Samenvatting
Samenvatting voor tentamen programming en genomics
Een samenvatting voor het vak programming en genomics. Hierin staan voornamelijk stukjes code die handig zijn om te gebruiken tijdens het tentamen/
[Meer zien]Voorbeeld 2 van de 10 pagina's
Voorbeeld 2 van de 10 pagina's
In winkelwagengesponsord bericht van onze partner
Verkoper
Volgen
Voorbeeld van de inhoud
Open arbitrary resources by URLimport urllib.request
protocol = "http"
hostname = "cbio.bmt.tue.nl"
path = "~philbers/index.htm"
url = protocol+"://"+hostname+"/"+path
rf = urllib.request.urlopen(url)
data = rf.read() (.decode())
print(data)
data = data.decode() convert data from bytes to string
import urllib.parse
import urllib.request
# Define a molecular formula string
mf = 'C4H5N3O'
# Define the parameters and send them to Chemcalc
pardict = {'mf': mf,'isotopomers':'jcamp,xy'}
params = urllib.parse.urlencode(pardict).encode()
# url of Chemcalc
url = 'https://www.chemcalc.org/chemcalc/mf'
# Open the url and read the page
response = urllib.request.urlopen(url, params)
data = response.read()
, Standard python search script for Entrez
from Bio import Entrez
Entrez.email = "s.c.kip@student.tue.nl"
m = ['"Escherichia coli"[Organism]']
m.append('"complete genome"[All Fields]')
m.append('"srcdb_refseq"[Properties]')
searchterm = ' AND '.join(m)
handle = Entrez.esearch(db="nucleotide", term=searchterm)
record = Entrez.read(handle)
idl = record['IdList'] accessing identifiers
Counting “CG’s” in DNA string
def count_list(l):
""" In this method the number of occurrences of the
pattern 'CG' in each of the string items of the list l is
returned
in a sorted list.
"""
outl = []
for dnas in l:
countCG = dnas.count("CG")
outl.append(countCG)
outl.sort()
return outl
print( count_list(['AAACGCGAA', 'CCGA', 'ACCC']) )
Small example of class making
class Student:
def __init__(self):
self.name = ''
def set_name(self, stname):
self.name = stname
print("Name of student '"+self.name+"' set")
stu1 = Student()
stu2 = Student()
>>> stu1.name
'' (inspect data by using name of object, followed by a dot,
and the name of the data attribute)
>>> stu1.name = 'Piet' (set data attributes)
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper stefaniekip. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €5,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 62890 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen
Laatst bekeken door jou
Overig ·
NR 503 Week 4 Open Discussion Forum; Tools Section on the Institute for Healthcare Improvement Website (Student Post)
