Samenvatting

Samenvatting Overzicht stof R en RStudio Onderzoeksmethoden en Bio-informatica

0 keer verkocht

Instelling
Universiteit Utrecht (UU)

Overzicht van alle statistiek en R-Studio stof die van toepassing is bij Onderzoeksmethoden en Bio-informatica. Inclusief uitwerkingen van alle werkcolleges en practica met codes en alles erop en eraan.

[Meer zien]

Voorbeeld 4 van de 45 pagina's

Bekijk voorbeeld

Geupload op 1 november 2023
Aantal pagina's 45
Geschreven in 2021/2022
Type Samenvatting

Volgen

mark-burggraaf Lid sinds 1 jaar 12 documenten verkocht

€12,49

In winkelwagen

Op verlanglijstje

100% tevredenheidsgarantie
Direct beschikbaar na je betaling
Lees online óf als PDF
Geen vaste maandelijkse kosten

Aantekeningen Statistiek, R en RStudio
Inhoud
COO1 – Intro R........................................................................................................................................2
Generaties programmeertalen:..........................................................................................................2
Eenvoudige berekeningen..................................................................................................................3
Datatypes:..........................................................................................................................................3
Logische operatoren:..........................................................................................................................3
Datastructuren:..................................................................................................................................3
COO2 – Intro R importeren, selecteren, sorteren en missende gegevens..............................................4
Data importeren.................................................................................................................................4
Selecteren van data............................................................................................................................5
Sorteren en ordenen van de data.......................................................................................................6
Missende waarden.............................................................................................................................6
COO 3 – plotting.....................................................................................................................................7
Packages.............................................................................................................................................7
Basics van het plotten.........................................................................................................................7
Plots opslaan......................................................................................................................................8
Plots customizen.................................................................................................................................8
COO 4 – beschrijvende statistiek in R.....................................................................................................9
Beschrijvende statistiek voor een continue uitkomst, stap voor stap................................................9
Het beschrijven van meer dan 1 groep...............................................................................................9
Transformaties...................................................................................................................................9
MTE......................................................................................................................................................10
PR R Thema 1........................................................................................................................................11
Volledige zelfstudie..........................................................................................................................11
Steekproefvariatie en de centrale limietstelling...........................................................................11
Het verband tussen schatten en toetsen......................................................................................13
Schatten in de praktijk: een uitstapje naar een betrouwbaarheidsinterval voor het verschil in
twee steekproefgemiddelden.......................................................................................................13
Vragen en antwoorden zelfstudie....................................................................................................14
Werkcollege......................................................................................................................................14
Beschrijvende statistiek................................................................................................................14
Betrouwbaarheidsinterval voor een gemiddelde.........................................................................15
Betrouwbaarheidsinterval voor het verschil tussen twee gemiddelden.......................................16
OD data inlezen en analyseren.....................................................................................................17

1

,PR R Thema 2........................................................................................................................................19
Volledige zelfstudie..........................................................................................................................19
Betrouwbaarheidsinterval............................................................................................................19
Werkplan voor betrouwbaarheidsinterval....................................................................................21
Betrouwbaarheidsinterval, niet gebaseerd op een z-verdeling....................................................22
Lineaire regressie en correlatie, opfrissen....................................................................................25
Lineaire regressie: interferentie (betrouwbaarheids- en predictieinterval).................................27
Ijklijnen.........................................................................................................................................27
Vragen en antwoorden Zelfstudie....................................................................................................27
Werkcollege......................................................................................................................................28
Lineaire regressie..........................................................................................................................28
Stap 1: data uit .csv lezen.........................................................................................................28
Stap 2: spreidingsdiagram maken van de data.........................................................................28
Stap 3: Regressielijn schatten en toevoegen aan plot...............................................................28
Stap 4 voorspellingen met predictieintervallen........................................................................29
PR R Thema 3........................................................................................................................................30
Volledige zelftstudie.........................................................................................................................30
Inferentiële statistiek: toetstheorie aan de hand van een z-toets................................................30
Intermezzo – Hypotheses.........................................................................................................31
Intermezzo – Onbetrouwbaarheid en power...........................................................................32
Intermezzo – Onbetrouwbaarheid en power – vervolg............................................................32
Intermezzo – Onbetrouwbaarheid en power – vervolg............................................................33
Intermezzo – p-waarde en eenzijdig of tweezijdig toetsen......................................................34
Intermezzo – p-waarde en eenzijdig of tweezijdig toetsen – vervolg.......................................35
Toetsen in de praktijk: t-toets voor één steekproefgemiddelde...................................................36
Intermezzo – Model..................................................................................................................36
Toetsen in de praktijk: een uitstapje naar de chi-kwadraat toets.................................................38
Intermezzo – Chi-kwadraat toets..............................................................................................39
Intermezzo – R script................................................................................................................40
Werkcollege......................................................................................................................................41

COO1 – Intro R
Generaties programmeertalen:
1. Machine code 1111111111000000
2. Assembly jmp eax
3. Prodecure talen C++, Java, Python

2

, 4. Hogere abstractie SQL, R

Eenvoudige berekeningen
> -  aftrekken
> /  delen
> :  gesloten intervaln
> *  vermenigvuldiging
> ^ machtsverheffing

Objecten: een
> A <- 10 + 5 # je geeft a nu de waarde 5, kies naam slim
> 5

Datatypes:
> Logical (TRUE, FALSE)
> Numeric (0,1,2,3,0.3,-9,1.2e3
> Character (“tekst”)

Logische operatoren:
> <  kleiner dan
> >  groter dan
> <= kleiner of gelijk
> >=  groter of gelijk
> ==  gelijk aan
> !=  ongelijk aan
> &  en
> |  of

Datastructuren:
Vector: lijst van elementen van hetzelfde datatype

> Maken d.m.v. combine functie  c(…)
> A <- c(1, 2, 3)
> Maken d.m.v. sequence functie  seq(…)
> A <- seq(1, 3, by=.5)
o Sequence van 1 tot en met 3, met stapjes van .5
o Gebruik je geen “by” dan gebruikt r automatisch 1
> Maken d.m.v. repetition functie  rep(…)
> A <- rep(1,4)
o Vector met 1 wat 4 keer herhaald gaat worden
> A <- rep(1:3, 2)
o Gesloten interval operator : zorgt voor interval van 1 tot 3, wat 2 keer herhaald
wordt
> Maken d.m.v. normaalverdeling en uniform verdeling
> A <- nrnorm(5)
o Geeft 5 waarden uit een normaalverdeling

Matrix: tweediemensionale vector, met rijen en kolommen

> A <- matrix(1:6, nr=2, nc=3)

3

, > Geeft matrix met getallen 1 tot en met 6 met 2 rijen en 3 kolommen

.
> Je kan ook vectoren creëren en deze in een matrix zetten m.b.v. rbind() en cbind()

Lijst: hierbij kun je, in tegenstelling tot matrix en vector, verschillende datatypen door elkaar opslaan

> A <- list(“how”, “are”, “you”, “?”)

Dataframe: soort tabel waar verschillende soorten datatypen opgeslagen kunnen worden

Factor: datstructuur voor categorische date en levels zijn de mogelijke categoriënn

Hier heb je zelf de levels ingegeven!

COO2 – Intro R importeren, selecteren, sorteren en
missende gegevens
Data importeren
Datasets importeren doe je met de read.csv() of read.table() functie. Tussen de haakjes zet je de
locatie op de computer waar je je bestanden vandaan haalt.

> Read.csv() is een variant van de algemenere read.table(). Csv indiceert dat alle waarden door
een komma gescheiden zijn.

4

Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:

Bewezen kwaliteit door reviews

Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!

In een paar klikken geregeld

Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, creditcard of je Stuvia-tegoed en je bent klaar. Geen abonnement nodig.

Direct to-the-point

Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.

Van wie koop ik deze samenvatting?

Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper mark-burggraaf. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.

Zit ik meteen vast aan een abonnement?

Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €12,49. Je zit daarna nergens aan vast.

Is Stuvia te vertrouwen?

4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)

Afgelopen 30 dagen zijn er 69411 samenvattingen verkocht

Opgericht in 2010, al 15 jaar dé plek om samenvattingen te kopen

Begin nu gratis

Samenvatting

Samenvatting Overzicht stof R en RStudio Onderzoeksmethoden en Bio-informatica

Document informatie

Onderwerpen

Geschreven voor

Verkoper

Ontvangen beoordelingen

Voorbeeld van de inhoud