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Cours de Taxinomie microbienne
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Ce document regroupe l'ensemble des informations liées au sujet de taxinomie microbienne .
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I- Introduction à la classification et à la taxinomie microbiennes:Dans cette introduction, nous abordons l'essentiel de la classification microbienne. La
classification phénétique et phylogénétique représentent deux approches fondamentales. La
première se base sur les caractéristiques observables, tandis que la seconde utilise des données
moléculaires pour retracer les liens évolutifs. Comprendre ces concepts est crucial pour
appréhender la diversité microbienne.
II- Les rangs taxinomiques:
Les rangs taxinomiques constituent une hiérarchie utilisée dans la classification biologique afin
d'organiser les organismes en groupes distincts en fonction de leurs caractéristiques communes.
Cette hiérarchie, allant du plus spécifique au plus général, offre une structure systématique pour
décrire la diversité biologique. Voici une explication détaillée des principaux rangs
taxinomiques avec des exemples :
1. Espèce :
• Définition : Le groupe le plus spécifique dans la classification, regroupant des
individus qui sont capables de se reproduire entre eux et d'avoir une descendance
fertile.
• Exemple : Homo sapiens (l'espèce humaine)
Panthera leo (l'espèce des lions).
2. Genre :
• Définition : Un regroupement d'espèces similaires partageant des
caractéristiques communes.
• Exemple : Canis regroupe plusieurs espèces de chiens, dont Canis lupus (loup)
et Canis familiaris (chien domestique).
3. Famille :
• Définition : Un regroupement de genres partageant des caractéristiques plus
larges et plus générales.
• Exemple : La famille des Felidae regroupe les genres Panthera (lions, tigres) et
Felis (chats domestiques).
4. Ordre :
• Définition : Un regroupement de familles similaires partageant des
caractéristiques anatomiques plus générales.
• Exemple : L'ordre des Carnivora inclut les familles des Felidae (chats) et
Canidae (chiens).
5. Classe :
• Définition : Un regroupement d'ordres partageant des caractéristiques
anatomiques plus larges.
• Exemple : La classe des Mammalia inclut les ordres des Carnivora (chats,
chiens) et des Primates (singes, humains).
6. Phylum :
• Définition : Un regroupement de classes partageant des caractéristiques
embryonnaires, anatomiques, ou physiologiques.
• Exemple : Le phylum des Chordata inclut les classes des Mammalia
(mammifères) et des Aves (oiseaux).
7. Règne :
• Définition : Le niveau le plus général dans la classification, regroupant plusieurs
phyla partageant des caractéristiques fondamentales.
• Exemple : Le règne Animalia inclut les phyla des Chordata, Arthropoda
(insectes, araignées), et Mollusca (mollusques).
, Ces rangs taxinomiques illustrent comment les organismes sont organisés de manière
hiérarchique en fonction de leurs similitudes évolutives et anatomiques.
Chaque niveau offre une perspective différente sur la parenté biologique et la diversité de la vie
sur Terre.
III- Les techniques de détermination pour la phylogénie microbienne:
1- Caractéristiques Classiques:
a- Les Caractéristiques Morphologiques :
Jouent un rôle essentiel dans leur classification et identification. La forme et la structure des
cellules microbiennes fournissent des informations cruciales pour comprendre la diversité
de ces organismes.
- Forme Cellulaire :
o Cocci, Bacilles, Spirilles et Autres : La première distinction majeure se fait sur la
forme générale des cellules. Les cocci sont des micro-organismes sphériques, les
bacilles sont en forme de bâtonnets, tandis que les spirilles ont une forme spiralée.
Cette classification initiale offre déjà des indices sur le type de micro-organisme que
l'on observe.
- Coloration Gram :
o Exemple de Différenciation : La coloration Gram est une technique de laboratoire
qui divise les bactéries en deux groupes principaux : les Gram positifs, qui retiennent
la coloration violette, et les Gram négatifs, qui prennent une coloration rouge. Cette
distinction repose sur les différences dans la composition de la paroi cellulaire. Les
cocci et bacilles peuvent réagir différemment à cette coloration, aidant ainsi à
identifier leur structure cellulaire.
- Présence de Structures Spécifiques :
o Flagelles, Cils, et Pilis : Certains micro-organismes sont dotés de structures mobiles
telles que les flagelles, des structures de mouvement qui peuvent varier en nombre
et en disposition. Les cils, plus courts, peuvent également être présents. Les pilis,
quant à eux, sont des extensions de la surface cellulaire utilisées pour l'adhésion à
d'autres cellules ou surfaces.
- Formation de Colonies :
o Caractéristiques Visibles en Culture : La manière dont les micro-organismes se
développent en colonies sur des milieux de culture peut également fournir des
indices morphologiques. Par exemple, certaines bactéries forment des colonies
rondes et lisses, tandis que d'autres peuvent présenter des colonies rugueuses ou
filamentaires.
- Variations dans la Taille Cellulaire :
o Micrococci vs Bacilles Coliformes : Les différences de taille entre les micro-
organismes sont également significatives. Par exemple, les micrococci sont
généralement plus petits que les bacilles coliformes. Cette différence peut être
utilisée pour distinguer ces deux types de bactéries lors d'une observation
microscopique.
- Formation de Spores :
o Endospores vs Exospores : Certains micro-organismes ont la capacité de former des
spores, des structures de résistance. Les endospores se forment à l'intérieur de la
cellule mère, tandis que les exospores sont libérées à l'extérieur de la cellule. Cette
capacité peut être un indicateur important pour la classification, par exemple, la
présence d'endospores est caractéristique de certaines bactéries du genre Bacillus.
- Capsules et Glycocalyx :
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