-> each protein domain recognizes a relatively short sequence, but duplication or tandem
multimerization results in longer sequence targets
helix-turn-helix proteins -> eiwit komt ertussen in de grote groeve van het DNA
- proteins can “read” DNA sequence via interaction in major groove
- helix-turn-helix protein
- homeodomain protein
- leucine zipper protein
- helix-loop-helix protein
- b sheet DNA recognition proteins
- zinc finger proteins
transcription factors can bind to DNA cooperatively
- when they bind together to the DNA, the affinity is higher
- when they bind separately to the DNA, the affinity is lower
nucleosomes can promote cooperative binding of transcription factors to DNA
conclusions:
- eukaryotic gene transcription is regulated on a per gene basis
- transcription factors recognize specific sequences and act cooperatively to regulate
transcription
~5-10% of all genes code for transcriptional regulators
RNA seq -> identify exons and illustrate differential gene expression in different cell types
regulatory DNA defines gene expression patterns during development and cell differentiation
- the genome is the same in all cell types, but different genes are active in different
tissues because different transcription factors bind to them
, ChIP assay: chromatin immunoprecipitation
- to which sequence within the genome does a TF bind?
- which TF binds to a given regulatory element?
finding regulatory sequences -> use of reporter genes
- stuk DNA pakken uit genoom en plakken achter een gen dat makkelijk zichtbaar is
- zodra deze wordt afgeschreven en zichtbaar is in de cel kun je ook direct zien wat
dat stuk DNA doet (like LacZ or GFP)
discovering gene expression patterns ->use of RNA in situ hybridization
- look at expression of mRNA in certain tissues
-> regulatory elements controlling the expression of TF and developmental regulators
diverged in early vertebrate evolution
-> cis-regulatory elements of an eukaryotic genen can be spread over long distances and
come together through DNA looping
the large size of gene control regions complicates molecular definition of a ”gene”
most eukaryotic genes are controlled independently of each other
-> eukaryotic transcription regulators bind weakly to each other and assemble into
complexes on the DNA
heel veel regulatoren kunnen als enhancers én als repressors dienen
-> transcription activators alter chromatin structure before DNA transcription/replication
histone acetyltransferase histone kinase and chromatin remodeling complex are
transcription co-activators
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper julia39. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €3,49. Je zit daarna nergens aan vast.