College aantekeningen
College aantekeningen microbiologie en biochemie, MIB10306
- Instelling
- Wageningen University (WUR)
College aantekeningen van het vak MIB10306
[Meer zien]Voorbeeld 3 van de 26 pagina's
Voorbeeld 3 van de 26 pagina's
In winkelwagengesponsord bericht van onze partner
Voorbeeld van de inhoud
Microbiologie en biochemieMicrobiologie
Hoofdstuk 1
Micro-organismen kun je pas zien met de microscoop als er heel veel organismen op dezelfde plek
zijn. Dit gebeurt door ze in kolonies te laten groeien. Hierbij worden cellen uit één soort gebruikt.
Beroemde microbiologen: Antonie van Leeuwenhoek (uitvinder microscoop en eerste man die
bacteriën zag).
Verschillen prokaryoten en eukaryoten: aanwezigheid celkern bij een eukaryote cel. Bij een
prokaryoot zit DNA los in het cytoplasma. Bepaalde organellen (zoals mitochondrie) zijn ook niet
aanwezig bij prokaryote cellen. In de kern bij eukaryote cellen wordt DNA afgelezen naar RNA
(=transcriptie) en dit RNA wordt aangepast om uit te kern te worden vervoerd.
Micro-organismen synthetiseren ATP op het celmembraan door concentratieverschillen.
Prokaryoten zijn niet alleen bacteriën,
maar ook archaea. Bij archaea zijn
essentiële verschillen met de
bacteriën, zoals de opbouw van de
celwand en celmembraan.
Bij eukaryoten zitten in de
chloroplasten en mitochondriën 70s
ribosomen, net zoals in prokaryoten
(link met endosymbiosetheorie).
Alle micro-organismen hebben metabolisme. Dit zijn alle processen waarbij voedingsstoffen worden
opgenomen om energie te genereren voor groei.
Dit metabolisme wordt onder verdeeld in genetische en katalytische processen. Genetische
processen komen niet echt terug in dit vak. Katalytische processen uit het conserveren van energie
in. Hiervoor zijn enzymen als katalysatoren nodig. Hierdoor: DNA verdubbeling en het delen van
cellen.
Ander aspect: groei en daarna deling. Dit is de essentie van leven.
Het laatste aspect is evolutie. Er treden geregeld mutaties op waardoor micro-organismen zich aan
kunnen passen aan de omgeving. Dit is over het algemeen een vrij traag proces. De meeste mutaties
zijn echter letaal. Soms gaat evolutie sneller bij micro-organismen, vanwege de snelle voortplanting
en vanwege het uitwisselen van DNA tussen micro-organismen.
Niet alle micro-organismen kunnen: differentiëren (door sporten te vormen), communiceren, DNA
uitwisselen of bewegen.
De atmosfeer was anaeroob, tot cyanobacteriën ontstonden. Langzaamaan werd de aarde
zuurstofrijker. Bacteriën en archaea zijn de oudste bewoners op aarde (sinds 3,8 miljard jaar) en
hebben de condities op aarde gemaakt.
Je kan een stamboom maken met één
gemeenschappelijke voorouder (LUCA). Deze
stamboom bestaat uit drie domeinen; bacteriën,
archaea en eukaryoten. Zoiets heet een
fylogenetische boom. Carl Woese heeft in 1977 het
derde domein (=archaea) geïdentificeerd. In 1996
werd zijn theorie pas geaccepteerd. Archaea lijken
,qua sequentie meer op eukaryoten dan op bacteriën.
Het vermoeden is nu dat eukaryoten zelfs zijn ontstaan uit archaea.
Een boom wordt opgebouwd door vergelijking van rRNA genen, omdat dit wijd verspreid is in
organismen, dezelfde functie heeft, de sequentie lang genoeg is en het zeer geconserveerd
(verandert langzaam door mutaties) is.
rRNA wordt gesequenset om de boom te genereren. Dit gebeurt door het coderende deel uit DNA te
vermenigvuldigen met PCR.
