College aantekeningen
Day 13
This document contains the lecture notes from day 13.
[Meer zien]Voorbeeld 4 van de 31 pagina's
Voorbeeld 4 van de 31 pagina's
In winkelwagengesponsord bericht van onze partner
Verkoper
Volgen
Voorbeeld van de inhoud
Lecture 13:Chapter 6:
6.4 testing for selection from polymorphism and divergence data:
Recap:
- The rate of divergence can be estimated by the number of differences between two species,
if the speciation time is known.
- Molecular clock to estimate divergence times.
- Rate of coalescence depends on:
o Ne which can vary between different parts of the genome (mtDNA = Y-chromosome <
X < autosome)
o Selection
- Slow coalescence can lead to incomplete lineage sorting (ILS)
- For ancient splits, to calculate the number of replacements, we must correct for multiple hits
and reversals
- The mutation rate differs between synonymous and non-synonymous sites
- Rate of neutral molecular evolution (rate of substitution) λ = u
- Ka / Ks can be used to infer different kinds of selection
Rate of molecular evolution between species
- If T2 << T1 polymorphisms in ancestral population will contribute little to overall divergence
between species. Then T ~ T1 and overall sequence divergence between species is 2T 1u / Tg
- For closely related species T2 cannot be ignored.
- So we have to add to the divergence during T 1 (2T1u /tg), ancestral polymorphism: expected
divergence between two alleles within a population
,-
,Probability that gene tree = species tree depends on:
- Time between speciation events
,
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper Anja98. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €2,99. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 53068 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen