College aantekeningen
SSB-51306 'introduction to functional genomics' lecture 7 antwoord op vragen
antwoorden op lecture 7 SSB-51306 'introduction to functional genomics'
[Meer zien]Voorbeeld 1 van de 2 pagina's
Voorbeeld 1 van de 2 pagina's
In winkelwagengesponsord bericht van onze partner
Voorbeeld van de inhoud
Lecture 7Genetic variation:
- Why sequence more than one genome of a species? (1) You will find
genetic variation and phenotypic variation, with which you study function of
genes. (2) You can find genes that are
not functional in genome1, but are functional in genome2: develop ‘genetic
standard’.
Questions art 1
- What is wrong with the sentence ‘ the sequence of the human (or
Arabidopsis) genome ..’ ?
- Describe a few examples of genome variation. CNVs (copy number
variation (size can change)), SNPs, indels (insertions, deletions)
- How many SNPs are expected to be present in the Arabidopsis
genome?1 in 50 basepairs
- Describe the different effects of SNPs located in gene regulatory
sequences and in gene (coding) sequences. Gene regulatory
sequence, e.g. promotor (may cause higher or lower gene expression) or
coding sequence (may cause different proteins)
- Why is it a particular advantage that Arabidopsis is mostly self-
fertilizing? Less variation due to homozygous genome
- What are recombinant inbred lines(RILs)? Start with two homozygous
lines and combine them into F1. Then self-fertilize these lines, you end up with
genetic mosaics of the original (page 4, slide 1). If you search for a gene,
analyze the mosaics --> if the trait you are looking for is on one of the
mosaics, then you know the gene lays in that region of the mosaic and of the
original.
- What is a QTL? Quantative Trait Loci ??
Mutants
- How to make KO in plants? KO = knock-out, made in genes to study
their function. Make them using siRNAs (small-interfering RNAs, they can
interfere gene expression, called knock-down [gene has lower expression,
expression is not zero]), CRISPR/Cas (??), transposons(they can move DNA
across the genome), Ti DNA, chemicals
Random mutations: transposons, Ti DNA, chemicals
Targeted mutations: CRISPR/Cas and RNAi
With transposons, you can create a primer that acts on the transposon, so that
you can find back the transposon (where did it go?) see page 6, slide 1
- How do I find a tissue specific promoter? Tissue specific promotor:
promotor only functional in a certain type of tissue, not in other tissues.
Metabolomics
- How can we identify plant metabolites? Metabolites: Labile, chemical
diversity. They have a wide dynamic range (different concentrations, turnover
time, etc.) Identifying using MS-methods
- What do all these enzymes do/produce?
Metabolites are the small chemical components in every cell. Major traits such as
food quality, taste, nutritional value, toxicity, allergenicity etc. are all directly
correlated with the presence or absence of specific combinations of metabolites
in the plants.
Metabolomics technologies have therefore been developed to give us the
broadest possible overview of the biochemical composition of biological materials
without having to have prior metabolic knowledge
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper kraaaaaaaijj. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €3,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 53068 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen