Samenvatting
Summary RNA structure and Function Lecture 1-4
RNA Structure and Function RNA methodologies RNA features and functions miRNA
[Meer zien]Voorbeeld 3 van de 26 pagina's
Voorbeeld 3 van de 26 pagina's
In winkelwagengesponsord bericht van onze partner
Verkoper
Volgen
Voorbeeld van de inhoud
SUMMARYRNA STRUCTURE AND FUNCTION
Abstract
Summary of lectures/ tutorials and papers of the course RNA Structure and Function.
NWI MOL107
Radboud University (RU)
Nijmegen
2022-2023
Kevin Booij
,Lecture 1: RNA structure and function
Key differences between RNA and DNA*
RNA DNA
Single stranded * Double stranded *
Ribose sugar * Deoxyribose sugar *
Unstable Stable
Often shorter than DNA Longer (base-pairs) than RNA
Uracil * Thymine *
Secondary structure A-helix Secondary structure B-helix
Primary, secondary, tertiary and quaternary Secondary structure of DNA strand, and helical
structure is tertiary
Structure tertiary structure: complexity of RNA structures are way more complex than those of
DNA. *
RNA can act as a catalyst DNA can not
RNA has an additional OH-group compared to DNA because of the ribose phosphate backbone.
Non-standard nucleotides:
Iosine is the most abundant non-standard nucleotide. Iosine, pseudodouridine, ribothymidine and
dihydrouridine are examples of non-standard nucleotides. All of these nucleotides are atypical and
related to the original nucleotides, but will result in another secondary or tertiary structure of the
RNA molecule.
Primary structure RNA:
Single stranded structure with a right-handed helical confirmation held together by H-bonds and
base-stacking interactions. RNA structure:
, Hydrolysis of RNA:
RNA is unstable under alkaline conditions (high pH!). RNA is used for a temporary function. After use,
it is destroyed or become dysfunctional. RNAses: s-RNase, RNase P, Dicer (microRNA production) and
RNA exomes.
Base-catalyzed hydrolysis of RNA:
High pH (alkaline). Lot of OH can bind to OH on nucleotide break bond between nucleotides in
RNA and thereby shorten it.
- RNA is unstable under alkaline conditions.
- Hydrolysis is also catalysed by enzymes (ribonuclease and RNase).
- RNase enzymes are abundant around us: - S-RNase in plants prevents inbreeding.
- RNase P is a ribozyme that processes tRNA precursors.
- Dicer is an enzyme that cleaves double-stranded RNA into oligonucleotides. This leads to protection
from viral genomes and RNA interference.
- RNA exosome is an ubiquitous complex of 3’- 5’ exoribonucleases.
- Phosphate backbone is broken down by hydrolysis and leads to departed bases which results in
dysfunction of the RNA.
RNA interference (RNAi) = A biological process in which RNA molecules are involved in sequence-
specific suppression of gene expression by double-stranded RNA, through translational or
transcriptional repression.
Exoribonuclease = Enzyme that degrades RNA by removing terminal nucleotides from either the 5'
end or the 3' end of the RNA molecule.
Oligonucleotides = Short DNA or RNA molecules
Secondary and tertiary structure of RNA:
Secondary structure
Hairpin loop < 6 bases in a loop
Stem-loop >6 bases in a loop. With a Double-helical stem region before the loop.
- Internal loop.
Asymmetric -> unequal number of non-base paired residues in both strands.
Symmetric -> equal number of non-base paired residues in both strands.
- Bulge.
Single nucleotide bulge.
Multiple nucleotide bulge.
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper kevinbooij1. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €4,39. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 75632 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen