Alles wat in week 1 van het vak genoombiologie is besproken staat beschreven in dit document. Dit wil dus zeggen dat alle kennisclips zijn samengevat inclusief ondersteunende afbeeldingen.
Als er gekeken wordt naar de totale hoeveelheid RNA in een cel, dan is maar een heel klein
deel daarvan (2-4%) coderend RNA (messenger RNA). Pre-mRNA is het gedeelte dat als
eerst wordt afgeschreven van het genoom. Hier zitten nog intronen in die eruit gespliced
moeten worden, waarna het mRNA
wordt.
Het meeste RNA in de cel is
functioneel RNA wat een andere
activiteit heeft. Het overgrote deel
hiervan is ribosomaal RNA (rRNA).
Bovendien zijn er ook nog een
heleboel andere RNA soorten,
waaronder tRNA wat ervoor zorgt
dat aminozuren naar het ribosoom
worden gebracht. Er zijn ook nog
een paar kleine regulatoire RNAs
die alleen bij eukaryoten voorkomen.
RNA is belangrijk bij heel veel basale processen in de cel, bijvoorbeeld:
- Als primer in DNA replicatie (gemaakt door primase);
- Messenger van genetische informatie (mRNA);
- Katalysator in de ribosoom (rRNA), het ribosoom bestaat voor een groot gedeelte uit
RNA en is ook belangrijk in de enzymatische werking van het ribosoom;
- Het samenstellen van eiwitten (tRNA);
- Instructie tijdens splicing/processing (snRNA, snoRNA);
- Regulatoire functies (miRNA, siRNA, riboswitch);
- Een structurele functie zoals scaffolding & guiding. Ze kunnen met hun sequentie een
‘platform’ bieden waarop activiteiten plaatsvinden of dat ze door een sequentie
dingen naar de juiste plek in het genoom brengen (lncRNA). Een voorbeeld hiervan is
CRIPRCAS, dit heeft een guide RNA. Die brengt het CAS9 eiwit naar een bepaalde
plek op het DNA.
RNA kan op meerdere manieren vouwen. De meeste RNA
moleculen zijn enkelstrengs en kunnen door vouwing
allerlei loops/hairpins creëren. Bij een mismatch kan er
een internal loop ontstaan, en bij meerdere mismatches en
verschillende lengtes ontstaat er een multibranched loop.
Ook kan er een stuk zijn dat enkelstrengs is, waardoor er
een bulge ontstaat. Op deze manier kunnen er
verschillende structuren gevormd worden binnen één RNA
molecuul omdat het zichzelf vouwt. Ook kan dit met andere
RNA strengen plaatsvinden, alleen zolang er matching
plaats kan vinden binnen dezelfde streng dan zal het op die
manier vouwen.
Het grootste verschil met DNA is dat er niet alleen G-C en A-U baseparing hebt in RNA,
maar ook G-U baseparing. Zo ontstaat er een extra mogelijkheid voor een waterstofbrug &
binding.
, Zo kan berekend worden hoe zo’n stuk enkelstrengs RNA zal gaan vouwen. Er zullen
meerdere mogelijkheden zijn bij het vouwen van een RNA streng, maar de meest geschikte
is degene die de meest energetische structuur heeft (meest sterke waterstofbruggen).
Het is heel ingewikkeld om te bepalen hoe een RNA molecuul eruit ziet puur kijkend naar de
sequentie. Maar men denkt dat de vouwing van RNA moleculen heel belangrijk is voor de
functie ervan. Er zijn allerlei technieken waarmee de structuur van tRNA, mRNA en andere
RNA moleculen in de cel beter voorspeld/ bepaald kan worden. De structuur van RNA wordt
onder andere bepaald door kleine veranderingen zoals methylatie.
Er zijn ontzettend veel
modificaties gevonden op mRNA
(methylatie, pseudouridinatie). Er
zijn enzymen gevonden die dit op
specifieke plekken op het mRNA
doen en men heeft al gevonden
dat modificaties heel veel
processen in de cel kunnen
beïnvloeden. De modificaties op
het mRNA spelen een rol bij de
regulatie van processen zoals
splicing of processing of translatie
efficiëntie.
KENNISCLIP II
Men gaat er vanuit dat het leven op aarde ooit gestart is met RNA moleculen. Dit zouden de
eerste moleculen zijn die zich konden repliceren en zelf activiteit vertoonde: RNA wereld.
Hieruit zijn uiteindelijk cellen ontstaan (grote stap: moleculen à cellen) en ook de stap van
RNA naar DNA. Voor de RNA wereld was de Pre-RNA wereld, dit betekent dus dat er wel
daadwerkelijk RNA moleculen aanwezig waren maar het niet helemaal duidelijk was of deze
zich konden repliceren. En daarvoor was de prebiotische chemie, wat wil zeggen dat er
moleculen aanwezig zijn die kunnen verklaren dat RNA ooit spontaan is ontstaan. Een
belangrijk onderdeel hiervan is het katalytische RNA (ribozymen), omdat het RNA zichzelf
kan repliceren en het heeft een enzymatische activiteit. Dit is dus een belangrijk onderdeel
om te verklaren hoe vanuit RNA DNA is ontstaan. Men heeft dit voornamelijk kunnen
verklaren door in vitro experimenten van RNA evolutie.
De self splicing introns zijn onderdeel van
ribozymen omdat dit proces ook in vitro kan
plaatsvinden. Bij deze RNA moleculen zorgt het
ervoor dat door vouwing de intronen zo
gepositioneerd worden dat er een hydroxyl
attack kan plaatsvinden in de exon aan de 5’-
kant doordat er een vrije guanine aanwezig is.
Dit zal ervoor zorgen dat de intronen eruit
geknipt kunnen worden.
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper wannabedoctor. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €4,63. Je zit daarna nergens aan vast.
