Alle hoorcolleges, practica en xertes verwerkt in één grote samenvatting. Hierin is niet het hele boek meegenomen, maar wel veel van de belangrijke punten.
DT2 Ontwikkelingsbiologie
Cell differentiation and stem cells + Xerte
Differentie van een cel door expressie bepaalde genen
-cel wordt neuronale cel of bijdragen een hematopoetische bloedlijn
-veranderingen zijn gradueel
-na terminale differentiatie -> geen verandering meer
-200 verschillende humane cellen
-structureel anders
-verschillende genexpressie
-10% actieve genen zorgt voor differentiatie/cell fate (micro array/RNAseq)
-na differentiatie geen/beperkt aantal celdelingen
Transcriptiefactoren reguleren expressie genen
-beperkt aantal zorgt al voor fate (1 al!) -> master regulatory gen
-combinatie expressiegenen bepaald celtype
Genexpressie
-gen heeft:
-controle regio -> (core) promotor (5’, bindt TF/RNA polymerase) + enhancer (kunnen ver weg
liggen, beïnvloeden plaats/tijd expressie)
-bepalen of belangrijk is door promotor (controle regio) zetten voor gen wat
normaliter niet gemaakt wordt (mensenhormoon in muis, expressie in ander weefsel,
zie afb) -> komt door binden TF+complex aan controle regio’s
-meer promotors per gen is mogelijk
-coderende regio -> mRNA (intronen worden eiwit, exonen eruit geknipt)
-onvertaalde regio’s -> bindingsplekken eiwitten die reguleren aan ´3-kant (niet altijd in
gebruik, maar kunnen heel belangrijk zijn!)
-RNA polymerase gebruikt 3’-5’ keten, RNA is dus kopie van 5’-3’ keten
,Eiwitcomplex:
-TF reguleren (binden promotor) RNA polymerase II -> transcriptie initiatie complex
-kan activeren/repressen, meerdere enhancers binden, gen kan meerdere enhancers nodig
hebben
-enhancers binden activators/repressors -> reguleren -> co-activator/repressor -> linkt aan TIC
-mediator multi eiwit complex bindt alle activatoren/repressors aan RNA polymerase II
-mogelijk door flexibiliteit DNA
-promotor aan 5’ gen
-controle regio op 5’ of 3’ gen -> kan 1000en kb’en van gen liggen!
Combinatie spatio-temporale (tijd/plaats) expressie bepaalt TF en expressie genen
-vb. even skipped:
-in elk ander parasegment tot expressie
-in vroeg embryo strepen (expressie in parasegmenten, 7 strepen), in laat embryo stipjes
(expressie in mesoderm, spier)
-mogelijk door andere TF expressie in vroeg/laat embryo -> geen activators voor expressie
zeven eve-strepen in laat embryo
-tinman -> laat stage -> hart/spier in mesoderm -> handelt niet alleen!
-late stage activatie zodat geen eve actief in verkeerde regio’s
-combinatie TF brengt expressie even skipped
,Eén massa-TF kan andere TF tot expressie brengen
-gen tot expressie als andere TF binden aan regulatie gebieden
-combinatie en hoeveelheid bepaalt regulatie
-associatie met co-activatoren en co-repressors
-kunnen ook gen hoog/laag tot expressie brengen
Topologically associated domains (TADs) -> sterk gevouwen gebied
-delen van chromatiden wat gevouwen is
-kleuren en hoogte piramide geeft complexiteit vouwing aan
-donker = veel vouwing = hoge piramide
-kunnen megabp in lengten zijn
-kunnen gebieden tussen liggen die minder sterk zijn gevouwen
-gereguleerd door CTCF -> binden cohesine -> trekt DNA erdoor en vouwt dit
-vouwen, zodat TF niet kunnen binden! -> regulatie!
-gevouwen = heterochromatine (donker), niet gevouwen = euchromatine (licht)
, Hoxa cluster ligt tussen twee TADs
-enhancers van dit gen liggen in de sterk gevouwen TAD
-bij expressie cluster -> ontvouwen TADs -> regulatie cluster
In Hoxa cluster
-op E6 (embryonale dag 6) is chromatine gecondenseerd, repressie histonenmarks
-op E7 -> Wnt (Wingless + Int) signalering ontvouwt chromatide -> TF-complexen binden -> activatie
Wnt-responsive enhancers -> afschrijven Hoxa cluster
-hoe verder ontvouwen -> hoe verder Hox afgeschreven
-correleert met anterior-posterior expressie
-voortgaande decondensatie chromatine
-modificatie histonen
-op E10 -> laatste Hoxa gen tot expressie -> anterior Hox gen uit, posterior aan
In Drosophila eiwitten Hox expressie
-expressie: trithorax
-repressie: polycomb
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper thomvd. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €9,49. Je zit daarna nergens aan vast.
