Practical
Steps to sequencing a DNA sequence:
1. Go to https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
2. Click on the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) tab
Different types of BLASTs:
Nucleotide BLAST takes a nucleotide sequence and compares it to all
nucleotide sequences in the NCBI database.
Protein BLAST takes an amino acid sequence and compares it to all amino
acid sequences in the database
BLASTx takes a nucleotide sequence, converts it to amino acid sequence
and compares this to all predicted amino acid sequences in the database.
tBLASTn takes an amino acid sequence and compares it to DNA sequences
which are translated to amino acid sequences.
Each of these has advantages, depending on what you want to do. If I have a DNA
sequence, I normally start with a BLASTx because amino acid sequences tend to
change less frequently than DNA sequences and so comparisons between
sequences from different species are easier. This is because some amino acids are
encoded by several different codons so the DNA sequence can change without
altering the amino acid sequence of the protein.
3. Copy and paste the DNA sequence into the BLASTx input box A.
4. Once it has been processed, you will see what protein the gene encodes for.
If you look at the sequences below the top sequence you will see other sequences
for the same gene, but from other plant species.
5. If you click on the link to one of the proteins you will be shown the comparison of the
inputted sequence with the protein sequence in the database.
Examining restriction enzymes of a DNA sequence:
1. Go to http://nc2.neb.com/NEBcutter2/
2. Copy and paste your sequence in the input box and click submit. Once the
submitted, the page will generate a diagram showing all restriction enzymes that cut
once in the sequence. If you click the link to 2 cutters it will show a diagram of all
the restriction enzymes that cut twice in the sequence.
3. The grey bar on top shows how many amino acids are in the sequence
Biotechnology 1
, 4. Stop codons are underlined (highlighted in yellow and red font) in the sequence. But
the position of a stop codon can be calculated by multiplying the number of amino
acids in a sequence by 3.
5. All the sequence downstream (to the right) of the stop codon is known as the
untranslated region (UTR) as it does NOT encode for protein.
History of Biotechnology
“bios” – life
“technikos” – tools
“logos” – the study of
Biotechnology = the use of organisms, using some technical process, to the
advantage of mankind and the environment.
Biotechnology 2
,Biotechnology 3
, Impacts of biotechnology:
Reduction in pesticides
Increase in yields
Increase in farmer income
Uses of biotechnology:
Produce food/increase yield
Medicine
Biofuel
Stem cell research
DNA fingerprinting
Biotechnology 4
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper jessiedixon. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €3,27. Je zit daarna nergens aan vast.