Samenvatting

Samenvatting BIC-10306 Practical Biological Chemistry – Moleculaire Biologie

Name: Samenvatting BIC-10306 Practical Biological Chemistry – Moleculaire Biologie
SKU: doc_382647
Rating: 4.67 (3 reviews)
Author: Marlijne1994

3 beoordelingen

2 keer verkocht

Instelling
Wageningen University (WUR)

Samenvatting van BIC-10306 Practical Biological Chemistry, MOLECULAIRE BIOLOGIE deel. De samenvatting omvat alle stof van de online modules en het introductiecollege. De samenvatting van het introductiecollege is geschreven in het Nederlands, de samenvatting van de online modules is in het Engels.

[Meer zien]

Voorbeeld 4 van de 67 pagina's

Bekijk voorbeeld

Geupload op 29 december 2017
Aantal pagina's 67
Geschreven in 2016/2017
Type Samenvatting

bic 10306
bic10306
bic
10306
nutrition and health
voeding en gezondheid
moleculaire biologie
molecular biology
practical biological chemistry
praktische biologische chemie
wur
summary
samenvatting

3 beoordelingen

Door: sakedevries • 4 jaar geleden

Door: mikehoffman • 4 jaar geleden

Door: marthelamain • 5 jaar geleden

Volgen

Marlijne1994 Lid sinds 9 jaar 92 documenten verkocht

Samenvatting Moleculaire Biologie
Inhoudsopgave
Introductiecollege ................................................................................................................................... 3
Introduction ............................................................................................................................................ 9
Module 1 Genome organisation and gene structure .......................................................................... 10
Part 1 Tomato genome.......................................................................................................................... 10
Genome Complexity .......................................................................................................................... 10
Agarose gel electrophoresis .............................................................................................................. 12
Measuring DNA/RNA concentration ................................................................................................. 14
Restriction enzymes .......................................................................................................................... 14
Part 2 Gene structure ............................................................................................................................ 16
Exercise 2.1 Determining the exon/intron distribution in an eukaryotic gene ................................. 16
Exercise 2.2 Find the transcription start and stop signals ................................................................. 18
Exercise 2.3 Open reading frame, 5’-UTR and 3’-UTR ....................................................................... 20
Part 3 Gene detection ........................................................................................................................... 22
Polymerase Chain Reaction (PCR) ..................................................................................................... 22
Experiment 1b ................................................................................................................................... 25
Southern blotting .............................................................................................................................. 25
BLAST ................................................................................................................................................. 28
CSI case .............................................................................................................................................. 30
Report Experiment 1a & 1b ................................................................................................................... 31
Experiment 1a ................................................................................................................................... 31
Experiment 1b ................................................................................................................................... 33
Module 4 ............................................................................................................................................... 36
Part 1 Cloning ........................................................................................................................................ 36
Step 1 Digestion and ligation............................................................................................................. 37
Step 2 Transformation of competent E. coli cells ............................................................................. 38
Step 3 Selection of transformants ..................................................................................................... 39
Exercise 4.1 Creating a physical map of your recombinant plasmid ................................................. 41
Part 2 Applications ................................................................................................................................ 42
Genome library .................................................................................................................................. 42
cDNA library....................................................................................................................................... 42
GFP-fusion ......................................................................................................................................... 43
Reporter construct ............................................................................................................................ 44
Expression vector .............................................................................................................................. 44
Report module 4.................................................................................................................................... 46

1 BIC-10306 Practical Biological Chemistry – Moleculaire Biologie

,Module 2 ............................................................................................................................................... 49
Part 1 Transcription ............................................................................................................................... 49
Alternative splicing ............................................................................................................................ 52
Part 2 RT-PCR ......................................................................................................................................... 54
RT-PCR ............................................................................................................................................... 54
RNA isolation ..................................................................................................................................... 54
qPCR .................................................................................................................................................. 56
Part 3 Sequencing .................................................................................................................................. 57
Report module 2.................................................................................................................................... 59
Module 3 ............................................................................................................................................... 62
Part 1 Western blot ............................................................................................................................... 62
Part 2 Mutations.................................................................................................................................... 65
Exercise 3.1 ........................................................................................................................................ 65
Exercise 3.2 ........................................................................................................................................ 65
Report module 3.................................................................................................................................... 66

2 BIC-10306 Practical Biological Chemistry – Moleculaire Biologie

,Introductiecollege
Symbiose is nauwe samenwerking tussen bacteriën of schimmels en planten (bijv. tussen rhizobium
bacteriën en planten als erwt, soja, klaver of pinda, of met arbusculaire mycorrhiza schimmels).

RUBISCO
Ribulose-1,5-biphosphate carboxylase
CO2 in suikers in fotosynthese (planten &
bacteriën, meest voorkomende eiwit ter
wereld)

Genoom organisatie in eukaryoten
Mensen en apen verschillen maar 1.23% in
de genen.

Tomaten genoom
• 12 chromosomen
• Diploïd: 2 kopieën van elk
chromosoom: 2n = 24
• 900.000.000 bp = 900 x 106 bp =
900 x 103 kb = 900 Mb

Organismes op volgorde van genoom grootte (van klein naar groot)
Klein genoom: minste bp. Groot genoom: meeste bp.
1. Arabidopsis 120,000,000 bp
2. Tomaat 900,000,000 bp
3. Kip 1,000,000,000 bp
4. Mens 3,000,000,000 bp
5. Ui 15,000,000,000 bp
6. Amoebe 670,000,000,000 bp

C-value paradox: genoom grootte correleert niet met de complexiteit van een organisme of het aantal
genen

3 BIC-10306 Practical Biological Chemistry – Moleculaire Biologie

, Genomen van (hogere) eukaryoten bevatten veel niet-coderend DNA

Intronen zijn over het algemeen groter dan exonen.
Exonen worden getransleerd naar mRNA  coderen voor eiwitten

Human genome: 3 x 109 bp = 3000 Mb
•  22,000 genen
•  19,000 pseudo-genen
• <3 % van het genoom codeert voor eiwit

Eukaryoot DNA bevat heel veel repetitief DNA
Single copy: uniek, komen maar 1x voor.
Spacer DNA: tussen genen, maar wel uniek.
Repetitief DNA (grootste deel) komen meerdere keren voor.
• Functional sequences: functie bekend. Niet 100% hetzelfde maar lijken veel op elkaar.
o Dispersed: op verschillende genomen.
o Tandem: vlak naast elkaar op een genoom.
• Sequence with no known function: “junk”.

4 BIC-10306 Practical Biological Chemistry – Moleculaire Biologie

Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:

Bewezen kwaliteit door reviews

Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!

In een paar klikken geregeld

Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, creditcard of je Stuvia-tegoed en je bent klaar. Geen abonnement nodig.

Direct to-the-point

Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.