Samenvatting

Samenvatting TIP! Hoorcolleges 9 tm 12 van MBT

0 keer verkocht

Vak
MBT (B05MBT)

Instelling
Hogeschool Leiden (HSL)

Samenvatting van HC9 tm 12 van MBT. HC1 tm 6 ook te koop

[Meer zien]

Voorbeeld 3 van de 23 pagina's

Bekijk voorbeeld

Geupload op 10 oktober 2022
Aantal pagina's 23
Geschreven in 2020/2021
Type Samenvatting

Volgen

silke10 Lid sinds 2 jaar 1 documenten verkocht

€6,92

Ook beschikbaar in voordeelbundel v.a. €10,49

In winkelwagen

Opslaan

100% tevredenheidsgarantie
Direct beschikbaar na je betaling
Lees online óf als PDF
Geen vaste maandelijkse kosten

Ook beschikbaar in voordeelbundel (1)

HSL MBT Bundel (1t/m6 en 9 t/m12)

€ 13,84 € 10,49 2 items

1. Samenvatting - Tip! hoorcolleges mbt 1 tm 6
2. Samenvatting - Tip! hoorcolleges 9 tm 12 van mbt
Meer zien

HC9 Massaspectrometrie en eiwit sequencing

Enzymatische fragmentering, hoe ging dat? “Edman degradatie”
- Openen/knippen van aminozuurketen
- Chemische verandering (reactie) van het eindstandig aminozuur met fenyl-iso-thio-cyanaat
- Losmaken van dit aminozuur (rest blijft intact)
- Bepaling identiteit aminozuur (papierchromatografie)
- Volgend aminozuur
- Hiermee identificatie van gehele eiwit, max 50 aminozuren
- Nu: sequencing DNA. Eiwitsequencing minder belangrijk, en massa spectrometrie op eiwitten en
peptiden

Proteomics
- Studie van structuur, functie en interacties van eiwitten in cel
- Proteomics: eiwit structuur en functie onderzoeken op grote schal
- Onderzoek naar eiwitten in de cel op een bepaald moment onder bepaalde condities
- Identificatie en kwantificering van eiwitten en de bepaling van lokalisatie, activiteit en functie

Eiwit met fosfaatgroep  eiwit staat meestal aan, als er geen fosfaatgroep aanwezig is, dan staat het
eiwit uit

Massaspectrometer  moderne manier om eiwitsequenties te bepalen
1. Vaste stof of vloeistof  gas, dmv ioniseren, beschieten met elektronen waardoor moleculen
lading (+) krijgen en verhitten
2. Positief geladen ionen vliegen door negatief geladen buis
3. Magnetisch veld: schiet ionen uit de baan, hoe groter het positieve ion, hoe langer het duurt
voordat ion op detector terecht komt
4. Detector kan massa ion meten

5 fasen in massa analyse in massa spectrometer
1. Vaporisatie
o Analyse van gassen, vloeistoffen, vaste stoffen
o Verneveling, gasvorming noodzakelijk
2. Ionisatie
o Harde/zachte technieken (ESI/MALDI)
o Electron ionisatie, electronspray ionisatie, schieten van elektronen op eiwitten
o Moleculen in mantel van hydrofobe en hydrofiele stoffen “droplets”
3. Versnelling
o Electroden, aftstoting, aantrekking, meer aantrekking, versnelling
4. Deflectie
o Magnetisch veld  minder massa, meer lading, afbuiging
5. Detectie
o Wat eerst komt is: meer beïnvloed door magnetisch veld
o Grote moleculen, weinig lading

,MALDI-Tof
- Eigenschappen en voordelen
o Analyse voor alle eiwitten
o Snel en kleine samples om te analyseren
o Identiteit van alle pieken weten is niet essentieel
o Het gaat om patroon van pieken

Maar wij willen meer informatie  tandem massaspectrometrie (MS/MS)
Eiwitten sequencen mbv MS/MS
1. Isolatie eiwit (bandjes uit gel isoleren op juiste molecuulgewicht eiwit)
2. Eiwit in stukjes knippen (peptiden)
o Restrictie-enzymen (specifieke peptidasen) voor eiwitten, knippen bij bepaalde
aminozuurvolgorde
3. Peptiden scheiden
o Met vloeistof chromatografie
4. 1e MS analyse (lage ionisatie)
o Geeft peptide van x aantal aminozuren
5. 2e MS analyse (hoge ionisatie)
o Geeft het x aantal aminozuren
o Enkele en dubbele aminozuren  bepalen volgorde aminozuren in peptide

Manieren van analyse
- 1 eiwit  top down proteom analyse
o 2D gel elektrophorese (scheiding op lading en grootte)
o Eiwitbandjes van interesse uit gel knippen en knippen in peptiden
o Massaspectormetrie  aminozuurvolgorde eiwit
- Alle eiwitten  bottom up proteom analyse
o Eiwit-restrictie-enzymen knippen eiwitten in peptides
o Vloeistofchromatografie  peptiden worden gescheiden
o Massaspectrometrie  elke fractie, geeft informatie over alle eiwitten

1. Cellen lyseren
2. Eiwitten oplossen
3. In sommige gevallen voorscheiding

Overzicht
- Eiwit analyse wordt steeds meer met massa spectrometrie uitgevoerd  het levert je “proteom”
informatie op
- Peptiden worden vaak geïdentificeerd in massa spectrometrie
- Grote eiwitten zijn niet direct te analyseren in MS
o Wel met SDS/PAGE of 2D-gels
- Databanken zijn onontbeerlijk om tot identificatie te komen
- NCBI protein, UniprotKB, ExPaSy, Mascot
o Tools/databanken op internet moet je minimaal kennen om met eiwitten te werken

, Fylogenetische analyse zoogdieren (Clustal Omega)
Mitochondriale eiwitten veranderen minder snel dan in de kern gecodeerde eiwitten
- Mitochondriën hebben eigen genoom, je krijgt het van je moeder, kern DNA is van je vader en
moeder

Mitochondriale eiwitten worden gebruikt voor moleculaire identificatie ofwel biodiversiteit bepaling
- Aminozuurverschillen tussen 2 van deze eiwitten is evenredig met het fylogenetische verschil
tussen de soorten
- Je kunt aan de hand van de sequenties een fylogenetische stamboom maken
- Studies aan moleculaire evolutie

Blasten
Sequences met een e-value van 10-4 of lager  aangenomen kan worden dat de sequentie homoloog of
gerelateerd is aan de start-sequenties

Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:

Bewezen kwaliteit door reviews

Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!

In een paar klikken geregeld

Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, creditcard of je Stuvia-tegoed en je bent klaar. Geen abonnement nodig.

Direct to-the-point

Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.