100% tevredenheidsgarantie Direct beschikbaar na je betaling Lees online óf als PDF Geen vaste maandelijkse kosten
logo-home
Eerder door jou gezocht
Eerder door jou gezocht
logo
Volledige samenvatting hoofdstuk 4 methoden in het biomedisch onderzoek 3 €4,99
In winkelwagen
Snel navigeren naar
Voorbeeld
  2.  
  3. Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)
  4.  
  5. Biomedische Wetenschappen

Samenvatting

Volledige samenvatting hoofdstuk 4 methoden in het biomedisch onderzoek 3
 0 keer verkocht
  • Vak
  • (E0F95A)
  • Instelling
  • Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)

Volledige samenvatting hoofdstuk 4 van methoden in het biomedisch onderzoek 3. Hoge punten al bewezen na gebruik van deze samenvatting, 16+/20!

Voorbeeld 4 van de 34  pagina's

Document informatie

  • 16 november 2023
  • 34
  • 2022/2023
  • Samenvatting

Onderwerpen

  • methoden
  • methoden 3
  • bmw
  • biomedische wetenschappen
  • leuven
  • methoden in het biomedisch onderzoek
  • methoden in het biomedisch onderzoek 3

Geschreven voor

  • Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven)
  • Biomedische Wetenschappen
  • (E0F95A)

Verkoper

avatar-seller
lukanys11

Ontvangen beoordelingen

Voorbeeld van de inhoud

4. Eiwitten
Complex, grote verscheidenheid, verschillende structuren (2nd, 3rd, 4th), dynamische regeling
(modificaties, etc.)

 DNA dat zoveel mogelijk constant is.

Methoden 1 => bekijk massa-spectrometrie nog eens!

Methoden 2 => [eiwit], geheel van eiwitten

Methoden 3 => Naar een specifiek eiwit gaan kijken




4.1.
Sequentiebepaling Phenyl-IsoThioCyanaat (PITC)
4.1.1.
CyanaatEdman
is een reactieve groep
degradatie
die graag elektronen ontvangt
①
=> nucleofiele aanval!!


②

④




③ HPLC = High Performance
Liquid Chromatography




① eiwit van interesse + reagens PITC. Nucleofiele aanval waardoor er een binding ontstaat tussen
beide reagentia.

② pH-verandering  reshuffling, laatste AZ wordt vastgehangen aan de fenylgroep (aromatisch)
③ HPLC zal AZ dat loskomt van peptide-keten identificeren. Wnr AZ loskomt van kolom geeft het de
info welk AZ het is.

,④ Stap per stap, telkens 1 AZ afsplitsen en na gaan welk AZ het is adhv. HPLC, Cyclisch!
Sequentiebepaling volgens Edman degradatie erg omslachtig, 40 à 60 AZ per peptide. Is nu
geautomatiseerd. Deze eiwitsequenties worden al in databanken opgeslagen (UniprotKB/SwissProt).




4.1.2. Eiwit sequentiebepaling via massa spectrometrie
DOEL: sequentiebepaling van een eiwit.

Stap 1: Protease digestie

We starten van een zuiver eiwit, bekomen door een 2D-gelelektroforese. We voegen proteasen toe
voor fragmentatie van de eiwitten, zo krijgen we een pool van peptiden afkomstig van zuiver eiwit.

Bij voorkeur met Trypsine, endopeptidase  levert peptiden van ≤ 20AZ. Deze peptiden hebben een
C-terminaal basisch residu. Na ionisatie: 2 + ladingen: NH2 terminaal en C terminaal (eenvoudiger
spectrum als alle peptiden een dubbele lading hebben).

Stap 2: Scheiding eiwitfragmenten

Kolomchromatografie: bv. Reverse Phage  2D elektroforese voor zeer complexe mengsels,
verwijdert contaminanten (bv. buffercomponenten)

Directe koppeling met MS is mogelijk

4.1.2.1. MALDI-TOF
Matrix op staal aanbrengen en met laser licht op schijnen. Zo matrix activeren en gaan ladingen
overbrengen naar het eiwit. Moleculen met lading gaan we nu scheiden op massa, Time Of Flight
(TOF), hoe kleiner de moleculen = hoe sneller.

Ladingen nodig voor zowel scheiding als detectie. Zonder ladingen geen signaal.

MALDI is een manier om een molecule een lading te geven => LASER die op staal afvuurt

,Dan geladen moleculen scheiden volgens massa en lading met TOF

 RESULTAAT = Fingerprint: Kijken in de databanken als ik een eiwit heb met al die ≠ massa’s
van fragmenten van peptiden, met welk eiwit komt dit dan overeen?
 geen zuivere sequentie-bepaling, we kijken naar massa’s van peptiden.

4.1.2.2. MS/MS (verdere fragmentatie)
 echte AZ-sequentie bepaling

Elektro Spray Ionisation, ESI => lading geven aan peptiden. Waarna de geladen peptiden overgaan tot
de Quadrupool. 4 metalen staven met wisselspanning oscillerende ionen met bepaalde massa. Ionen
met ≠ massa botsen tegen de rand. Zo selecteren op specifieke massa, door ionen 1 voor 1 door deze
quadrupool te laten gaan. Je kan massa kiezen => wisselstroom aan te passen.

- Q1: intacte peptides scheiden van elkaar volgens massa
- Q2: collision cell: komen met inert gas. Fragmenten uit eerste quadrupool laat met in Q2
botsen met een inert gas. Zo breken de fragmenten nog op in kleinere fragmenten.
Afhankelijk van de Energie van de fragmenten worden ze op verschillende plaatsen gesplitst.
- Q3: de massa van die fragmentjes gaan we hier meten. Als we goed de E kiezen waarmee de
fragmenten Q1 verlaten richting de collision cell in Q2, kunnen we na elk AZ een splitsing
krijgen => AZ-sequentie aflezen.



x, y, z => vanaf C-terminus splitsing

a, b, c => vanaf N-terminus splitsing

subscript wijst op aantal AZ’en in fragment

,  Spectrum waaruit AZ-sequentie afgeleid kan worden. Heel moeilijk met isomeren (zelfde
atomen en massa), isobaren (gelijke massa maar ≠ atomen), massa dipeptiden, etc.
 Gebruik van databases om eiwitten te identificeren



4.2. Proteoomanalyse
Methoden voor analyse van specifieke eiwitten.

Naar zoveel mogelijk eiwitten tegelijk kijken.

- Targeted = kijken naar vooraf geselecteerd
- Untargeted = wat zit er in?
- Differentiële proteomics = kijken naar verschillen tussen ≠ stalen in proteoom, next-
generation proteoomanalyse

4.2.1. Bulk analyse
Eiwit-identificatie en/of -kwantificatie van het volledige of gedeeltelijke proteoom

a) Untargeted
b) Targeted
c) Differentiële proteomics
d) Next generation

a.




Untargeted/exploratieve/discovery proteomics
1. BOTTOM-UP

Shotgun proteomics, eiwit knippen in peptide
waarna ze gescheiden en gesequenced
worden in MS

 Identificatie mogelijk!

2. TOP-DOWN

Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:

Bewezen kwaliteit door reviews

Bewezen kwaliteit door reviews

Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!

In een paar klikken geregeld

In een paar klikken geregeld

Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, creditcard of je Stuvia-tegoed en je bent klaar. Geen abonnement nodig.

Direct to-the-point

Direct to-the-point

Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.

Van wie koop ik deze samenvatting?

Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper lukanys11. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.

Zit ik meteen vast aan een abonnement?

Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €4,99. Je zit daarna nergens aan vast.

Is Stuvia te vertrouwen?

4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)

Afgelopen 30 dagen zijn er 69052 samenvattingen verkocht

Opgericht in 2010, al 15 jaar dé plek om samenvattingen te kopen

Begin nu gratis

Laatst bekeken door jou

Tentamen (uitwerkingen) ·

(0)

NURS 6650 FINAL EXAM 3 – QUESTION AND ANSWERS

€4,99
  • (0)
In winkelwagen
Toegevoegd