Samenvatting
Samenvatting Regulome HC3
- Instelling
- Universiteit Utrecht (UU)
College-uitwerkingen van het onderdeel regulome, hoorcollege 3. Inclusief afbeeldingen
[Meer zien]Voorbeeld 2 van de 12 pagina's
Voorbeeld 2 van de 12 pagina's
In winkelwagengesponsord bericht van onze partner
Verkoper
VolgenVoorbeeld van de inhoud
REGULOME – Lecture 3Regulatory layers I
Part 3: Chromatin, DNA methylation, ChIP-seq (ChIP-seq data analysis I)
The genome looks rather inefficient. Only 1,5% is protein coding. The rest is spacer sequence or
regulating sequence.
Transcriptional regulation
Every cell has the same DNA (genome).
But: human cells can look quite different, have different functions while having the same DNA = same
blueprint. The regulation therefore really matters beside the information that sits in our genes.
Different expression --> different cell type
How is this regulated?
Regulation is highly redundant
Small amount of protein coding genes
Big amount of regulatory sequences (high abundance)
Genes & Gene Regulation
Gene = genomic substring that encodes HOW to make a protein
20,000 - 25,000 genes in human, same amount as in bacteria
Genomic switch = genomic substring that encodes WHEN, WHERE and HOW MUCH of a protein to
make
1,000,000 genomic switches (they control genes) in human
Much more than in bacteria --> more complicated organism
Active genomic switches determine the cells activity.
Multiple layers of switches
, Epigenetic markers on DNA (methylation), proteins interacting with DNA (chromatin)
DNA methylation
Methylation occurs on cytosines
Methylated C can still basepair with G so the genetic code remains the same.
The change is another signal that might be recognized by other proteins (activators instead of
repressors)
Methylation sticks out of DNA helix so easy to detect
Methylated DNA is a signal for repression/inactivity
Methylation on DNA --> heterochromatin (dense packed)
Genomic distribution of DNA methylation
C's: only 4% is methylated
CpGs: 75% is methylated, because methyl transferases recognize CG
98% of the genome
1 in 100 bp is CpG, majority methylated
Inactive
<2% of the genome
CpG islands: 1 in 10 bp is CpG (often in promotors), high overrepresentation of CpGs. Most
unmethylated --> active!
Why are only CpG islands mehtylated?
Because of the maintenance of methylation when the cell devides. Methylation on CpG-island
--> one C to both cells --> both cells maintain methylation after cell division
Always palindromic motifs for maintenance of epigenic motifs
Chromatin structure and function
Higher regulatory levels than methylation and acetylation
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper inezdenhond. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €5,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 67866 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen