Medische microbiologie
Virologie – Introductie
Introductie
- Virussen bestaan al heel lang
- Elke levensvorm op aarde heeft zijn eigen virus: bacteriën, schimmels, planten, dieren, zelfs
sommige virussen hebben virussen
- Er bestaat geen apart koninkrijk voor virussen: de huidige virussen stammen niet af van één
enkel prehistorisch virus
- Virussen omvatten de kleinste en meest voorkomende biologische agentia in de hele biosfeer.
De oceanen van onze wereld wemelen van virussen, met ongeveer 107 virusdeeltjes/ml
oppervlaktezeewater.
- Bacteriofagen, of virussen die specifiek bacteriën infecteren, zijn het numeriek dominante
type virus in de mariene ecosystemen; Vaak zijn ze in aantal groter dan hun gastheren met
minstens één orde van grootte.
Virome: alle virussen in het lichaam of in een bepaald orgaan
- Detectie door middel van sequencing met hoge doorvoer
- Bijvoorbeeld Analyse van het cutane viroom van het oppervlak van een gezonde huid toonde
een grote diversiteit van de virale huidflora aan, waarbij meerdere polyomavirussen,
papillomavirussen en circovirussen werden gedetecteerd
Classificatie van virussen
- Het woord virus is Latijn en betekent vergif
- Virussen worden geclassificeerd zoals andere soorten: volgens het door Linnaeus ontwikkelde
systeem
- Belangrijk is het type genoom (enkelstrengig, dubbelstrengig, RNA of DNA, symmetrie van
het deeltje, omhuld of niet-omhuld, gesegmenteerd genoom of niet).
- De classificatie van Baltimore is alleen gebaseerd op het type genoom en replicatiestrategie.
Virussen houden zichzelf niet in stand, ook al evolueren ze
Tien redenen om virussen uit te sluiten van de levensboom
- Virussen leven niet
- Virussen zijn polyfyletisch
- Er zijn geen voorouderlijke virale lijnen
- Verre gastheren impliceren niet de oudheid
- Virale lijnen missen structurele continuïteit
, - Metabolische genen van virussen hebben een cellulaire oorsprong
- Translatiegenen (mimivirus) ook
- Virussen zijn genenrovers
- Genoverdracht vindt meestal plaats van gastheer naar virus
- Eenvoud betekent niet de oudheid
Praktische problemen met virusboom
- Er bestaan alle soorten genomen: ssDNA, dsDNA, (+)ssRNA, (-)ssRNA, dsRNA
- Geen enkel gen wordt gedeeld tussen alle virussen die we kennen
- Veel virussen en virusfamilies hebben duidelijk een gemeenschappelijke oorsprong, maar hoe
zijn ze met elkaar verbonden?
Viruseigenschappen
- Ze zijn gemaakt van moleculen die we in levende wezens zien: nucleotiden, eiwitten, suikers
- Ze kunnen evolueren (= muteren) en zich aanpassen aan hun omgeving
Kleinste virussen bekend
- De kleinste virussen die mensen infecteren zijn de hepadnavirussen, circulaire dsDNA-
virussen zoals het hepatitis B-virus, met een genoomgrootte van ± 3 kb
- Nog kleinere virussen zijn de circovirussen, ssDNA-virussen zoals porcine circovirus 2 met een
genoom van 1786 nt
Viroïden en viroïden zijn nog kleiner
- De kleinste bekende virusachtige entiteiten zijn viroïden en virusoïden, die voornamelijk
planten infecteren
- Viroïden zijn plantenpathogenen die bestaan uit een kort stuk zeer gestructureerd, circulair,
enkelstrengs RNA zonder eiwitmantel. Ze coderen niet voor eiwitten, maar zijn
zelfreplicerend. De kleinste bekende viroïde is een RNA van 220 nt geassocieerd met
rijstgeelmottle-sobemovirus
- Virusoïden zijn circulaire enkelstrengige RNA's die voor replicatie en inkapseling afhankelijk
zijn van plantenvirussen. Daarom worden ze satellieten genoemd. Het genoom van
virusoïden bestaat uit enkele honderden nucleotiden en codeert alleen voor structurele
eiwitten
- De enige bekende satelliet bij mensen is het hepatitis-deltavirus (HDV), een 1680 nt lang RNA
dat voor inkapseling afhankelijk is van het hepatitis B-virus (HBV). Het repliceert door
