Samenvatting
Summary Data: bioinformatics (NWI-MOL152)
Samenvatting van de stof voor het vak data: bioinformatics
[Meer zien]Voorbeeld 2 van de 15 pagina's
Voorbeeld 2 van de 15 pagina's
In winkelwagengesponsord bericht van onze partner
Voorbeeld van de inhoud
Bioinformatics summaryLecture 1 databases
Bioinformatics
• Lookup → databases: organized for fast retrieval of the data
• Compare → information transfer => alignment
• Predict → information transfer
Databases
Database: growing very fast, large amount of information stored → fast retrieval of the data
necessary
➔ Databases’ innovation: technological, logistical and administrative
• Heterogenous data types: different kinds of data
• Homogenous data types: the same data
Fast growth due to reduced cost and time for sequencing
Primary databases: contain experimental data and annotation information → biomolecular
sequences/structures
• Nucleic acid sequences: EMBL, Genbank, DDBJ
• Protein sequences: Swissprot, trEMBL, Uniprot
• Protein structures: PDB
• Small compounds’ structures: CSD
• Genomes: ensembl, USCS
Secondary databases: contain data derived from primary databases → disease mutations
• Patterns, motives, domains: PROSITE, PFAM, PRINTS, INTERPRO
• Disease mutations: OMIM, MIM
• SNP’s: dbSNP
• Pathways: KEGG
Databases’ format
In order to function, all databases must come in a specific format for the software to be recognized
Essential components of format depend on content of database, however data elements that are
essential for each database are:
- Unique identifier = accession code
- Name of depositor
- Literature references
- Deposition data
- The real data
Nomenclature:
- Database entry/record
- Database fields
, Data quality
“Quality” of the database’s data in the sense of it being true according to nowadays’ understanding
depends on several aspects:
• Deposition date → you must be able to find is therefore essential for a database
• Automatic check
• Who has access to drop files? → depositor mentioned, cross references
• Are there annotations to the data?
Swissprot: only submitted by experts, manually annotated and reviewed
➔ Pro: high quality data
➔ Con: less data findable than in less strict databases
EMBL, PDB, uniprot: everyone that wants to submit data can do that
➔ Pro: lots of data stored in the database → high chance of finding what you’re looking for
➔ Con: not always such high quality data
Swissprot
Only submission by experts
Info reviewed → updated, checking if info is correct
Manual fact check during deposition
Manually added annotations
Obligatory deposit in Swissprot before publication
Swissprot is part of Uniprot
Other part of uniport is Tremble → low quality (relatively)
Swissprot is a keyword organized flat-file
Depends on the database how you can view the data
Important swissprot fields:
1)
2) cross references: hyperlinks to entries in all other databases that are related to the specific data in
Swissprot
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper lisaverhoeven80. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €3,69. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 66579 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen