Samenvatting
Summary DNA technology (NWI-MOL027)
- Instelling
- Radboud Universiteit Nijmegen (RU)
Samenvatting van de stof voor het vak DNA technology.
[Meer zien]Voorbeeld 4 van de 37 pagina's
Voorbeeld 4 van de 37 pagina's
In winkelwagengesponsord bericht van onze partner
Voorbeeld van de inhoud
DNA technology summaryDNA
A-T, G-C pairing
AT 2 hydrogen bonds, GC 3 hydrogen bonds (more stable)
Normal, relaxed B-form:
Right handed double helix (when not denatured)
10.5 bp per helical winding
3.4 Å per base pair
36 Å per helical winding
Stability of DNA is determined by:
Hydrogen bonding
Base stacking interactions
Charge of phosphate backbone
Tm: temperature at which 50% primer DNA is double stranded
Rule of thumb for Tm = 2 x (A+T) + 4 x (G+C)
Influences on Tm:
- Formamide: interferes with base stacking interactions
- Cation concentration: higher cation concentration neutralizes negative charge on phosphate
backbone therefore increases stability
- pH: a high pH (>10) deprotonates the DNA bases no H-bonding possible
RNA
In contrast to DNA, it has a 2’OH which makes it way less stable than DNA and it can form hairpin
structures as it is most of the time single stranded.
RNA is synthesized during transcription from the ‘leading’ or ‘template’ strand.
mRNA: messenger RNA
tRNA: transfer RNA
rRNA: ribosomal RNA
mtRNA: mitochondrial RNA
miRNA: short RNA fragments that form hairpin loops and interfere with replication, transcription and
translation of ssDNA (not included to this course)
,central dogma
DNA replication
DNA synthesis: 5’3’
Reading of leading strand: 3’5’
Lagging strand: 3’5’ reading but oriented 5’3’ so synthesis of Okazaki fragments
DNA synthesis done by DNA polymerase (DNA pol I, II or III) in organisms
DNA polymerase needs 3 things:
- template strand
- primer with free 3’OH
- dNTPs
positive tension ahead of DNA polymerase, negative tension behind DNA polymerase
DNA synthesis by DNA polymerase:
Sometimes mispairing of bases (e.g. C-A and T-G) can be caused by sporadic imino form of A or C
or sporadic enol form of T or G.
Therefore, all DNA polymerase exhibit 3’5’ exonuclease activity (proofreading):
,Enzymes involved in DNA replication:
Helicase: unwinds DNA
Gyrase: is a topoisomerase II that relaxes positive supercoils release of tension ahead of
the DNA polymerase so that replication can continue
Primase: adds DNA primers to lagging strand (used by pol III) to synthesize dsDNA
RNA primers removed by nick translation
Ligase: ligates remaining nicks after nick translation
, Nick translation is a form of 5’3’ exonuclease activity to remove RNA primers incorporated in the
DNA that is transcribed from the lagging strand. Only DNA polymerase I can do this
PCR: polymerase chain reaction
Allows controlled amplification of (specific) fragments of DNA (by the choice of the primer)
This is used to:
- quantify the amount of DNA that was present in the sample (quantitative PCR)
- amplify the obtained DNA for agarose gel electrophoresis (cloning result, forensic
genotyping)
- addition of restriction sites by addition of a specific sequence at the 5’ site of the primers
(cloning)
amount of DNA obtained after n cycles with a starting amount of x DNA fragments = x 2 n
Taq polymerase is used for PCR, as this is a polymerase originating from bacteria in hot water springs,
so its activity is not decreased by denaturation at high temperatures (useful as high temperatures are
required for PCR)
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper lisaverhoeven80. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €6,59. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 67096 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen