Samenvatting van het vak Bioinformatica uit de opleiding life sciences, ook wel biologie en medisch laboratoriumonderzoek. Per onderwerp zijn de leerdoelen uitgewerkt aan de hand van de canvaspagina en de opdrachten. De onderwerpen zijn puntsgewijs samengevat, om zo een goed overzicht te krijgen. D...
Contents
Handige links..........................................................................................................................................3
Extra’s.....................................................................................................................................................4
Elementen van het eukaryote genoom..........................................................................................4
Script schrijven...............................................................................................................................4
Les 1 De onbekende bacterie.................................................................................................................5
Les 2 De bekende bacterie......................................................................................................................5
Blast analyse...................................................................................................................................5
Ontwerpen van primers voor kloneren..........................................................................................6
Les 3 Het eukaryote genoom..................................................................................................................7
Transcript varianten.......................................................................................................................7
Ontwerpen van primers voor gen expressie analyse......................................................................7
Mutaties.........................................................................................................................................8
Les 4 De grote vriendelijke server..........................................................................................................8
Maken van een stappenplan voor een script..................................................................................8
Linux omgeving en functies............................................................................................................9
Mutatie analyse............................................................................................................................11
Les 5 Knippen en plakken met DNA......................................................................................................12
Splicing..........................................................................................................................................12
UCSC browser...............................................................................................................................12
Les 6 De eiwit code...............................................................................................................................13
Eiwit Translatie.............................................................................................................................13
Eiwit BLAST en eiwit domeinen....................................................................................................14
Mutaties.......................................................................................................................................14
Les 7 Mutatie analyse...........................................................................................................................14
Bash Analyse Pipeline...................................................................................................................14
Les 8 Moleculaire pathways.................................................................................................................16
Molecular Pathways.....................................................................................................................16
Kegg databank..............................................................................................................................16
Les 9 De histone code...........................................................................................................................18
Post-translational modification (PMTs), Histonen, Histon code...................................................18
Uniprot databank..........................................................................................................................20
Les 10 Eiwit-DNA interacties.................................................................................................................20
BED bestanden.............................................................................................................................20
Verkrijgen van DNA sequenties via ECSC Genome browser.........................................................20
1
,Visualiseren van genomische data................................................................................................21
Sequentie van 3’-5’ naar 5’-3’ maken:
http://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html
Ontwerpen van primers:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
Algemene achtergrond informatie over Perl:
https://learn.perl.org/
https://bioperl.org/
Linux commands:
https://ss64.com/bash/
http://www.gnu.org/software/coreutils/coreutils.html
UCSC:
http://genome.ucsc.edu/
Translatie:
https://www.ebi.ac.uk/services
Berekenen moleculair gewicht en iso-elektrisch punt:
https://web.expasy.org/compute_pi/
NCBI Pubmed:
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
Kegg:
https://www.kegg.jp/
UniProt:
https://www.uniprot.org/
Lengte van ieder humaan chromosoom:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc/human/data
3
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper IvHouwelingen. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €5,48. Je zit daarna nergens aan vast.
