Volledige samenvatting bio-informatica gebaseerd op de slides en notities van tijdens de les. Ook de oefeningen worden stap voor stap uitgelegd. Heel handig voor mee te nemen naar het open boek examen. Samenvatting bevat ook de oefeningen uit de werkzittingen) Door enkel de samenvatting te leren ha...
Inleiding
- Bio-informatica = problemen oplossen
└ Alles is op zeer vele manieren oplosbaar
Entrez gene
→ Opzoeken via: NCBI → ‘gene’
Wat je kan vinden:
- Genstructuur annotaties: 3’ en 5’ UTRs, exonen, intronen, alternatieve splice vormen, isovormen, …
- Functionele annotaties volgens de Gene Ontology vocabulaire (zie verder)
- Genexpressie
- Interacties met andere proteïnen
- Mutante fenotypes
- Homologie
Wat hebben we opgezocht in de les:
- ‘summary’ = korte samenvatting over het gen
- Isovormen van mRNA: zelf tellen
- Bibliografie: bevat artikels gelinkt aan het gen
- Pathways waarbij het eiwit (afkomstig van het gen) betrokken is
Transcripten
Elk lijntje is een transcript isovorm: ontstaan door alternatieve splicing of alternatieve promotors
Refseq
= gecureerde secundaire database die als doel heeft een volledige, geïntegreerde, niet-redundante reeks
sequenties te bieden
- 1 entry voor elk chromosoom
- 1 entry per molecule
- Niet-redundant: 1 entry per RNA
- Bestaat uit: 2 letters + 6 nummers → bv. NM_000546.5 (laatste = versie nummer)
,Unieke identifiers:
- Voor mRNAs = NM_...
- Voor proteïnen = NP_...
- Voor mRNAs en proteïnen waarvan ze vermoeden dat ze bestaan, maar nog niet experimenteel is
aangetoond = XP_...
Genbank format: .GB
= genbank formatted file
- Vorm: xxx.GB
- Flatfile bestaat uit 3 delen
1. Header
2. Features
3. Sequence
Fasta format: .FASTA
- Vorm: xxx.fasta
- Flatfile bestaat uit
└ > met erachter de sequence identifier
└ Sequentie
- Zowel voor proteïnen als nucleotiden
Hoe opslaan?
1) “send to”
2) Complete record aanklikken
3) Format: FASTA kiezen
4) Notepad++ openen en de file erin zetten
EMBL/EBI
= Europese databank → opzoeken via EBI
,DBFETCH
= links die je kan gebruiken in de browser waardoor je rechtstreeks een sequentie kan downloaden
, GFF format
Bestaat uit 9 kolommen gescheiden door een tab
1. Seqname = naam van de sequentie
2. Bron
3. Features
4. Start en einde
5. Score
6. Strand
7. Frame
Eventueel:
- Attributes
- Comments
3D structures
NCBI → “structure”
Oefening 1: Entrez
Zoek volgende paper in Pubmed: The DCC gene has a role in cellular differentiation and colorectal
tumorigenesis (Hedrick et al. 1994)
1) Open entrez → Pubmed
2) Vul in: Hedrick 1994 genes dev
Geef de pubmedID
1) ID is te vinden onder de titel van het artikel
2) Oplossing: 7926722
Wat zijn de residus die de signal sequence bepalen volgens de uniprot entry?
1) Ga bij het artikel naar related information → klik op ‘gene’
2) Zoek de link naar uniprot
3) Zoek naar signal peptide
4) Positie 1-25
5) Via BLAST kan je de sequentie vinden: MENSLRCVWPKLAFVLFGASLFSA
Oefening 2: Entrez
Hoeveel mRNAs zijn er van het SOX9 gen?
1) Ga naar entrez gene
2) Geef SOX9 in
3) Tel de transcripten = 5 mRNAs
Wat is de functie van dit gen?
1) Klik op de uniprot link
2) Hierop kan je de functie lezen
Geef de FASTA sequentie van 1 mRNA → klik op NM_
Geef de FASTA sequentie van 1 proteïne isovorm → klik op NP_
Is de structuur beschikbaar?
1) Ga naar entrez ‘structure’
Zijn er geannoteerde domeinen in Swissprot
1) Doe ctrl F in swissprot
2) GO annotations
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper ankevanwesenbeeck. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €7,89. Je zit daarna nergens aan vast.
