100% tevredenheidsgarantie Direct beschikbaar na betaling Zowel online als in PDF Je zit nergens aan vast
logo-home
Summary Computational Biology €3,49   In winkelwagen

Samenvatting

Summary Computational Biology

 8 keer bekeken  1 keer verkocht

Samenvatting van de colleges en opdrachten, gebaseerd op het boek. Summary of the lectures and exercises, based on the book.

Voorbeeld 4 van de 103  pagina's

  • Nee
  • Onbekend
  • 10 januari 2024
  • 103
  • 2023/2024
  • Samenvatting
book image

Titel boek:

Auteur(s):

  • Uitgave:
  • ISBN:
  • Druk:
Alle documenten voor dit vak (1)
avatar-seller
michouweimar
Lectures
Building blocks of life
Molecular biology primer (from gene to protein)
Central dogma molecular biology




 mRNA longer & heavier
 Proteins synthesized in cytoplasm



Proteins more abundant, why study DNA?

 DNA (&RNA) sequencing can be automated



Seq technologies

 1st generation: Sanger seq
- Short read
- Infer nucleotide identity using dNTPs
- Visualize with electrophoresis
 2nd gen (NGS): Illumina
- Short read
- High throughput from parallelization of seq reactions
 3rd gen: Oxford Nanopore
- Long read
- Seq native DNA in real time with single molecule resolution



Longer read length  higher error

 Combine long & short read tech to cover gaps & correct seq errors



Genome => full set of chromosomes or genes in a gamete of diploid organism

 Regular somatic cell contains 2 full sets of genomes (& mtDNA)
 Haploid organisms: cell contains 1 set of genome
 Mt & chloroplast genome: also 1 set

,Size of genomes: does not correlate with complexity




Gene => DNA based unit that can exert its effect on organism through RNA or
protein products

 1 gene  1 protein
 Programmable unit that can give rise to multitude of products: proteins &
RNA products through splicing



Translation

1. Initiation
2. Elongation
3. Termination



Bioinformatics = gene encoded in 1 strand + scan model takes 1 st ATG as start
codon

 ORF finding program



Reading frame => way of dividing seq of nucleotides in DNA or RNA molecule
into a set of consecutive, non-overlapping triplets



Open reading frame (ORF) => spans of DNA seq between start & stop codons

,Amino acids
Why study aa?

 20 aa
 Lock & key property
 Serine proteases
- Chymotrypsin cuts after Phe, Trp & Tyr
- Trypsin cuts after Lys & Arg
- Elastase cuts after Ala, Gly & Val
Composition helps predict
- Protein structure
- Possible biochemical structure
- Protein functionality
- Mutability & evolution



Secondary structure

 Alpha helix
 Beta strand
 (beta) turn


Proteins

 Macromolecules made up from 20 aa
 Heart of aa = C alpha, bound to:
- Amino group (backbone)
- Carboxyl group (backbone)
- Hydrogen (backbone)
- Side chain R



Di-peptide

 Binding of aa to form protein: 2 protons from NH3 & 1 O from carboxyl
join  form water
 Peptide bond: C=O at one side & N-H at other side
- Only ends of chain are NH3 or carboxylic  charged



Amino acid sequence = primary structure

 Order of aa in protein chain
 Always read from N term to C term of protein
- N term = +H3N
- C term = COO-

, 20 aa




 Side chain (R) determines differences in structural & chemical properties
of 20 natural aa
 Several aa in >1 category
 Characterisation: multiple ways
- Hydrophobicity
- Size
- Charge
- Secondary structure preference
- Alcoholicity
- Aromaticity
- Special characteristics: bridge forming by cysteines, rigidity of prolines,
titrating at phys pH of histidine, flexibility of glycines



Amino acid characteristics
Glycine (G) & alanine (A)

 Small & neutral
 G (Gly)
- Smallest residue, hydrophobicity undetermined (no R)
- Turns 😊 no R  flexible backbone > strands 😐 > helix ☹
- No chiral center: <4 different groups bound to it, 2 protons on C alpha
 A (Ala)
- Small hydrophobic residue
- R = methyl group
- Alpha helix 😊 > beta strands 😐 > beta turns ☹
- Subset of all other aa

Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:

Verzekerd van kwaliteit door reviews

Verzekerd van kwaliteit door reviews

Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!

Snel en makkelijk kopen

Snel en makkelijk kopen

Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.

Focus op de essentie

Focus op de essentie

Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.

Van wie koop ik deze samenvatting?

Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper michouweimar. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.

Zit ik meteen vast aan een abonnement?

Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €3,49. Je zit daarna nergens aan vast.

Is Stuvia te vertrouwen?

4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)

Afgelopen 30 dagen zijn er 67096 samenvattingen verkocht

Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen

Start met verkopen
€3,49  1x  verkocht
  • (0)
  Kopen