College aantekeningen
Course 5 - Bioinformatics
- Instelling
- Hogeschool Arnhem En Nijmegen (HAN)
"Handwritten" notes (on tablet), for lectures 1 to 5.
[Meer zien]Voorbeeld 4 van de 44 pagina's
Voorbeeld 4 van de 44 pagina's
In winkelwagengesponsord bericht van onze partner
Verkoper
Volgen
Voorbeeld van de inhoud
310 INFORMATICS, BD INFORMATICS
:
LECTURE 1 :
INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS
↳
DATABASE STRUCTURE
↳
USE OF PROTEIN DDTDBDSES
↳
PROTEIN SEQUENCE AND BIOLOGICAL FUNCTION
THE CENTRAL PARADIGM
:
DND TREPLICATION
f- TRANSCRIPTION
-
y
I GENOTYPE → PHENOTYPE - -
l
MND
l
l
L
' V TRANSLATION
EVOLUTION ←
NATURAL SELECTION PROTEIN
f
METABOLISM
DND →
ATGC ( Z strands )
RNA →
UACG (1 STRAND )
PROTEIN -
D 20 Amino ACIDS (N -
AND C- terminus )
METABOLISM - D
PATHWAY
BIOINFORMATICS IS THE APPLICATION OF COMPUTER TECHNOLOGY to THE
MANAGEMENT AND ANALYSIS OF BIOLOGICAL DATA
•
DDT 0
€
D GENERATION , STORAGE , MSNDGEMENT , MINING .
AREAS OF APPLICATION
•
DDTD INTERPRETATION , INTEGRATION
SEQUENCING :
TIE FIRST COMPLETE GENOME OF A FREE LIVING ORGANISM ,
THE
Influenza VIRUS ,
1000 BP ,
BY HAND .
HUMAN ( 90 03 )
' '
GENOME
:
3.1 Billion gp ,
13 YEARS -
, WHAT IS GENOMIC SEQUENCING? https://www.youtube.com/watch?v=2JUu1WqidC4
GENOMIC SEQUENCING IS D PROCESS FOR ANALYSING A SAMPLE OF DND ,
TAKEN FROM BLOOD , SAMPLES DRE SUBMITTED to HIGH FREQUENCY SOUND WAVES ,
THAT BREAK THE DND INTO SMALLER PIECES ( N
Cold BASES LONG ) .
SPECIAL TAGS
ARE ADDED TO THE ENDS OF THE FRAGMENTED DND ,
WHICH CAN THEN ATTACH
to rs GUSS SLIDE
IN A SEQUENCER ,
EACH PIECE OF DND is COPIED HUNDREDS OF THOUSANDS
OF TIMES ,
CREATING CLUSTERS OF DENT CSL DND FRAGMENTS .
NEXT ,
THE
SEQUENCER READS THE DND , ONE BASE AT A TIME ,
USING DIFFERENT COLOUR TAGS
FOR EACH BASE (DTGC) .
SPECIAL SENSORS WITHIN THE MACHINE DETECT
THE DIFFERENT COLORED TAGS .
THIS SEQUENCE OF colours REVEALS THE DNA
SEQUENCE OF EACH FRAGMENT .
COMPUTERS PIECE TOGETHER THESE INDIVIDUAL DND FRAGMENTS AND
GIVE THE SEQUENCE THE ORIGINAL DND D EXPERTS
SPECIALIZED
OF .
TEAM OF USES
SOFTWARE TO ANALYSE AND COMPARE THE SEQUENCES TO IDENTIFY THE
VDRIENTS THAT MAY BE RELEVANT .
I SEQUENCING
:
SANDER 'S SEQUENCING
NEXT GENERATION -
SEQUENCING TECHNOLOGY :
BILLIONS OF BDS.ES/RUN
a
454 ROCHE
Illumina D. Seal Mi Sea
"
•
Souls ) DB 55001 WILDFIRE
•
( on Torment PGM ( Proton
•
PACIFIC BIOSCIENCES
OXFORD NANO PORE
°
1
↳
BIOSCIENCES
"
Dlhdws FOR LENG MOLECULES , Brut SOME ERRORS ARE PRE -
t
SENT ( PROVIDE BACKBONE) ILLUMINA
it
ALLOWS FOR SHORT FRAGMENTS THAT CAN
CORRECT
.
LONG SEQUENCES MISTAKES .
, D LOT OF DATA IS PRODUCED ,
CREATING A STORAGE SHORTAGE AND
ANALYSIS INTERPRETATION ISSUES
•
WHY DO WE NEED BIOINFORMATICS
? ANALYSE
, INTERPRET ,
STORE
DATA .
°
How can WE look at it
? KNOW WHAT DATA to cook FOR
DATABASE STRUCTURE
:
IMPORTANT SOURCES OF INFORMATION ON BI @ MOLECULES
.eu#tT
•
PUBLIC REPOSITORIES OF SEQUENCE DATA
:
NCBI ,
UNI Depot
s.s.in?.:i:::.::::::::::::::::::::.r
DDTD STRING PUBMED NLM
•
INTEGRATION AND LITERATURE SEARCH ENGINES :
,
,
ESSENTIAL ELEMENTS OF DATABASES
EVERY
CHARACTERISTIC
DATABASE CAN HAVE ITS OWN FORMAT BUT SOME ELEMENTS DRE
FOR EVERY DATABASE :
°
ACCESSION CODES ( IDENTIFIERS ,
IS UNIQUE )
•
DATA TABLES
°
META DATA ( DATA ABOUT DATA =
ANNOTATION
) .
IMPORTANT ADDITIONAL INFORMATION :
•
DEPOSITION DATE
°
NAME OF DEPOSITOR
°
LITERATURE REFERENCES
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper tryingmybest. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €6,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 53068 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen