Samenvatting
Summary Computational Biology
- Instelling
- Wageningen University (WUR)
Samenvatting van de colleges en opdrachten, gebaseerd op het boek. Summary of the lectures and exercises, based on the book.
[Meer zien]Voorbeeld 4 van de 103 pagina's
Voorbeeld 4 van de 103 pagina's
In winkelwagengesponsord bericht van onze partner
Gekoppeld boek
Titel boek:
Auteur(s):
- Uitgave:
- ISBN:
- Druk:
Voorbeeld van de inhoud
LecturesBuilding blocks of life
Molecular biology primer (from gene to protein)
Central dogma molecular biology
mRNA longer & heavier
Proteins synthesized in cytoplasm
Proteins more abundant, why study DNA?
DNA (&RNA) sequencing can be automated
Seq technologies
1st generation: Sanger seq
- Short read
- Infer nucleotide identity using dNTPs
- Visualize with electrophoresis
2nd gen (NGS): Illumina
- Short read
- High throughput from parallelization of seq reactions
3rd gen: Oxford Nanopore
- Long read
- Seq native DNA in real time with single molecule resolution
Longer read length higher error
Combine long & short read tech to cover gaps & correct seq errors
Genome => full set of chromosomes or genes in a gamete of diploid organism
Regular somatic cell contains 2 full sets of genomes (& mtDNA)
Haploid organisms: cell contains 1 set of genome
Mt & chloroplast genome: also 1 set
,Size of genomes: does not correlate with complexity
Gene => DNA based unit that can exert its effect on organism through RNA or
protein products
1 gene 1 protein
Programmable unit that can give rise to multitude of products: proteins &
RNA products through splicing
Translation
1. Initiation
2. Elongation
3. Termination
Bioinformatics = gene encoded in 1 strand + scan model takes 1 st ATG as start
codon
ORF finding program
Reading frame => way of dividing seq of nucleotides in DNA or RNA molecule
into a set of consecutive, non-overlapping triplets
Open reading frame (ORF) => spans of DNA seq between start & stop codons
,Amino acids
Why study aa?
20 aa
Lock & key property
Serine proteases
- Chymotrypsin cuts after Phe, Trp & Tyr
- Trypsin cuts after Lys & Arg
- Elastase cuts after Ala, Gly & Val
Composition helps predict
- Protein structure
- Possible biochemical structure
- Protein functionality
- Mutability & evolution
Secondary structure
Alpha helix
Beta strand
(beta) turn
Proteins
Macromolecules made up from 20 aa
Heart of aa = C alpha, bound to:
- Amino group (backbone)
- Carboxyl group (backbone)
- Hydrogen (backbone)
- Side chain R
Di-peptide
Binding of aa to form protein: 2 protons from NH3 & 1 O from carboxyl
join form water
Peptide bond: C=O at one side & N-H at other side
- Only ends of chain are NH3 or carboxylic charged
Amino acid sequence = primary structure
Order of aa in protein chain
Always read from N term to C term of protein
- N term = +H3N
- C term = COO-
, 20 aa
Side chain (R) determines differences in structural & chemical properties
of 20 natural aa
Several aa in >1 category
Characterisation: multiple ways
- Hydrophobicity
- Size
- Charge
- Secondary structure preference
- Alcoholicity
- Aromaticity
- Special characteristics: bridge forming by cysteines, rigidity of prolines,
titrating at phys pH of histidine, flexibility of glycines
Amino acid characteristics
Glycine (G) & alanine (A)
Small & neutral
G (Gly)
- Smallest residue, hydrophobicity undetermined (no R)
- Turns 😊 no R flexible backbone > strands 😐 > helix ☹
- No chiral center: <4 different groups bound to it, 2 protons on C alpha
A (Ala)
- Small hydrophobic residue
- R = methyl group
- Alpha helix 😊 > beta strands 😐 > beta turns ☹
- Subset of all other aa
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper michouweimar. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €3,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 83662 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen