100% tevredenheidsgarantie Direct beschikbaar na betaling Zowel online als in PDF Je zit nergens aan vast
logo-home
Celbiologie 1 - Cursus (lesnotities + handboek) €24,99
In winkelwagen

College aantekeningen

Celbiologie 1 - Cursus (lesnotities + handboek)

1 beoordeling
 242 keer bekeken  5 keer verkocht
  • Vak
  • Instelling
  • Boek

VOLLEDIGE cursus van het OPO Celbiologie 1. Bevat zowel alle hoofdstukken van de hoorcolleges als elementen uit het handboek die te kennen zijn. Ik was geslaagd tijdens de eerste zit! Deze cursus leren is voldoende voor het examen. Voor meer info, stuur mij een bericht.

Voorbeeld 10 van de 362  pagina's

  • 9 juli 2022
  • 362
  • 2021/2022
  • College aantekeningen
  • M. bollen & a. van eynde
  • Alle colleges

1  beoordeling

review-writer-avatar

Door: StudentGNK111 • 2 jaar geleden

In deze cursus kon ik nergens een tabel terugvinden van de aminozuren en de R-keten namen (bv. thio-ether en dergelijke). Op het examen kun je hier toch al 3 punten mee behalen. Daarnaast is het een groot document (362 pagina's) en waren er toch nog veel andere relevante zaken die ontbraken ;/

reply-writer-avatar

Door: JClaes • 2 jaar geleden

Thank you for your review. I'll add a table of the amino acids ASAP. The purpose of this document is to understand the context of this course and it is NOT a summary. That's why it's a large document with a lot of details. Could you specify which other things are missing? J. Claes

avatar-seller
Cursus: celbiologie I




1

,INHOUDSTAFEL

Chapter 1: A preview of cell biology ................................................................................................................. 5

1.1: The cell theory: a brief history ..................................................................................................................... 5

1.2: The emergence of modern cell biology ....................................................................................................... 6

1.3: How do we know what we know: .............................................................................................................. 13

Chapter 2: The chemistry of the cell ............................................................................................................... 15

2.1: The importance of carbon: ........................................................................................................................ 16

2.2: The importance of water: .......................................................................................................................... 18

2.3: The importance of the selectively permeable membranes: ...................................................................... 20

2.4: The importance of the synthesis by polymerization: ................................................................................ 22

2.5: The importance of self-assembly:.............................................................................................................. 23

Chapter 3: The macromolecules of the cell..................................................................................................... 27

3.1: Proteïns: ..................................................................................................................................................... 27

3.2: Nucleic acids: ............................................................................................................................................. 35

3.3: Polysaccharides: ........................................................................................................................................ 38

3.4: Lipids: ......................................................................................................................................................... 41

Chapter 5: Bioenergetics: the flow of energy in the cell: ................................................................................ 45

5.1: The importance of energy ......................................................................................................................... 45

5.2: Bioenergetics ............................................................................................................................................. 47

5.3: Understanding ΔG and Keq: ........................................................................................................................ 50

Chapter 6: Enzymes: the catalysts of life ........................................................................................................ 54

6.1: Activation energy and the metastable state: ............................................................................................ 54

6.2: Enzymes as biological catalysts: ................................................................................................................ 55

6.3: Enzyme kinetics: ........................................................................................................................................ 60

6.4: Enzyme regulation: .................................................................................................................................... 65

Chapter 9: Chemotrophic energy metabolism: glycolysis and fermentation ................................................... 68

9.1: Metabolic pathways: ................................................................................................................................. 68

9.2: ATP: The universal energy molecule: ......................................................................................................... 68

9.3: Chemotrophic energy metabolism: ........................................................................................................... 71

9.4: Glycolysis ATP generation without the involvement of oxygen: ............................................................... 74

9.5: Fermentation: ............................................................................................................................................ 79

9.6: Alternative substrates for glycolysis: ......................................................................................................... 81

9.7: Gluconeogenesis: ....................................................................................................................................... 82

9.8: The regulation of glycolysis and gluconeogenesis: .................................................................................... 84


2

, 9.9: Novel roles for glycolytic enzymes: ........................................................................................................... 86

Chapter 10: Chemotrophic energy metabolism: Aerobic respiration .............................................................. 87

10.1: Cellular respiration: maximizing ATP yields: ............................................................................................ 87

10.2: The mitochondrion: where the action takes place: ................................................................................. 87

10.3: The citric acid cycle: oxidation in the round ............................................................................................ 90

10.4: Electron transport: electron flow from co-enzymes to oxygen: .............................................................. 98

10.5: The electrochemical proton gradient: key to energy coupling: ............................................................. 103

10.6: ATP synthesis: putting it all together: .................................................................................................... 106

10.7: Aerobic Respiration: Summing it all up ................................................................................................. 108

Chapter 11: Photosynthesis .......................................................................................................................... 112

11.1: An overview of photosynthesis ............................................................................................................. 112

11.2: Photosynthetic energie transduction I: light harvesting ....................................................................... 112

11.3: Photosynthetic energie transduction I: NAPH synthesis ....................................................................... 114

Chapter 16: DNA & chromosomes: ............................................................................................................... 116

16.1: Chemical nature of the genetic material ............................................................................................... 116

16.2: DNA structure ........................................................................................................................................ 119

16.3: DNA packaging ....................................................................................................................................... 125

16.4: The nucleus ............................................................................................................................................ 134

Chapter 17: Replication, repair, recombination ............................................................................................ 139

17.1: DNA replication:..................................................................................................................................... 139

17.2: DNA damage and repair: ....................................................................................................................... 153

17.3: Homologous recombination and mobile genetic elements: ................................................................. 161

Chapter 18: Gene expression: I. The genetic code and transcription ............................................................ 164

18.1: The genetic code and the directional flow of genetic information: ...................................................... 164

18.2: Mechanics of transcription: ................................................................................................................... 173

18.3: RNA processing and turnover: ............................................................................................................... 184

Chapter 19: Gene expression II: protein synthesis and sorting ..................................................................... 201

19.1: Translation: the cast of characters: ....................................................................................................... 201

19.2: The mechanism of translation: .............................................................................................................. 207

19.3: Mutations and translation: .................................................................................................................... 216

19.4: Posttranslational processing: ................................................................................................................. 219

19.5: Protein targeting and sorting ................................................................................................................. 220

Extra: Anti-biotica ........................................................................................................................................... 221

Chapter 20: The regulation of gene expression ............................................................................................ 224



3

, 20.1: Bacterial gene regulation ....................................................................................................................... 224

20.2: Eukaryotic gene regulation: genomic control ........................................................................................ 236

Chapter 21: Molecular biology techniques for cell biology ........................................................................... 269

21.1: Analyzing and manipulating DNA .......................................................................................................... 269

21.2: Analyzing genomes ................................................................................................................................ 281

21.3. Analyseren van RNA en proteins ........................................................................................................... 285

21.4: Analyzing and manipulating gene function ........................................................................................... 294

Chapter 24: The cell cycle and mitosis .......................................................................................................... 301

24.1: Overview of the cell cycle ...................................................................................................................... 301

24.2: Nuclear and cell devision ....................................................................................................................... 302

24.3: Regulation of the cell cycle .................................................................................................................... 308

24.4: Growth factors and cell proliferation .................................................................................................... 316

24.5: Apoptosis ............................................................................................................................................... 317

Chapter 25: Sexual reproduction, meiosis and genetic recombination ......................................................... 320

25.1: Sexual reproduction............................................................................................................................... 320

25.2: Meiosis ................................................................................................................................................... 321

25.3: Genetic variability: segregation and assortment of alleles ................................................................... 329

25.4: Genetic variability: recombination and crossing over ........................................................................... 331

25.5: Genetic recombination in bacteria and viruses ..................................................................................... 333

25.6: Mechanisms of homologous recombination ......................................................................................... 336

Chapter 26: Cancer cells ............................................................................................................................... 339

26.1: How cancers arise .................................................................................................................................. 339

26.2: How cancers spread ............................................................................................................................... 342

26.3: What causes cancer? ............................................................................................................................. 345

