MOLECULAIRE DIAGNOSTIEK
qPCR
QPCR VS CONVENTIONELE PCR
qPCR Conventionele PCR
Kwantitatief Niet kwantitatief
Tijdens de reactie gemeten End point meting
Post PCR geen analyses meer doen Post PCR wel analyses doen contaminatie
contaminatie vermijden
Fluorochromen (meerdere tegelijk) Fragmentlengtes bepalen
ALGEMEEN PRINCIPE
DETECTIEMETHODE
Direct Indirect
Intercallerende kleurstoffen Hydrolyse probe (TaqMan)
Vb. SybrGreen
5’3’ exonucleaseactiviteit
1
, Molecular beacon probe
Wordt gebruikt bij GENOTYPERING
- Opsporen SNV
- Enkel binden bij 100%
complementariteit
- 2 verschillende: wild type en mutant
type
MULTPLEX-PCR
Verschillende fluorochromen toevoegen probleem: SPECTRALE OVERLAP
Oplossing: fluorochromen zoveel mogelijk scheiden obv emissie-eigenschappen en PCR-toestel
kalibreren
2
, DIGITAL DROPLET PCR
PCR-inhibitoren hebben minder effect op kwantificatie (verdund)
Target in lage hoeveelheid aanwezig
Diagnostiek:
Mutatie in minderheid van de cellen (tumor)
Circulating free-cell DNA
CNV
DETECTIE & KWANTIFICERING
Efficiëntie is afhankelijk van
- Temperatuur
- Primers
- Pipetteren
- PCR-inhibitoren (ethanol, heparine)
Kan berekend worden via een standaardcurve
of via de formule: aanvaardbaar tussen 90-110%
a= -3,32, dan is E= 100%
Kwantificeren= meten van de hoeveelheid fluorescentie in de reactie
Startmateriaal kan je via
- Externe standaard (vb. plasmide) = absolute kwantificatie
o Berekenen via ijklijn/standaardcurve
- Interne standaard berkenen = relatieve kwantificatie
o Berekenen door 2∆Cq
o Nut: data normaliseren, kwaliteit monster nagaan
2 methoden om genexpressie vast te stellen
Livak methode
3
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper MLTer. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €6,99. Je zit daarna nergens aan vast.