Essay
BIO1130 LAB 5
- Vak
- Instelling
Essay of 10 pages for the course bio1130 at U of O (BIO1130 LAB 5)
[Meer zien]Voorbeeld 2 van de 10 pagina's
Voorbeeld 2 van de 10 pagina's
In winkelwagen
In winkelwagen
gesponsord bericht van onze partner
Verkoper
Volgen
luisaumannpunteolopez
Voorbeeld van de inhoud
Module 5 – Populus Exercise Luis Punteno 300211345 C6Introduction to computer simulation of
Population genetics using Populus.
I- Populus basic instructions:
Populus is a simulation of population biology software developed by Don Alstad
at the University of Minnesota. You will need to download the program from
their site: https://cbs.umn.edu/populus/download-populus. This program is a
Java-Script that runs on Linus, MacOS and Windows. Read the instructions on
Brightspace to download and run the program.
The simulations we will use during this exercise are accessible from the “Model”
menu. Each simulation model consists of two windows: the input windows in
which you enter values for various parameters of the simulation, and the output
window where the results are displayed. Both windows are resizable.
You can zoom in any region of the display window by selecting the region of
interest with the left mouse button (drag the selection rectangle around the
region you want to zoom in). Right–clicking anywhere on the graph then choose
“Auto Range > Both Axis” to reset the zoom.
Your TA will demonstrate how to use Populous during the live session dedicated
to this exercise.
Follow the instructions below and write your answers directly in this document:
II- Genetic drift:
In the Model menu, select Mendelian Genetics then Genetic Drift. The input
window will appear. Make sure the Monte Carlo tab is selected.
By default, you can enter values for four parameters: population size (N), initial
frequency (p), number of loci and number of generations.
1
, Module 5 – Populus Exercise
Simulation 1-1:
First, let’s simulate a population of 250 individuals and observe what will happen
to an allele with an initial frequency of 0.5.
In the input window enter these parameters: N=250, p=0.5 and number of
loci=6. The number of loci set to 6 allows us to observe 6 simulated populations
at a time. Set the Runtime to 300 generations (click on “other” in the runtime
frame and type 300).
Next, click on “View” at the top of the input window to open the Output
window. A new window appears, showing a graphic representation of the allele
frequency over time (expressed in generation number). Each coloured broken
line represents a locus (or, in our case, a population).
You will notice that a certain number of broken lines may have reached the value
0 or 1. This phenomenon is called allele fixation. If an allele frequency reaches 0,
the allele is lost in the population. On the other hand, if the frequency reaches 1
it is said to be fixed.
Question 1 How many alleles reached fixation at 1? Which allele (blue, red…)?
Only 1 allele reaches fixation at 1, which was the blue allele.
Question 2 What does it mean in terms of genetic diversity for the population when an allele
becomes fixed?
In small populations, a fixed allele that comes from a genetic drift, might result in a loss of
genetic variability. Thus, increasing the risk of extinction, due to the fact that increase
in homozygosity will be a tendency, leading to a bottleneck on a population.
Run the simulation again (in the same conditions) by pressing the “Iterate”
button in the output window.
Question 3 Did you get the same result?
No, it changed
Question 4 How many alleles have been fixed this time?
2
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper luisaumannpunteolopez. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €7,84. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 60904 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen