Samenvatting Biochemie course 5 blok 2

Samenvatting biochemie


Naamgeving van eiwitten

- Naamgeving start bij het amino terminale uiteinde
- 3 vormen
o Volle namen gebruiken
 Serylglycyltyrosylalanylleucine
 Alleen laatste eiwit krijg volledige naam
o De 3 letter code gebruiken
 Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu
o Bij lange peptides de letter kan gebruikt worden
 SGYAL


Aminozuur classificatie

- Gemeenschappelijke aminozuren kunnen in vijf basisgroepen
worden ingedeeld afhankelijk van hun R-substituenten
o Apolair, alifatisch (7)
o Aromatisch (3)
o Polair, ongeladen (5)
o Positief geladen (3)
o Negatief geladen (2)
- Alle aminozuren behalve glycerine zijn chiraal
o Kunnen gespiegeld worden
o L en D kant
- Verschillende classificaties kunnen worden toegepast:
o Polar (maar ongeladen): Cys, Asn, Gln, Ser, Thr, Tyr
o Niet-polair: Ala, Leu, Ile, Val, Met, Phe, Trp, Gly en Pro
o Alcoholische: Ser, Thr, Tyr
o Zwavelbevattende: Met, Cys
o Aromatische: Phe, Tyr, Trp
o Polar geladen: Asp en Glu (zuur); Arg, Lys, His (basis)
o Speciale: Gly (geen R), Pro (cyclisch, iminozuur)



Apolaire, alipatische R groepen

,Aromatische aminozuren

- Tyrosine is polair, fenylalanine en tryptofaan zijn apolair
- De zijketens van deze aminozuren absorberen UV-licht bij 270-280 nm




Polair ongeladen eiwitten

- De zijketens van deze aminozuren kan waterstofbruggen vormen
- Cysteïne kan disulfidebruggen vormen




Positief geladen eiwitten

- Histidine R-groepen zijn belangrijk voor bufferen van de pH in het bloed
o Histidine R-groepen gecoördineerd maken bindingen met Ni2+-ionen
- Positief geladen R-groepen zijn positief geladen als de pH lager is de pKR-waarde
- De pKR-waarden van Lys, Arg en His zijn resp. 10,5, 12,5 en 6,0;
o Bij pH = 7 zijn de R van Lys en Arg positief geladen, maar niet van His


Positief geladen eiwitten Negatief geladen eiwitten

, Zuren en basen

- Aminogroepen en carboxylgroepen kunnen protonen accepteren en protonen doneren
o Functioneren als zwakke zuren en basen (bijvoorbeeld te vergelijken met azijnzuur) •
o Bij lage pH zijn alle groepen volledig geprotoneerd
o Bij hoge pH doneerden alle groepen hun protonen
o Bij neutrale pH vormen ze dipolaire zwitterionen
 Geen netto lading




pH afhankelijke lading van aminozuren

- In een zure omgeving alle groepen zijn in zure vorm
o R-NH3 + and R- COOH
- In een basische omgeving alle groepen zijn in basische vorm
o R-NH2 and R- COO-
- pKa : zuurdissociatieconstante; PH waarde; hoe lager de pKa , de sterker de neiging om een
proton te dissociëren
- pK(a)1 van aminozuur:
o De pH waarbij 50% van de protonen wordt gedissocieerd van de COOH-groep



o
o pK-waarden van carboxylgroepen van de meeste aminozuren liggen rond de 2
 negatieve lading boven pH 2 (boven pK1 )
- pK(a)2 van aminozuur:
o De pH waarbij 50% van de NH2-groepen geprotoneerd zijn:




o
o pK-waarden van aminogroepen van de meeste aminozuren liggen rond de 9-10 →
 positieve lading onder pH 9-10 (pK)
- Zwitterionen overheersen bij pH-waarden tussen de pKa-waarden van de amino- en
carboxylgroepen
- Voor aminozuren zonder ioniseerbare zijketens, het Isoelectric Point (equivalentiepunt, pI) is:
o Op dit punt is de netto lading nul
 AA is het minst oplosbaar in water
 AA migreert niet in elektrisch veld