Samenvatting
samenvatting bio-informatica
- Vak
- Instelling
samenvatting van alle hoorcolleges en overzicht van alle informatie. alle oefeningen zijn hierin uitgewerkt. Door dit document te gebruiken haalde ik in eerste zit een 18/20.
[Meer zien]Voorbeeld 4 van de 62 pagina's
Voorbeeld 4 van de 62 pagina's
In winkelwagen
In winkelwagen
gesponsord bericht van onze partner
Verkoper
Volgen
JenteDG
Ontvangen beoordelingen
Voorbeeld van de inhoud
Home Page - Select or create a notebook (kuleuven.be)ENTREZ GENE (Home - Gene - NCBI (nih.gov)) \
www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch?db=refseqn;id=NM_000231;format=fasta&style=raw
- Dit is in deault formaat
- Zoals een genbank formaat
- Via deze site: NM nummer vervangen => FASTA sequentie meteen te zien!
Informatie over een gen
- Gen structuur
- Functies
- Gen expressie
- Interacties met andere proteïnen
- Mutante fenotypes
- Homologie
Gegeven info
- Elke lijn = transcript isovorm
- NM_identifier = RefSeq identifier
Geeft de FASTA sequentie door erop te klikken
Zoeken in entrez nucleotide (Home - Nucleotide - NCBI (nih.gov))
- NP_ = protein entry
- Non-coding exon = licht groen <-> coding exon = donker groen
RefSeq
- Veel sequenties zitten vaker in genbank => redundantie
- Doel: voor elk molecule een referentiesequentie hebben
- Elke RefSeq = uniek molecule van een organisme
- RefSeq is niet redundant => elk bestaat maar 1 keer
- NT_, NP_, NM_
- XP_ = voorspellingen
Voorbeeld: EIF4EI (accession number: U54469)
- U54469 ingeven in entrez nucleotide
- Header, features en sequence gegeven
- CDS = coding sequence
- Genproduct = eukaryotic initiation factor 4E-II
- Gennaam = eIF4E
European database – EMBL/EBI (EBI Search < EMBL-EBI)
- ENSG nummer = ensemble gene ID
- Europese versie van NCBI
DBFETCH (Dbfetch < EMBL-EBI)
European nucleotide archive -ENA (ENA Browser (ebi.ac.uk))
,Home Page - Select or create a notebook (kuleuven.be)
OEFENING 1
Vindt de publicatie in PubMed met PMID 29764999
1) Open entrez all databases
2) Geef het PMID in
3) Artikel gegeven over het gen
Welk gen is ermee gelinkt?
1) Het E2F1 gen komt voor in het artikel
Er is maar 1 transcript: geef de FASTA, GenBank en graphics
1) Open entrez nucleotide
2) Geef E2F1 in
3) Je kan zien dat er maar 1 transcript is
4) Klik op de RefSeq transcripts: het transcript is NM_005225
5) Klik links boven op FASTA, GenBank en Graphics
Download het GenBank formatted flatfile
1) Druk rechts boven op sent to
2) Druk op file en genbank formaat
3) En download het
Download de flatfile met DBFetch (default format)
1) Ingeven in link bovenaan bladzijde
2) Crtl+A en crtl+C
3) Crtl+V in notepad++
Open het in een text editor
1) Open notepad++
2) Open het gedownloade bestand
PROTEIN DATABASES
Via entrez gene
- Gen ingeven in entrez gene
- Bij de tab “NCBI reference sequences” staan links naar sites
- NP_ = link naar entrez Protein (Home - Protein - NCBI (nih.gov))
- P = link naar UniProtKB (UniProt)
- UniportKB = swissprot
GFF format
- Alleen de features
- Tab seperated text file -> 9 kolommen
- sequentie naam – bron – type feature – start – stop – score – strand – frame – extra tekst
OEFENING 1
Download de FASTA sequentie van humaan hemoglobin alpha protein from uniprot
1) open uniprot
2) vul de naam van het eiwit in
3) ga naar FASTA
4) open de sequentie en plak hem in notepad++
,Home Page - Select or create a notebook (kuleuven.be)
Download een GFF format list of features
1) ga via format naar GFF
2) plak in notepad++
OF: voeg het eiwit toe aan je basket -> download dan het juiste formaat
OEFENING 2
Vindt de paper over de rol van het DCC gen in cellular differentiation and colorectal
tumorgenesis (Hendrick et al. 1994)
1) zoek via pubmed all databases
2) geef “hendrick DCC gene” in
3) je krijgt nu het artikel te zien
Geef het pubmed ID
1) ID is te vinden onder de titel van het artikel
2) PMID: 7926722
Wat zijn de residus die de signal sequence bepalen volgens de uniprot entry?
1) Zoek het DCC gen in entrez gene
2) Ga naar de uniprot link
3) Zoek naar daar signal peptide
4) Positie 1-25
5) Via BLAST kan je de sequentie vinden
= MENSLRCVWVPKLAFVLFGASLFSA
Structuren
- Entrez structure in NCBI (Home - Structure - NCBI (nih.gov))
OEFENING 3
Hoeveel mRNAs zijn er van het SOX2 gen?
1) Ga naar entrez gene
2) Geef SOX2 in
3) Er is 1 transcript isovorm = 1 mRNA
Wat is de functie van dit gen?
1) Open de info over het gen
2) Ga naar de uniprot link
3) Hier kan je de functie lezen
Geef de FASTA sequentie van 1 mRNA
1) Ga naar NM identifier en klik erop
2) Open de FASTA
Geef de FASTA sequentie van 1 proteïne isovorm
1) Ga in uniprot naar de FASTA
2) Open de sequentie
Is de structuur beschikbaar?
1) Geef in entrez structure SOX2 in
2) Er zijn structuren beschikbaar
Zijn er geannoteerde domeinen in swissprot?
1) Ga in uniprot naar de tab “family and domains”
2) Hier zie je dat er 2 domeinen zijn
3) Positie 19-23 poly-gly
Positie 227-30 poly-ala
, Home Page - Select or create a notebook (kuleuven.be)
GENE ONTOLOGY (GO) (QuickGO (ebi.ac.uk))
GO annotatie
- Functie
- Verwerking
- Component
- Annotaties = alle species die het gen ook hebben
Databases
- FlyBase (drosophila) (FlyBase Homepage)
- MGI (muizen) (MGI-Mouse Genome Informatics)
- SGD (gist)
- TAIR
- TIGR
- SWIS-PROT
- PSU
- ZFIN
- PAMGO
Vragen
- Wat doet het genproduct?
- Waar en wanneer doet het dat?
- Waarom doet het dat?
Componenten
- Cellular component
- Molecular function
- Biological process
OEFENING 1
Vindt de GO annotatie van het humaan PAX6 in uniprotKB, mouse PAX6 in MGI en fly in flybase
1) open uniprotKB
2) geef het PAX6 gen in
3) ga via quick GO naar de GO annotatie = 222
4) je kan deze opslaan via export – GAF – GO
5) open MGI
6) geef het PAX6 in
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper JenteDG. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €6,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 64438 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen