100% tevredenheidsgarantie Direct beschikbaar na je betaling Lees online óf als PDF Geen vaste maandelijkse kosten
logo-home
Eerder door jou gezocht
Eerder door jou gezocht
logo
VOLLEDIGE Samenvatting Methoden in het biomedische onderzoek 2 €12,99
In winkelwagen
Snel navigeren naar
Voorbeeld
  2.  
  3. Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)
  4.  
  5. Biomedische Wetenschappen
  6.  
  7. Methoden In Het Biomedisch Onderzoek (BKULE0F94A)

Samenvatting

VOLLEDIGE Samenvatting Methoden in het biomedische onderzoek 2

1 beoordeling
 6 keer verkocht
  • Vak
  • Methoden In Het Biomedisch Onderzoek (BKULE0F94A)
  • Instelling
  • Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)

VOLLEDIGE Samenvatting Methoden in het biomedische onderzoek 2. Alle info uit de slides en hoorcolleges, van alle hoofdstukken. Volledig inorde. Ik studeerde deze samenvatting en had een 17/20.

Voorbeeld 4 van de 116  pagina's

Document informatie

  • 31 juli 2022
  • 116
  • 2021/2022
  • Samenvatting

Onderwerpen

  • rna
  • eiwitten
  • microscopie
  • elektrofysiologie
  • x stralen
  • spect
  • pet
  • radiotherapie
  • radio isotooptechnieken
  • radioprotectie
  • in vivo metingen mens us en mri

Geschreven voor

  • Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)
  • Biomedische Wetenschappen
  • Methoden In Het Biomedisch Onderzoek (BKULE0F94A)
Alle documenten voor dit vak (11)

1  beoordeling

review-writer-avatar

Door: lienvd80 • 1 jaar geleden

Verkoper

avatar-seller
paulinebal

Ontvangen beoordelingen

Voorbeeld van de inhoud

Alles Methoden 2 (2.1-2.8)
Methoden inleiding (2.1 & 2.2)
Studeren: begrijpen, vergelijken, grootorde van de getallen kennen (g vs mg)

In vitro, ex vivo, in vivo = wet lab
In silico = dry lab

Peer-revieuw = van collega OZ’ers

Laboschrift (gebonden) met controles, resultaten, …
Gedetailleerde beschrijving => republiceren door ander labo

Proefdiermodellen naar klinische studie

Weerlegd: andere resultaten in de mens dan model organisme
Gerepliceerd: positief: zelfde resultaten in mens
Dosis-respons curve: verschillende dosissen toedienen en zien wat er gebeurd
=> slaagkans klinische studie verbeterd
Replicatie: bij zoveel procent is na het opnieuw doen in de mens het juiste resultaat

Genetische evidentie bv. variant in gen zorgt voor ziekte
=> slaagkansen klinische studie verbeterd

Thalidomide: in proefdieren ging het wel: muizen-embryos hebben meer antioxidanten + beschermd
→ belangrijk verschil modelorganisme vs mens



Analyse = meten zoals het is
Modulatie = we gaan iets manipuleren/moduleren: behandelen, kloneren

Precisie:
Detectielimiet: vanaf deze hoeveelheid zie je dat er iets aanwezig is
Kwantificatie: vanaf deze hoeveelheid kan je het ook meten
Specificiteit bv. Coronatest alleen reageren op covid en niet andere antistoffen

,2.3 RNA
Inleiding
DNA vs RNA
- Thymine (stabieler) vs uracil
- Deoxyribose: Geen 2’OH vs ribose: 2’OH
=> 2’OH vatbaar voor afbraak door RNAsen
DUS DNA stabieler dan RNA => makkelijk modificaties
- Ds vs ss
- RNA kan secundaire/tertiaire structuur hebben + korter dan DNA

(ddNTPs bij Sanger sequencing => ook geen 3’OH => geen ketenverlenging (fosfodiesterbinding))

Soorten RNA
tRNA => TLN naar eiwitten I mRNA = boodschap voor TLN
rRNA (95%) => veel aanwezig DUS voor kwaliteitscontrole (zie verder) Coderend RNA

lncRNA = lang (>200 nt) I siRNA = kort => moduleren cellen
miRNA = kort (<200 nt) => reguleren TXN (genexpressie) Niet coderend RNA
mRNA
DNA → pre-mRNA → mRNA (matuur) → polypeptide
Splicing = verwijderen intrionen
TXN splicing TLN

Pre-MRNA (tijdelijk) = 5’cap + exonen + intrionen + polyAstaart

mRNA: 5’cap + 5’UTR + 3’UTR + polyA => niet naar eiwit
5’cap en polyA niet gecodeerd maar post-transcriptie toegevoegd

Voorzorgen en bewaren voor problemen
Modificatie RNA in staal (RNA instabiel <>DNA)
= Degradatie (dmv endogene/exogene bv.RNAse) + inductie genen

- Anticoagulans EDTA bij staalname <> heparine (inhibeert RNA reactie)

RNA stabilisatie => langer bewaren
snel werk, inviezen (vloeib. N2),
RNA bewaarmiddel => langer bewaren bij Tkamer
→ bij bloed (bv.PAXgene tube)/ bij cellen bv. Trizol (1e stap extractie) of
RNAlater (voor extractie): (NH₄)₂SO₄ -opl. => neerslag eiwitten (RNAse = eiwit)

RNAse vrij werk
labojas, handschoenen, RNAse schoonmaakproduct,
buffer/water bewerken met RNAse inhibitor => nuclease-vrij
bv. DEPC (carcinogeen): reactie amines van AZ in katalytic site(!niet in Trisbuffer: Tris= amine)

,Bewaring RNA
In RNAse vrij water/ TE buffer (EDTA inhib. enkel DNAsen), op -80°C (1jaar <DNA),
als alcoholprecipitaat,, meerdere aliquots in RNA bewaarmiddel => later RNA extractie


DNA contaminatie bij RNA extractie
(!moeilijker DNA verwijderen van RNA dan RNA van DNA)

- Niet altijd probleem
- Detectie via electroforese of RTmin controle
 DNAse behandeling ALS contaminatie WANT ook verlies/degradatie RNA
= DNAse(l) tijdens/na extractie RNA => knip DNA + hitte inactivatie/ verwijderen DNAse



RNA extractie
! vgl met DNA extractie




1)Lysis van staal = kapot maken cellen
= breken cellen (RNA vrij) => °lysaat/ homogenaat = vl. met inhoud cellen (afh. startmateriaal en
doel)

- Toep. lyseren: In extractie van DNA (Hfdst 1.13), RNA (Hfdst 2.3), eiwitten (Hfdst 2.4)

Vaak toevoeging remmers van niet-gewenste moleculen, bv DNasen, RNAasen, proteasen,…

Methoden voor lysisch (afh. weefsel, celtype, V, …):

• Detergent toev. (meestal) bv. SDS, Trizol (guanidium thiocyanaat), guanidium chloride..=> lysis
• Vriezen en ontdooien (snel) => lyseren (kapot maken) cellen
( <> cryopreservatie (=traag) om cellen intact/leefbaar te houden: HT1.3)
• Mechanische homogenisatie:
o Pletten in mortier met pestel (in vloeibare stikstof)
o Bead-gebaseerde homogenisator:
beads (= kralen) in buis met cellen + schudden => °homogenaat
• Vloeibare homogenisatie: dounce homogenisator/ douncer:
oplossing tussen glazen pestels => bewegen => vloeistofstroom => lyseren cellen
Positief: milder: organellen intact (<> mechanische)
• Sonicatie (geluidsgolven) => OOK DNA/ RNA fragmenteren (bv. bij Sanger: DNA frag nodig)

, 2) Isoleren/extractie RNA
= RNA uit lysaat opzuiveren (geen eiwitten, DNA,…)
dmv organisch solvent, alcoholprecipitatie of
kolomchromatografie

Organisch solvent = Trizol = “in huis” protocol
= guanidium thiocyanaat (zuur: pH 4) – fenol – chloroform
∟ = detergent => cel lysis + RNAse inhibitor (=> RNA intact)

Werking: °organische- + inter- + waterlaag met RNA (boven) => overbrengen H20 laag tube
=> alcoholprecipitatie/ kolomchromatografie => isolatie RNA
+: makkelijk, goedkoop, goede oprengst

Vergelijk DNA: fenol – chloroform voor extractie DNA (pH=7 <> Trizol = zuur)
RNA (negatief Q: polair) altijd in H20 laag
<> DNA in H20 of organische/ interlaag afh. van pH (negatief Q/neutr.)

Alcoholprecipitatie supernatans (precipitatie = neerslag)
= idem DNA

DNA & RNA (P03-) neerslag bij toevoegen zout (bv Na+, Na-acetaat) + alcohol (ethanol, isopropanol)
=> Neg. DNA neutr. door Na+ (=hydrofoob)+ alcohol => neerslag uit opl. => °vlokje
(bij lage conc.: lagere temp. Of drager (glycogeen) toev. => beter zichtbaar)
=> RNA/DNA pellet oplossen in water/buffer

1e organisch/kolom => DNA/RNA dan precipitatie => neerslag DNA/RNA
→ DNA extractie: RNAsen toev => enkel DNA
→ RNA extractie (moeilijker) : 1e test of contaminatie DNA, 2e DNAsen (want RNA verlies)

Kolomchromatografie
1e RNA (/DNA) bindt selectief silica kolom dmv zout + pH condities => rest loopt door (!DNA niet
100%)
2e Elutie RNA door ∆condities

Opstelling: lysaat in kolom (silica/anionenuitwiss.) => vloeistof door kolom (dmv centrif., Fz of
vacuüm)
Pos: eenvoudig, zeer goede zuiverheid
Neg: duurder (aankopen), capaciteit kolom (kan maar beetje RNA binden)=> opbrengst beperkt

Silica kolom
= idem DNA <>bij DNA ook nog anionenuitwisselaar (+ Q)

• Buffer met chaotrope zouten (bv. quandidium Cl) (all-in one)
=> lysis, inhiberen nuclease, selectieve binding RNA aan silica kolom
• = Spin kolom: vloeistof door kolom dmv centrifugatie (eiwitten, .. verwijderen)
• Vrijzetten/ elutie RNA via water/buffer

Automatisering: voor grote schaal bv. Covid-19 test (RNA)
Magnetische silica beads => RNA/DNA bindt => magneet: beads uit opl. => ∆conditie => RNA vrij

Kwantificeren RNA
≈ DNA (onderlijn = verschil)

Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:

Bewezen kwaliteit door reviews

Bewezen kwaliteit door reviews

Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!

In een paar klikken geregeld

In een paar klikken geregeld

Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, creditcard of je Stuvia-tegoed en je bent klaar. Geen abonnement nodig.

Direct to-the-point

Direct to-the-point

Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.

Van wie koop ik deze samenvatting?

Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper paulinebal. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.

Zit ik meteen vast aan een abonnement?

Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €12,99. Je zit daarna nergens aan vast.

Is Stuvia te vertrouwen?

4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)

Afgelopen 30 dagen zijn er 66184 samenvattingen verkocht

Opgericht in 2010, al 15 jaar dé plek om samenvattingen te kopen

Begin nu gratis
€12,99  6x  verkocht
  • (1)
In winkelwagen
Toegevoegd