Je hoeft niet per se een geïsoleerde organisme te hebben voor het sequensen, maar je kan hier ook
bijvoorbeeld een grond sample voor gebruiken. Hieruit bleek dat er veel meer micro-organismen
aanwezig zijn dan we op basis van isolatie dachten. Minder dan 0,1% van alle micro-organismen op
aarde zijn in kaart gebracht.
Micro-organismen zijn onderdeel van een microbiële organisatie. Deze populatie leeft in een habitat.
Populaties gaan interacties aan met andere populaties in microbiële gemeenschappen. Alle levende
organismen samen met fysische en chemische componenten is het ecosysteem. De metabole
activiteit van micro-organismen kunnen het ecosysteem veranderen.
De meest belangrijke voorwaarde voor microbiële activiteit is water.
Het merendeel van de prokaryoten ziet in de diepe ondergrond (diepzee). Er schijnen 100 miljoen
meer soorten bacteriën in de oceaan te zitten dan sterren in het heelal.
De micro-organismen zijn belangrijk voor het in stand houden van cycli.
Minder dan 1% van de micro-organismen is pathogeen. Een voorbeeld hiervan is blauwalg
(clostridium botulinum). 70 microgram hiervan is voldoende om een mens te doden. Botox is een
verdunde versie van het toxine uit blauwalg. Blauwalg werkt spierverslappend waardoor botox op
den duur niet meer werkt.
Een ander pathogeen is de ziekte van Lyme, wat wordt overgedragen door teken (staat in bestand!).
Het is een spiraalvormige bacterie = borrelia burgdorferi. Hij heeft het liefst condities met niet te veel
zuurstof. Hij kan overgaan in een overlevingsstand waardoor hij resistent wordt tegen antibiotica.
Een andere ziekte via een pathogeen is de Pest (door yersinia pestis).
Dankzij antibiotica hebben we pathogenen voor een groot deel kunnen bestrijden.
Alexander Fleming heeft penicilline ‘toevallig’ ontdekt. Er zijn verschillende groepen antibiotica die
op bepaalde celonderdelen ingrijpen. Zo kan een mix van antibiotica heel efficiënt werken.
Micro-organismen hebben mechanismes ontwikkelt om te werking van antibiotica tegen te gaan.
De MRSA-bacterie geeft huidinfecties en is moeilijk te bestrijden. Hij is namelijk resistent geworden
voor heel veel antibiotica. Zorgvuldigheid met antibiotica is daarom noodzaak.
Nederland is het land met het laagste antibiotica gebruik van de landen in Europa. Voor de
bestrijding van dierziekten en het bevorderen van diergroei gebruiken we veel meer antibiotica
(respectievelijk 300 ton en 250 ton, voor mensen maar 80 ton).
De meeste micro-organismen zijn goed voor mens en dier; stikstofbinding door bacteriën aan
planten (voor groei), cellulose in een koe wordt afgebroken naar vetzuren door micro-organismen en
fermentatie.
Louis Pasteur heeft laten zien dat spontane generatie (in een voedingsmedium ontstaan spontaan
micro-organismen) niet kan, wat de oorzaak van infectieziekten is, hoe pasteurisatie werkt en hij
heeft een vaccin voor hondsdolheid ontwikkelt.
Hij ontdekte dat er naast aerobe ook anaerobe organismen zijn. Zonder zuurstof vindt fermentatie
plaats en wordt ethanol gevormd (alcohol).
Aeroob: haalt adem met zuurstof; zuurstof is elektronenacceptor. Dit leidt tot energie-generering
(ATP productie).
Anaeroob: gebruikt een andere geoxideerde verbinding (bijv. nitraatsulfaat) als
elektronenverbinding.
, Fermentatie: elektronen die uit suiker komen kunnen nergens naartoe (geen elektronenacceptor).
Het organisme gebruikt dat een eigen metabolisme.
Groei op suikers: glucose wordt pyruvaat en dat wordt koolstofdioxide. Vrijgekomen elektronen gaan
naar nitraat toe (anaeroob), water (aeroob) of eigen metabolisme (fermentatie). Dit laatste zorgt
voor de vorming van melkzuur.
De meeste micro-organismen zijn gewenst. Dit is ook zij bij toepassing in de industrie.
Sergei Winogradsky ontdekte dat ook anorganische stoffen als energiebron kunnen fungeren. Voor
zijn onderzoek gebruikte bij Winogradsky kolommen. Onder invloed van licht ontstonden er
verschillende gekleurde banden; micro-organismen.
Hoe werkt het? Stoffen kunnen geoxideerd worden en hierdoor wordt ATP geproduceerd. Dat proces
heet chemolithoautotrofie.
Het bekijken van cellen in een lichtmicroscoop kan worden verbeterd door toevoeging van
kleuringen, maar hierdoor gaan cellen dood. Fluoresceren kan ook.
Bij een elektronenmicroscoop maken elektronen het preparaat zichtbaar. TEM: kijkt door preparaat.
SEM: geeft een 3D-beeld.
Martinus Beijerinck heeft microbiële ophopingstechnieken ontdekt. Van hieruit kunnen micro-
organismen worden geïsoleerd.
Becking is de eerste die virussen heeft beschreven.
Een virus is nog veel kleiner dan een bacterie. Hij kan alleen zichtbaar worden gemaakt met een
elektronenmicroscoop.
Een cel staat in open verbinding met zijn omgeving, voor virussen geldt dit niet. Een virus is een
beetje DNA of RNA met daarom een eiwitmantel en een lipidelaag (soms nog extra eiwitmantel).
Naakte virussen hebben geen lipidelaag. Een virus heeft een gastheer nodig voor vermenigvuldiging.
In een gastheer dupliceert hij DNA of RNA zodat eiwitsynthese plaatsvindt.
Per milliliter zeewater zitten ongeveer een miljard virusdeeltje. De meeste virussen daarvan zijn
bacteriofagen (infecteren bacteriën).
Het coronavirus is een RNA virus.
Hoofdstuk 2
Vorm is een van de eigenschappen om bacteriën te beschrijven. De meest voorkomende vormen zijn
coccen (rond/ovaal) en staafjes. Veel namen van bacteriën zijn afgeleid van de vorm. Je hebt ook nog
een spiril vorm (spiraal).
Caulobacter vormt een steeltje, een soort super lijm. Deze bacterie is veelvoorkomend in zoet en
zout water. Filamenteuze bacteriën lijken op schimmels door de draadvormige structuur en het
vormen van sporen. Het zijn echter echt geen schimmels!
Een hele speciale vorm is rechthoekig: zoals Haloquadra walsbyi (belangrijke bacterie). Deze vormt
een deken van cellen en is erg bewegelijk door flagellen. Vorm zegt niet veel over de fylogenie, het
ordenen van soorten. Selectieve druk kan bijvoorbeeld de morfologie veranderen. Pleomorfe
bacteriën hebben de mogelijkheid om hun vorm aan te passen bij verandering van
milieuomstandigheden.
Het cytoplasmatische membraan is de plek voor beweging. In bacteriën bestaat dit uit een fosfolipide
bilayer. De kop ligt buiten, de staart binnen (hydrofoob). Ze kunnen bepaalde moleculen doorlaten,
andere niet. Integrale eiwitten liggen in het membraan en kunnen moleculen transporten. Perifere
eiwitten kunnen als herkenningsplek werken voor enzymen of andere eiwitten.
Passief transport gaat via de concentratiegradiënt: van hoog naar laag. Deze beweging heeft geen
ATP of een andere vorm van energie nodig. Als het evenwicht is bereikt, is er geen netto verplaatsing
in een bepaalde richting. Voor actief transport is wel energie nodig. Transport vindt plaats door
transporteiwitten. Hiervan zijn drie soorten: een uniport (een soort molecuul), antiport (twee
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper EmmaBurgwal. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €7,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 75323 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen