Hoofdstuk 10
Onderdelen van de cel
Prokaryoten hebben geen kern, eukaryoten
wel. Een kern is een deel van de cel
omgeven door een membraan, de
kernenvelop. De chromosomen bevinden
zich hier. Mitochondriën hebben eigen
DNA. Mitochondriën zijn betrokken bij de
energiehuishouding. De kernenvelop zit
vast aan het endoplasmatisch reticulum
(ER), de stipjes zijn ribosomen. Cytosol is de
waterige massa, cytoplasma is het cytosol
plus alle organellen.
Het ER is belangrijk voor de synthese van
lipide moleculen, de bouwstenen voor
membranen. En speelt een belangrijke rol in
het selecteren van eiwitten die terecht
moeten komen op bepaalde plaatsen in de
cel. Het golgi-apparaat is een verzameling van membranen die boven op elkaar liggen, die een fabriek
vormen. Waar aan een lopende band eiwitmoleculen worden gemodificeerd, denk aan koppelen van
suikergroepen etc. Lysosomen zijn kleine membraanstructuren die belangrijk zijn voor de afbraak van
voedsel, maar ook versleten organellen. Endosomen lijken op lysosomen, alleen endosomen kunnen
zich afsplitsen van het buitenmembraan, zodat er kleine blaasjes ontstaan. Met deze blaasjes kunnen
materiaal van buiten naar binnen transporteren à dit heet endocytose. Een stuk van het golgi-
apparaat kan zich ook afsplitsen, om met het buitenmembraan te fuseren om vervolgens materiaal
van binnen naar buiten de cel te transporteren à dit heet exocytose.
Het buitenmembraan wordt ook wel het plasmamembraan genoemd. Het plasmamembraan omgeeft
het cytosol met alle organellen en houdt deze binnen de cel. Het heeft dus een belangrijke
barrièrefunctie. Het moet er dus voor zorgen dat alles binnen de cel blijft, maar ook om datgene buiten
de cel te houden wat er niet hoort. Maar sommige dingen moeten wel opgenomen worden. Deze
worden over de membraan heen getransporteerd door transporteiwitten. Een soort transporteiwit is
een kanaaleiwit. Deze vormt een porie die kan openen en sluiten wanneer dat nodig is.
Fosfolipiden
Het membraan bestaat uit twee lagen van
fosfolipiden. De kop is polair en hydrofiel,
de staart apolair en hydrofoob. In het
membraan zitten eiwitten, 50% van de
massa van het membraan bestaat uit deze
eiwitmoleculen, de andere helft is
lipidemoleculen. Eiwitmoleculen kunnen
door het membraan bewegen omdat de
laag een beetje vloeibaar is.
De lipiden die het meest voorkomen zijn
fosfolipiden. Fosfolipiden hebben een
fosfaatgroep. Een soort fosfolipide is
fosfatidylcholine. Deze heeft een polaire
kop die bestaat uit een cholinegroep met
,een fosfaatgroep die weer gekoppeld is aan een glycerolgroep. Ze hebben één gebogen staart en één
rechte staart à door de dubbele binding. Andere fosfolipiden zijn fosfatidylserine,
fosfatidylethanolamine en sphingomyeline. Fosfatidylserine is opgebouwd uit een serine molecuul
gekoppeld aan een fosfaatmolecuul die weer gekoppeld is aan glycerol en deze kop heeft twee
vetzuurstaarten. Fosfatidylserine is negatief geladen! Deze negatieve lading zit aan de binnenkant van
het membraan, dus aan de binnenkant van de dubbellaag. Fosfatidylethanolamine heeft een kop
bestaande uit ethanolamide gekoppeld aan een fosfaatmolecuul die weer gekoppeld is aan glycerol
met twee vetzuurstaarten. Sphingomyeline gebruikt geen glycerol, maar sphingosine. Deze
sphingosine is gekoppeld aan een fosfaatgroep en deze is gekoppeld aan
dezelfde kopgroep als bij fosfatidylcholine. Sphingomyeline heeft twee
verschillende staarten: een vetzuurstaart en een vetstaart.
Membranen bestaan uit fosfolipiden omdat deze in water spontaan een
dubbellaag vormen. Ze hebben twee staarten zodat het geen micel wordt.
Want een micel wordt gevormd als een lipide één staart heeft. De randen
van een dubbellaag zijn hydrofoob, dus deze kunnen in contact komen met
water. Dat is energetisch onhandig. Daarom vormt de dubbellaag een
bolletje met de hydrofobe staarten in het midden, zodat die niet in contact
staan met water. Zonder fosfolipiden zouden er geen gesloten
compartimenten bestaan en zouden er dus geen cel onderdelen zijn.
Lipsomen zijn zuivere fosfolipiden. Deze kun je toevoegen aan water zodat er een dubbellaag ontstaat.
Deze kunnen gebruikt worden voor studies in het laboratorium. Je zou bijvoorbeeld kunnen kijken naar
de opname van bepaalde stoffen.
De lipiden in de dubbellaag kunnen veel bewegingen ondergaan. Deze
kunnen diffunderen, draaien, ketens langer en korter maken. Ze wisselen
BIJNA NOOIT van laag, bijvoorbeeld van boven naar beneden. Water gaat
niet vanzelf over het membraan. Daar heb je kanaaleiwitten voor nodig.
De vloeibaarheid van een membraan is te beïnvloeden. Hogere
temperatuur betekent hogere vloeibaarheid. Meer dubbele
bindingen betekent hogere vloeibaarheid. Dus gebogen staarten
zorgen voor hogere vloeibaarheid. De staarten kunnen namelijk
minder interacties aangaan. Kortere staarten zorgen voor hogere
vloeibaarheid, omdat ze ook hierdoor minder interacties aan
kunnen gaan. Een membraan met dubbele bindingen is dunner dan
een membraan zonder dubbele bindingen.
Cholesterol
Cholesterol is belangrijk in eukaryote cellen. Het is opgebouwd uit een aantal ringstructuren:
steroïderingen. De polaire kop is heel klein, bestaande uit hydroxyl. De polaire kop is gekoppeld aan
ringstructuren die gekoppeld zijn aan een vetstaart. Cholesterol nestelt zich tussen de fosfolipiden in
het plasmamembraan. Het membraan wordt hierdoor steviger, waardoor het membraan minder
doorlaatbaar is. Temperatuurverhoging heeft minder invloed op de vloeibaarheid van het membraan
wanneer er cholesterol is toegevoegd.
Glycolipiden
Glycolipiden zijn lipide moleculen waaraan suikereenheden zijn gekoppeld, deze komen voor in
eukaryote cellen. Glycolipiden zitten alleen aan de buitenkant van de dubbellaag en dus ook aan de
buitenkant van de cel. Deze vormen samen met eiwitmoleculen een soort suikerlaagje, dit zorgt voor
,bescherming en cel-cel-herkenning. Een GPI-
anker koppelt een suikereenheid aan een
eiwitmolecuul of membraan.
De samenstelling van lipiden is per weefsel
verschillend, maar ook per organisme. E. Coli
heeft enkel fosfatidylethanolamine. E. Coli
heeft géén cholesterol en géén glycolipiden.
Dit geldt voor alle prokaryoten.
In de ene helft van het membraan bevinden
zich andere lipiden dan in de andere helft.
Fosfatidylserine is negatief geladen en zit dus
altijd aan de binnenkant van de dubbellaag.
Dit betekent dat het membraan aan de
binnenkant een negatieve lading heeft.
Glycolipiden zitten juist altijd aan de
buitenkant van de dubbellaag. Cholesterol
bevindt zich zowel aan de binnenkant als aan
de buitenkant. De dubbellaag is dus
asymmetrisch, dit betekent dat er zich aan de
binnenkant andere lipiden bevinden dan aan de buitenkant.
Membraaneiwitten
Membraaneiwitten hebben een belangrijke functie voor transport over membraan.
Membraaneiwitten kunnen op verschillende manieren in het membraan vastzitten.
Transmembraan (aan beide kanten van het membraan)
1. Met één alfahelix, er kan nog een deel met een lipide molecuul verbonden zijn aan de
dubbellaag.
2. Met meerdere alfahelices
3. Bètabarrel, dit zijn bètasheets die opgevouwen zijn tot een tonnetje. Dit vormt een soort
porie. Het is belangrijk dat de bètabarrel op het juiste moment afgesloten en open is.
Niet-transmembraan (bindt aan één kant van het membraan)
4. Alfahelix op de kant
5. Gebonden door een lipidemolecuul
6. Dit eiwit is gebonden via lipidemoleculen en een GPI-anker aan het membraan
Binding aan transmembraan eiwit
7. Binding aan binnenkant van het membraan
8. Binding aan buitenkant van het membraan
, Als je een membraaneiwit wilt zuiveren kun je dat op verschillende manieren doen. Als je fosfolipase-
C toevoegt, wordt de GPI-anker losgeknipt (6). Met een hoge zout concentratie kun je eiwit-eiwit
interacties verstoren (7,8). Detergentia lossen membranen op waardoor de lipiden loslaten en de
eiwitten in een waterige omgeving terechtkomen (1-5).
Een lipidemolecuul kan op verschillende manieren binden aan het membraan. Dit is een directe
binding van de eiwitmolecuul met een lipide, dus niet via een GPI-anker. Eiwitmoleculen kunnen een
amidebinding vormen tussen de N-terminale aminogroep van het eiwit (het begin) en het
lipidemolecuul. Ze kunnen ook gekoppeld zijn via een thioesterbinding tussen een willekeurig
cysteïne aan het lipidemolecuul. Ook kan de koppeling plaatsvinden tussen een thioetherbinding en
een cysteïne binding aan het eind van een eiwitmolecuul (C-terminale eind). Een proteasoom snoept
delen van het eind van het eiwit af, zodat een cysteïne aan het eind komt. De vrije COOH-groep van
cysteïne wordt gemethyleerd, hierdoor breekt protease het eiwit niet verder af. Op de vrije COOH-
groep is een CH3-groep gezet. Dat is in het normale cysteïne eiwit niet. Dit heet ook wel een
methylester. Wanneer het cysteïne zich midden in het eiwit bevindt, zal de binding eerder
plaatsvinden via een thioesterbinding. Anders wordt de helft van het eiwit afgebroken en dan
verliest het waarschijnlijk zijn functie.
Alfahelix
Het binden van een membraaneiwit in een membraan met een alfahelix is gunstig, omdat de
peptidebinding (amino + carboxylaatgroep) polair is. Die willen dus niet graag in het membraan
zitten, met een alfahelix kunnen peptidebindingen met elkaar een interactie aangaan, dat is
energetisch gunstig. Door die interacties raken ze hun ‘polaire capaciteiten’ kwijt, waardoor ze wél in
een membraan kunnen zitten. Aan de ene kant van helix bevinden zich de hydrofobe residuen,
terwijl aan de andere kant meer de hydrofiele residuen terugvindt.
Je kunt met de structuur en de
aminozuurvolgorde van een membraaneiwit
met behulp van een computerprogramma
voorspellen of het eiwitmembraan zou kunnen
binden of niet. Om in een membraan te
binden moet je een stukje hydrofobe
aminozuurfrequentie hebben van ca. 20
aminozuren, dat zou een helix kunnen vormen
dat een membraan kan binden. Een positieve
uitslag van de grafiek betekent een hydrofoob
stukje aminozuurvolgorde en deze zou zich in
het membraan kunnen nestelen door een alfahelix te vormen. Een negatieve uitslag betekent dat het
stuk eiwit te polair is om zich in het membraan te kunnen nestelen. Een eiwit kan meerdere
hydrofobe stukken hebben die helices kunnen vormen. Bacteriorhodopsin heeft bijvoorbeeld 7
hydrofobe stukken. Deze zijn lang genoeg om door het membraan heen te kunnen steken.