College aantekeningen
ZSO 1 bioinformatica
- Vak
- Instelling
ZSO 1 - Uitgewerkte oefeningen van ZSO 1 van bioinformatica, biomedische wetenschappen UHasselt
[Meer zien]Voorbeeld 2 van de 10 pagina's
Voorbeeld 2 van de 10 pagina's
In winkelwagen
In winkelwagen
gesponsord bericht van onze partner
Verkoper
Volgen
anasloyens
Voorbeeld van de inhoud
ZSO 1: BIO-INFORMATICAOPDRACHTEN 1
OEFENING 1:
GA NAAR DE NCBI HOME PAGE (HTTP://WWW.NCBI.NLM.NIH.GOV/), SELECTEER “NUCLEOTIDE”
EN GEEF DE VOLGENDE ACCESSION CODE IN “U54469”. BEKIJK DE INHOUD VAN DEZE FILE.
Inhoud: Drosophila melanogaster eukaryotic initiation factor 4E (eIF4E) gene, complete cds,
alternatively spliced
WAAROM STAAT ER IN DE ANNOTATED INFORMATIE 2 X MRNA EN 2 X CDS VOOR EENZELFDE
GEN?
door alternatieve splicing kunnen we verschillende mRNA’s verkrijgen => 2 verschillende
producten:
Eukaryotic initiation factor 4E-II
Eukaryotic initiation factor 4E-I
WELKE VERSCHILLENDE FILEFORMATEN KAN JE BEKOMEN VOOR DEZE SEQUENTIES?
- GenBank
- FASTA
- Graphics
1
Bij de varianten nemen zij vaak 1 of 5.
, OEFENING 2:
ZOEK HET HUMANE ICAM-1 PROTEÏNE OP. WAT IS DE ACCESSION CODE?
ICAM-1 (homo sapiens) = GenBank: CAA41977
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/CAA41977.1
ZOEK VERVOLGENS HET BIJHORENDE MRNA OP. UIT HOEVEEL BASEPAREN BESTAAT DIT MRNA?
GEEF HET CDS IN FASTA FORMAAT. HOEVEEL EXONEN ZIJN ER?
*om dit te doen hebben we het nucleotide nodig => onder nucleotide moeten we dan ICAM-1
aangeven*
Baseparen = 2967
Aantal exonen = zeven
CDS in fasta formaat:
>NM_000201.3:41-1639 Homo sapiens intercellular adhesion molecule 1
(ICAM1), mRNA
ATGGCTCCCAGCAGCCCCCGGCCCGCGCTGCCCGCACTCCTGGTCCTGCTCGGGGCTCTGTTCCCAGGAC
CTGGCAATGCCCAGACATCTGTGTCCCCCTCAAAAGTCATCCTGCCCCGGGGAGGCTCCGTGCTGGTGAC
ATGCAGCACCTCCTGTGACCAGCCCAAGTTGTTGGGCATAGAGACCCCGTTGCCTAAAAAGGAGTTGCTC
CTGCCTGGGAACAACCGGAAGGTGTATGAACTGAGCAATGTGCAAGAAGATAGCCAACCAATGTGCTATT
CAAACTGCCCTGATGGGCAGTCAACAGCTAAAACCTTCCTCACCGTGTACTGGACTCCAGAACGGGTGGA
ACTGGCACCCCTCCCCTCTTGGCAGCCAGTGGGCAAGAACCTTACCCTACGCTGCCAGGTGGAGGGTGGG
GCACCCCGGGCCAACCTCACCGTGGTGCTGCTCCGTGGGGAGAAGGAGCTGAAACGGGAGCCAGCTGTGG
GGGAGCCCGCTGAGGTCACGACCACGGTGCTGGTGAGGAGAGATCACCATGGAGCCAATTTCTCGTGCCG
CACTGAACTGGACCTGCGGCCCCAAGGGCTGGAGCTGTTTGAGAACACCTCGGCCCCCTACCAGCTCCAG
ACCTTTGTCCTGCCAGCGACTCCCCCACAACTTGTCAGCCCCCGGGTCCTAGAGGTGGACACGCAGGGGA
CCGTGGTCTGTTCCCTGGACGGGCTGTTCCCAGTCTCGGAGGCCCAGGTCCACCTGGCACTGGGGGACCA
GAGGTTGAACCCCACAGTCACCTATGGCAACGACTCCTTCTCGGCCAAGGCCTCAGTCAGTGTGACCGCA
GAGGACGAGGGCACCCAGCGGCTGACGTGTGCAGTAATACTGGGGAACCAGAGCCAGGAGACACTGCAGA
CAGTGACCATCTACAGCTTTCCGGCGCCCAACGTGATTCTGACGAAGCCAGAGGTCTCAGAAGGGACCGA
GGTGACAGTGAAGTGTGAGGCCCACCCTAGAGCCAAGGTGACGCTGAATGGGGTTCCAGCCCAGCCACTG
GGCCCGAGGGCCCAGCTCCTGCTGAAGGCCACCCCAGAGGACAACGGGCGCAGCTTCTCCTGCTCTGCAA
CCCTGGAGGTGGCCGGCCAGCTTATACACAAGAACCAGACCCGGGAGCTTCGTGTCCTGTATGGCCCCCG
ACTGGACGAGAGGGATTGTCCGGGAAACTGGACGTGGCCAGAAAATTCCCAGCAGACTCCAATGTGCCAG
GCTTGGGGGAACCCATTGCCCGAGCTCAAGTGTCTAAAGGATGGCACTTTCCCACTGCCCATCGGGGAAT
CAGTGACTGTCACTCGAGATCTTGAGGGCACCTACCTCTGTCGGGCCAGGAGCACTCAAGGGGAGGTCAC
CCGCAAGGTGACCGTGAATGTGCTCTCCCCCCGGTATGAGATTGTCATCATCACTGTGGTAGCAGCCGCA
GTCATAATGGGCACTGCAGGCCTCAGCACGTACCTCTATAACCGCCAGCGGAAGATCAAGAAATACAGAC
TACAACAGGCCCAAAAAGGGACCCCCATGAAACCGAACACACAAGCCACGCCTCCCTGA
OEFENING 3:
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper anasloyens. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €6,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 67096 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen