity region, microstaellite, short tandem repeat, STR, similarity, analoog, homoloog, orthology conjecture, ortholoog, paraloog, mate van conservatie, wobble base, synonieme mutatie, nonsense, missense, eiw...
- Package deal
- Summary
- • 6 pages •
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 5 uit de reader: conservatie. Onderwerpen die hierin vermeld staan, zijn: evolutie, mutatie, conservering, substitutie, insertie, deletie, indel, inversie, duplicatie, HGT, conjugatie, transformatie, transductie, low complexity region, microstaellite, short tandem repeat, STR, similarity, analoog, homoloog, orthology conjecture, ortholoog, paraloog, mate van conservatie, wobble base, synonieme mutatie, nonsense, missense, eiw...
HCO fylogenetische bomen
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 4 uit de reader: fylogenetische bomen. Onderwerpen die hier aan bod komen, zijn: fylogenie, fylogenetische bomen, tips, nodes, root, moleculaire klok, evolutionaire afstand, topologie, branch support, parsimonie, ortholoog, paraloog, homoloog, evolutie, rule of thumb, HGT, conservatie, gene loss, tree of life etc.
- Package deal
- Summary
- • 5 pages •
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 4 uit de reader: fylogenetische bomen. Onderwerpen die hier aan bod komen, zijn: fylogenie, fylogenetische bomen, tips, nodes, root, moleculaire klok, evolutionaire afstand, topologie, branch support, parsimonie, ortholoog, paraloog, homoloog, evolutie, rule of thumb, HGT, conservatie, gene loss, tree of life etc.
HCO dimensies in data
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 3 uit de reader: dimensies in data. Onderwerpen die hier naar voren komen, zijn: heatmap, weefselexpressie, expressiepatroon, vector, magnitude, distance matrix, data visualiseren, principale componenten, PC, PCA, co-expressie, microbioom, assen PCA, clusters, bi-clustered heatmap, clusters maken, cladogram, average linkage, single linkage, clustervorm, chaining behavior, clumping behavior, intermediate behavior, bracket-nota...
- Package deal
- Summary
- • 5 pages •
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 3 uit de reader: dimensies in data. Onderwerpen die hier naar voren komen, zijn: heatmap, weefselexpressie, expressiepatroon, vector, magnitude, distance matrix, data visualiseren, principale componenten, PC, PCA, co-expressie, microbioom, assen PCA, clusters, bi-clustered heatmap, clusters maken, cladogram, average linkage, single linkage, clustervorm, chaining behavior, clumping behavior, intermediate behavior, bracket-nota...
Kennisclip file formats
Dit is een samenvatting van de kennisclip over file formats. Onderwerpen die hier aan bod komen, zijn: fasta files, file extension, Phred score, ASCII tabel, fastq files, metadata, Genbank, tab-separated values, TSV, compressed files etc.
- Package deal
- Summary
- • 3 pages •
Dit is een samenvatting van de kennisclip over file formats. Onderwerpen die hier aan bod komen, zijn: fasta files, file extension, Phred score, ASCII tabel, fastq files, metadata, Genbank, tab-separated values, TSV, compressed files etc.
Kennisclip afstand tussen vectoren
Dit is een samenvatting van de kennisclip over het berekenen van afstanden tussen vectoren volgens verschillende methodes, zoals de Manhattan distance en Euclidean distance. Andere begrippen die naar voren komen, zijn afstandsmatrix, Pythagoras, vectoren, magnitude, patroon, correlatie, Pearson, similarity etc.
- Package deal
- Summary
- • 3 pages •
Dit is een samenvatting van de kennisclip over het berekenen van afstanden tussen vectoren volgens verschillende methodes, zoals de Manhattan distance en Euclidean distance. Andere begrippen die naar voren komen, zijn afstandsmatrix, Pythagoras, vectoren, magnitude, patroon, correlatie, Pearson, similarity etc.
HCO praten tegen computers
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over het tweede hoofdstuk uit de reader van systeembiologie. In deze samenvatting worden veel voorbeelden gebruikt om de werkwijze van R duidelijk te maken. Onderwerpen die hier aan bod komen, zijn: computers, modulaire architectuur, R, logical, operators, rekenkundige verrichtingen, testen, variabelen, datasoorten, tabel, RAM, geheugen, harde schijf, CPU, commando's, loops, nested loop, curly braches, functies, algoritme, Euclid's algori...
- Package deal
- Summary
- • 7 pages •
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over het tweede hoofdstuk uit de reader van systeembiologie. In deze samenvatting worden veel voorbeelden gebruikt om de werkwijze van R duidelijk te maken. Onderwerpen die hier aan bod komen, zijn: computers, modulaire architectuur, R, logical, operators, rekenkundige verrichtingen, testen, variabelen, datasoorten, tabel, RAM, geheugen, harde schijf, CPU, commando's, loops, nested loop, curly braches, functies, algoritme, Euclid's algori...
Primair artikel 2, Munc18 mutant
Primair artikel 5, genen corticale malformatie
Primair artikel 1, SHANK3 mutaties
Primair artikel 8, myeline
Primair artikel 7, Parkinson