gastheer-DNA-afhankelijke RNA-polymerasen om te leiden naar RNA als sjabloon
Grootste virussen op aarde
- De grootste bekende virussen behoren tot de familie van Megaviridae (o.a. Megavirus,
Mimivirus): lineaire dsDNA-virussen met een genoom >1Mb. Ze infecteren de in zee levende
, Acanthamoeba. De virionen van Megavirus zijn ± 680 nm, het genoom codeert voor ± 1120
eiwitten en 3 tRNA’s
- De grootste virussen die mensen infecteren zijn de herpesvirussen, lineaire dsDNA-virussen
met een genoomgrootte van ongeveer 200 kb
- Orthopokkenvirussen, zoals het variolavirus (VARV, dat pokken veroorzaakt) en het Mpox-
virus, zijn ook groot: VARV-genoomgrootte = ± 185.600 bp
RNA-virussen
- Zeer grote virussen kunnen geen RNA-genoom hebben vanwege de instabiliteit van grote
RNA-moleculen
- De grootste RNA-virussen die mensen infecteren zijn coronavirussen (genoomgrootte ± 33
kb)
- Ook: ontrouw van RNA-replicatie
- RNA-virussen zijn vaak gesegmenteerd,
o bijv. influenzavirus, hantavirus, rotavirus
Voorgestelde oorsprong van virussen
- Fossielen uit een oude RNA-wereld (= pre-DNA/pre-eiwitwereld)
- Overblijfselen uit een pre-cellulaire wereld
- Gedegenereerde cellen (worden parasitaire cellen)
- Ontsnapte genen
- Ontsnapte kernen
- Zouden ze allemaal waar kunnen zijn?
Voorgestelde oorsprong van virussen
- Fossielen uit een oude RNA-wereld (= pre-DNA/pre-eiwitwereld): viroïden, virusoïden, RNA-
virussen?
- Overblijfselen uit een pre-cellulaire wereld: allemaal (theorie: alle virusgroepen ontstonden
vóór de LUCA, de laatste universele cellulaire voorouder)
- De vlindervisie
o Virusinfectie transformeert cellen in virusfabrieken
o Misschien is de cellulaire fase van het virus de echte vorm, en niet het virion
Samenvatting
- Virussen zijn overal
- De meeste virussen infecteren bacteriën en planten
- Maar sommige virussen infecteren mensen
- En veel daarvan zijn pathogeen
- Omdat ze interfereren met het metabolisme van de cel en/of een verwoestende
immuunrespons oproepen
, Virologie – Binnenkomst, replicatie en uitgang van virussen
Virussen hebben de cellulaire machinerie nodig om hun replicatiecyclus te voltooien
- Virus heeft ribosomen nodig van de gastheer
- Bijvoorbeeld geen enkel virus kan eiwitten synthetiseren!
o Translatie kan de virus nooit
Ze moeten dus cellen binnengaan om de faciliteiten van de cel te gebruiken
Hoe komen virussen binnen in de gastheer
1. Omdat het lichaam van een gastheer zeer goed beschermd is tegen indringers door het
grootste orgaan van allemaal, de huid, moet een virus op de zwakste punten binnendringen,
zoals de ogen, de mond, de vagina of de anus
2. Wanneer een virus zich al in het lichaam van de moeder bevindt, kan het soms worden
overgedragen op haar ongeboren kind
Voorbeelden
- Ogen: influenzavirus, rhinovirus
- Mond: alle respiratoire virussen inclusief influenzavirus, norovirus, de meeste herpesvirussen
- Huid: door beten van geleedpotigen: denguevirus; door beten van zoogdieren: rabiësvirus;
via injectie met naalden: HCV, HBV
- Vagina/Anus: HIV, HSV2, HPV
- Placenta: HIV, CMV, rodehondvirus
Nu ons virus een gastheer is binnengedrongen, moet het een cel binnendringen
- Virussen gebruiken een Trojaans paard-strategie om een cel binnen te dringen
o Het “slachtoffer” assisteert de indringer
o Het virus doet zich voor als iets anders en wordt dus actief door het celmembraan
getransporteerd
o De virussen binden aan bepaalde eiwitten die door het celmembraan steken
Virustype en toegangsmechanisme
- Twee soorten virussen:
o Omhulde virussen
o Niet-omhulde virussen
- Twee soorten toegangsmechanismen:
o Directe membraanfusie (door virus geïnduceerde toegang tot de signaalroute)
▪ De envelop blijft buiten
o Endocytose