26.4: Oncogenes and tumor suppressor genes .............................................................................................. 348

26.5: Diagnosis, screening and treatment ...................................................................................................... 358




4

,CHAPTER 1: A PREVIEW OF CELL BIOLOGY

Levende wezens: 3 algemene eigenschappen

1. Gestructureerd
Organen → weefsels → cellen → celorganellen → macromoleculen → bouwstenen → atomen
2. Dynamisch evenwicht met de omgeving
Dingen opnemen van, en afgeven aan omgeving + signaaltransductie1
Opnemen → omvormen = metabolisme → afgeven, reageren op prikkels
3. Groeien + reproductie = maken van nieuwe bouwstenen, moleculen & delingen + nieuwe kopieën

1.1: THE CELL THEORY: A BRIEF HISTORY

(!) Opmerking: namen van wetenschappers en data → niet kennen

Hooke bouwde 1e microscoop (max. vergroting: 30x) → bestudeerde kurk: holtes = cellula (kurk = dode cellen).

Van Leeuwenhoek bouwde een betere microscoop (max. vergroting: 300x) → observeerde als 1e levende cellen
(bloedcellen, spermacellen, bacteriën en ééncellige organisme).

2 factoren verhinderden verder onderzoek:

• Gelimiteerde resolutie/resolving power (= de mogelijkheid om fijne structurele details te zien → hoever
moeten ‘objecten’ gescheiden zijn om ze afzonderlijk waar te nemen)
• De 17e -eeuwse biologie ging niet verder dan louter beschrijven wat men zag, er werd niets verklaard.

→ Een combinatie van verbeterde microscopen en meer gericht experimenteren, zorgden wetenschappers voor
een beter verstaan van het belang van cellen in biologische organisatie.

1830s: Uitvinden van een samengestelde (compound) microscoop, de 1e lens (oogstuk) vergroot de afbeelding
gecreëerd door de 2e lens (het objectief) → structuren van 1 µm konden duidelijk bekeken worden

Andere bijdragers waren:

I. Brown: ontdekte de nucleus
II. Schleiden: al het plantaardig weefsel bestaat uit cellen en een embryonale plant ontstaat altijd uit één
cel
III. Schwann: ontdekte gelijkenissen tussen plantaardige en dierlijke cellen + eerste 2 principes
van de celtheorie
IV. Virchow: 3e principe van de celtheorie: cellen ontstaan enkel uit reeds bestaande cellen

Celtheorie:

• Cel = basiseenheid van het leven/biologie
• Elke organisme is opgebouwd uit één of meerdere cellen
• Alle cellen ontstaan uit andere cellen → de cel is niet alleen de basiseenheid van structuur voor alle
organismen, maar ook voor de reproductie.




1
Het doorgeven van signalen binnen een cel → deze signalen worden doorgegeven via 'paden' van
voornamelijk eiwitten

5

,Cellen bestaan in enorm veel vormen en maten & deze eigenschappen geven soms al iets weg over de functie
(bv. microvilli in de darmcellen die zorgen voor oppervlaktevergroting zodat de absorptie van voedingsstoffen
maximaal is).

1.2: THE EMERGENCE OF MODERN CELL BIOLOGY

Celbiologie is ontstaan uit 3 verschillende wetenschapstakken (in volgorde van ontstaan): cytologie, biochemie
& genetica → celbiologen moeten op de hoogte zijn van de alle 3 de domeinen, ongeacht hun directe interesses

1) Cytologie

- Voornamelijk cellulaire structuren
- Het uitvinden van de verschillende microscopen & andere optische technieken heeft
bijgedragen tot een beter begrijpen van celstructuren
- Enkele microscopen
▪ Lichtmicroscoop (resolutie: 0,25 µm ter vergelijking: resolutie oog: 0,25 mm)
▪ Elektronenmicroscoop (resolutie: 0,25 nm)



De cytologische streng bestudeert de cellen door gebruik van optische technieken.

Cellulaire dimensies:

• De micrometer (µm) (1 . 10-6 m) voor de grootte van de cellen & haar celorganellen
• De nanometer (nm) (1 . 10-9 m) voor de grootte van moleculen & subcellulaire structuren (te klein voor
een lichtmicroscoop)
• De angstrom Å (0.1 nm) voor atomen & proteïnen

Lichtmicroscoop:

• Membraangerelateerde structuren (organellen) werden zichtbaar → nuclei, mitochondriën en
chloroplasten (belangrijke kenmerken van plantaardige & dierlijke cellen, NIET van bacteriële cellen)
• Ontwikkeling microtoom: mogelijkheid om snel efficiënt zeer dunne sneedjes (enkele µm) preparaten
te maken van weefsel
• Resolutielimiet (= hoe ver ‘objecten’ van elkaar moeten zijn om ze
afzonderlijk waar te kunnen nemen, hoe lager dit limiet hoe hoger de
resolving power)
• Ontwikkeling van fixatie: nodig voor het herkennen van subcellulaire
structuren
→ Theoretische limiet voor de resolutie: de halve grootte van
de golflengte van het licht gebruikt voor de verlichting → max.
theoretische vergroting 1000-1500x, voor zichtbaar licht (golflengtes
van 400-700 nm) is de resolutielimiet 200-350 nm
(figuur 1-4 pagina 30)
→ Voorlopig gaat het hier om helderveld/brightfield microscopie
(wit licht gaat direct door het al dan niet gemerkte preparaat)
▪ Voorwerp absorbeert al het licht → zwart
▪ Voorwerp absorbeert deels het licht → kleuren
▪ Voorwerp absorbeert geen licht (volledige terugkaatsing) →
wit

6

,Limiet brightfield microscopie: Preparaten moeten hiervoor vaak chemisch gefixeerd, gedehydrateerd, ingebed
in paraffine of plastiek worden om ze in dunne sneedjes te snijden zodat transparante kenmerken opvallen. Deze
preparaten zijn niet langer in leven → de geobserveerde kenmerken = vervormingen veroorzaakt door het
snijden van de preparaten (niet typisch is voor levende cellen!)

Gespecialiseerde lichtmicroscopen: limiet brightfield microscopie tegengaan

- Fasecontrast & differentiële interferentie contrast microscopie:
mogelijkheid om levende cellen duidelijk te bekijken, verbeteren en
versterken → lichte veranderingen in de fase van het doorgelaten
licht als het door een structuur gaat met een andere brekingsindex
dan het omliggende milieu (verschil in refractie-index)

- Fluorescentie microscopie: detecteren van specifieke proteïnen,
DNA sequenties of andere moleculen die fluorescent worden
gemaakt:
▪ Door hen te koppelen met een fluorescente kleuring
▪ Door hen te binden aan een fluorescent gemerkt
antilichaam2, die door licht, een kleur zal uitstralen
→ Onderzoekers kunnen de verdeling van verschillende
soorten moleculen in dezelfde cel volgen door het gebruiken van 2 of meer
kleuren/antilichamen (primaire & secundaire immunoreflectie)
→ Deze methode wordt ook gebruikt op DNA om de precieze positie van specifieke
genen te bepalen binnen een cel
→ De limiet hier is dat de onderzoeker zich hier alleen kan focussen op één verschillend vlak
van het preparaat per keer



primaire immunofluorescentie secundaire immunofluorescentie




Primaire anti-lichamen → binden met antigen van
Fluoriscerende anti-lichamen → binden met antigen het doelwitmolecule → fluorescerende secundaire
van doelwitmolecule → gemakkelijk plaats bepalen anti-lichamen worden toegevoegd die op primaire
van dat molecule anti-lichamen binden → plaats bepalen




2
Eiwit dat bindt aan een antigen

7

, - Confocale microscopie: gebruik van een laser om één vlak te belichten per
keer → gebruik met dikkere preparaten zoals hele cellen kan ook, want deze
benadering geeft een veel betere resolutie

- Digitale video microscopie: gebruikt videocamera’s om digitale afbeeldingen
van de cellen op de computer te zetten
Een licht sensitieve camera gebruiken → lange perioden cellen observeren met heel weinig licht →
fluorescente moleculen visualiseren + soms zelfs aparte macromoleculen (bv. DNA of eiwitten)
→ Resolutie tot 50-100 nm (voorbij theoretisch resolutielimiet) hoewel de golflengte van het licht dat
gebruikt wordt om de cellen te observeren toch een limiet veroorzaakt

Elektronenmicroscoop: theoretische limiet van de lichtmicroscoop tegengaan

• Er wordt gebruik gemaakt van elektronen die in een magnetisch veld worden gestuurd
→ Vanwege de korte golflengte van elektronen is de resolutielimiet slechts 0,1-0,2 nm, maximale
vergroting is dan tot 100 000x
• 2 soorten:

▪ Transmission electron microscope (TEM) = elektronen worden door het exemplaar gestuurd
(transmissie)




▪ Scanning electron microscope (SEM) = scant de oppervlakte van het exemplaar door
elektronen te detecteren op deze oppervlakte




8

,2) Biochemie

- Begrijpen van cellulaire structuren en functies
- Grote ontwikkelingen zoals ultracentrifugatie, chromatografie, radioactief merken, elektrofrese &
massaspectromerie voor het scheiden en identificeren van cellulaire componenten
- Chemie van de cel (macromoleculen, bouwstenen …)

De biochemische streng betreft de chemie van de biologische structuur en functie:


Biochemische reacties en ontdekkingen:

• Fredrich Wöhler (1828): ureum kan worden gesynthetiseerd in vitro uitgaande van ammonium
cyanaat = bio-chemisch.
• Louis Pasteur (1860s): gist zet glucose om in ethanol
• Buchners (1897): gistextracten doen hetzelfde (enzymen als bio-katalysatoren)
• De ontdekking van de glycolyse en de citroenzuurcyclus (interbellum) (beide zijn belangrijke
processen tijdens het ontrekken van energie uit glucose in de cellen)
• Radioactieve isotopen werden gebruikt om stofwisselingen van atomen en moleculen te
onderzoeken i.v.m. fotosynthese → Calvin-cyclus




9

, Biochemische methoden/hulpmiddelen:

I. Centrifugatie → zorgde ervoor dat het mogelijk werd om subcellulaire structuren en macromoleculen
te scheiden op basis van hun grootte, vorm en/of dichtheid
Dit heet subcellulaire fractionatie → specifieke delen van de cel bestuderen
→ Centrifugale krachten → zwaarste partikels eerst weg (hoe hoger g, hoe kleiner en kleiner de partikels
zijn die kunnen gescheiden worden)

II. Ultracentrifugatie → handig om kleine organellen en macromoleculen te onderscheiden aan heel hoge
snelheden (100 000 revoluties per min & met een kracht van 500 000 x de zwaartekracht)

III. Chromatografie = een techniek waarbij een mengsel van moleculen in oplossing stap per stap wordt
ontleed tot aparte componenten → moleculen onderscheiden op basis van grootte, lading, affiniteit
voor bepaalde andere moleculen of functionele groepen

IV. Electroforese = techniek waarbij een elektrisch veld wordt gebruikt voor het scheiden van moleculen
op basis van hun mobiliteit (meestal door een semi-vast gel)
→ Het wordt enkel gebruikt voor het bepalen van lengte/grootte van proteïnen, DNA en RNA moleculen
→ Na de elektroferese doet men aan massaspectromerie (precieze bepaling van de massa van
moleculen) om de grootte en de samenstelling van individuele proteïnen te determineren




Centrifugatie Chromatografie




Elektroferese


10

Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:

Verzekerd van kwaliteit door reviews

Verzekerd van kwaliteit door reviews

Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!

Snel en makkelijk kopen

Snel en makkelijk kopen

Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.

Focus op de essentie

Focus op de essentie

Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.

Van wie koop ik deze samenvatting?

Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper JClaes. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.

Zit ik meteen vast aan een abonnement?

Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €24,99. Je zit daarna nergens aan vast.

Is Stuvia te vertrouwen?

4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)

Afgelopen 30 dagen zijn er 53068 samenvattingen verkocht

Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen

Start met verkopen
€24,99  5x  verkocht
  • (1)
In winkelwagen
Toegevoegd