Dit document bevat een gedetailleerde samenvatting van alle hoorcolleges die zijn gegeven in deel 2 van de BMW cursus Genoom aan de UU in blok 2 (jaar 2020/2021). Het document is erg overzichtelijk en bevat veel ondersteunende afbeeldingen.
Biomedische Wetenschappen
Blok 2 Genoom – Deel 2
Inhoud
DNA-Analyse.......................................................................................................................................3
DNA-manipulatie technieken – recombinant technieken.......................................................................7
BMW Genoom – HC 2 – maandag 18 januari.......................................................................................11
CRISPR/Cas9 gene editing.................................................................................................................11
BMW Genoom – Next Generation Sequencing – maandag 25 januari.................................................19
Specifieke toepassingen van DNA-analyse m.b.v NGS......................................................................23
BMW Genoom – HC Onderzoeksvragen en designs – Ma 25 jan..........................................................27
1
,BMW Genoom – HC 1 – maandag 11 januari
In vivo = in een levende omgeving / cel
In vitro = in een reageerbuis
Manieren om cellen en celprocessen te manipuleren
DNA veranderen of toevoegen
RNA toevoegen (mRNA / siRNA)
Eiwit toevoegen
Kleine moleculen toevoegen
Verschillende analyse technieken
DNA
1. PCR - aanwezigheid
2. Restrictie-enzymen -
aanwezigheid
3. DNA-gelelectroforese -
aanwezigheid
4. Sanger sequencing (dideoxy-
sequencing) - sequentie
5. Next Generation sequencing -
sequentie
RNA
1. In-situ hybridisatie –
aanwezigheid en locatie
2. cDNA maken- aanwezigheid en
sequentie
3. RT-PCR - hoeveelheid
4. RNA sequencing – hoeveelheid,
aanwezigheid en sequentie
Hybridisatie = het aan elkaar zitten van
DNA en RNA door de basenparen. Het is een
basisprincipe in veel DNA- en RNA-technieken. Vaak is het een klein
complementair stukje dat op een lange streng gaat hybridiseren. Komt door
Brownian motion
1. Denaturatie
2. Renaturatie
3. Primer (PCR), probe of oligo (NGS)
2
, DNA-Analyse
[1] PCR – Polymerase Chain Reaction
Als doel: selecteren + ampliferen
Voorwaarden: de uiteinden van het stuk dat je wilt vermeerderen zijn
bekend
Het stuk dat je wilt vermeerderen kan max. enkele duizenden bp groot zijn
Er wordt gebruik gemaakt van de temperatuur.
Hoge T H-bruggen van DNA gaan uit elkaar waardoor het kan dienen als
template.
Lage T H-bruggen herstellen weer waardoor basenparing plaatsvindt
DNA polymerase gaat door, waardoor je ook nog extra DNA krijgt die je
niet wilt
Na een aantal cycli heb je pas de stukjes DNA die je écht wilt gebruiken.
De andere stukjes zijn aanwezig in een verwaarloosbaar lage concentratie
1. Je hebt DNA (in vitro)
2. Toevoegen een stukje DNA aan het eind + een stukje DNA aan het begin –
2 primers. Op twee plekken heb je een startpunt voor de DNA polymerase
(3’OH kant)
3. Toevoegen Taq DNA polymerase en nucleotiden
4. Transcriptie van het gen
[2] Restrictie-enzymen - endonucleases
Enzymen die een sequentie in het
dsDNA herkennen en hierin knippen
(hydrolyse-reactie)
De herkenning is van een
symmetrische sequentie (GAAGTC /
CTGAAG)
Binden vaak als dimeer
Sticky ends = basen die een
overhang hebben met elkaar
Blunt end = als er rechtstreeks wordt geknipt (Haelll)
[3] DNA-gelelectroforese
Gelatine achtige vloeistof fungeert als zeef waar stukjes DNA
doorheen moeten
Er wordt spanning toegevoegd zodat het DNA (-) gaat bewegen
naar de (+) pool
Scheiding DNA fragmenten op basis van grootte waarbij de
kleine DNA stukjes sneller over de vloeistof vloeien en dichter
bij de + pool komen
1 DNA molecuul kan je NIET zien, je hebt meerdere DNA
fragmenten van dezelfde grootte nodig voor een streepje
DNA-fragmenten zichtbaar gemaakt door ethidiumbromide en
UV-licht of fluorescente vloeistof (giftige stof)
[1,2,3] DNA-restrictie-enzym analyse – Digestie
Je kan ook zien of iemand dan heterozygoot of homozygoot is
1. PCR een stukje van het waarin één nucleotidevariatie zit
3
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper lisaauerbach. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €4,39. Je zit daarna nergens aan vast.
