Samenvatting
Samenvatting PBC (Practical Biological Chemistry)
Samenvatting van zowel de colleges als practica van het vak 'Practical Biological Chemistry'.
[Meer zien]Voorbeeld 3 van de 23 pagina's
Voorbeeld 3 van de 23 pagina's
In winkelwagengesponsord bericht van onze partner
Voorbeeld van de inhoud
Moleculaire biologieVoorcollege
rubisco zet CO2 om in suikers
grootte van DNA/hoeveelheid zegt niks over de complexiteit/intelligentie van het organisme
- genen kunnen verder uit elkaar liggen
- exonen en intronen
minder dan 3% van het genoom codeert voor eiwit
DNA in kern: kleine subunit rubisco
DNA in chloroplast: grote subunit rubisco
homologe genen: sequentie lijkt op elkaar, hoeft niet 100% hetzelfde te zijn
genduplicatie (tandem-/whole genome duplication) leiden tot
- pseudogenesatie; mutatie (of)
- neofunctionalisme; nieuwe functie (of)
- subfunctionalisatie; genen werken niet overal meer helemaal
transposon met transposase
- Ds = niet autonoom
- Ac = autonoom
retrotransposon met reverse transcriptase
transposable elements
- genetische variatie
- mutatie
- genoom reorganisatie
- invloed genexpressie
Module 1 genoom organisatie en genstructuur in eukaryoten
Tomaat genoom
C-value = gen grootte
C-value paradox = C-value is compleet onafhankelijk van de verwachte hoeveelheid DNA (&
onafhankelijk van grootte/complexiteit/intelligentie van een organisme)
Veel DNA in het genoom codeert niet voor genen; werd vroeger junk DNA genoemd
- nu weten we dat veel ‘junk’ DNA een rol speelt in de juiste organisatie van de
chromatine en bij de regulatie van de genactiviteit
Bij de mens codeert slechts 3% van het genoom voor een eiwit coderend gen
allelen: de 2 kopieën in een gen
- variant van een gen op een specifieke positie (locus) in het chromosoom
- dezelfde allelen = homozygoot
- tegengestelde allelen = heterozygoot
minder compact DNA is beter toegankelijk voor DNA bindingseiwitten
heterochromatine: sterk gecondenseerd/compact DNA (donker gekleurd) > meestal
inactieve genen
,euchromatine: veel minder compact DNA (licht gekleurd) > actief DNA; beter toegankelijk
voor DNA bindingseiwitten > meestal actieve genen
chromatin remodeling enzymes: zorgen voor de verhouding hetero- en euchromatine
oppervlak; kan verschillen binnen cellen in een organisme
plantencel; DNA dat codeert voor genen: nucleus, mitochondriën, chloroplast
endosymbiose theorie: ontstaan van mitochondriën en chloroplasten
bacteriën
- centrale genoom is circulair
- DNA ligt in cytoplasma
- transcriptie en translatie vindt plaats in cytoplasma
planten
- DNA verpakt in lineaire chromosomen
- DNA ligt in nucleus
- transcriptie en translatie vindt plaats op verschillende plekken in de cel
agarose gel electrophorese = DNA bestuderen door het scheiden en visualiseren van DNA
moleculen op basis van hun grootte (50bp - 20kb)
kleine DNA fragmenten kunnen makkelijker door de gel heen ‘lopen’ dan grote DNA
fragmenten
het lopen door de gel gebeurd onder invloed van een elektrisch veld
DNA is negatief geladen (in neutrale omgeving) door fosfaatgroepen in de nucleotiden
- DNA zal van - naar + pool lopen
hoeveelheid agarose bepaald resolutie/’scheid’capaciteit van de gel
meestal 1% agarose;
meer levert kleinere poriën op > kleine fragmenten beter te scheiden;
minder levert grotere poriën op > beter om grote fragmenten te scheiden
als de hoeveelheid bp te veel of weinig is om te scheiden, dan zie je enkel 1 band
met UV licht maakt je de DNA bands zichtbaar
UV licht veroorzaakt mogelijke mutaties in DNA en kan de dubbele DNA-streng breken
DNA en RNA absorbeert licht op 260 nm, eiwitten op 280 nm
met spectrofotometer kun je de OD (optical density) meten
Lambert-Beer law: OD (A) = 𝜀 ⋅ 𝑐 ⋅ 𝐿
A=absorptie (), L=lengte lichtweg (cm), c=concentratie moleculen (mol/L=M), 𝜀=molaire
extinctiecoëfficiënt (L/mol/cm)
analyseren en manipuleren van DNA kan met knippen en plakken, mbv restrictie-enzymen
restrictie-enzymen zijn vaak vernoemd naar de bacterie waar ze als eerst van geïsoleerd zijn
- EcoRI: Restrictie-enzym I van E. coli
restrictie-enzymen herkennen specifieke sequenties: restriction sites
- EcoRI is een 6-cutter; herkent een 6-bp sequentie (GAATTC)
- levert een sticky end op:
- blunt end: bijvoorbeeld GGGCCC
bacteriën modificeren hun eigen DNA (methylering) > wordt niet meer herkent door restrictie
enzymen
, restrictie enzymen knippen een reproduceerbaar digestie patroon, elk enzym; ander patroon
kans om een bepaalde nucleotide op een positie te vinden is ¼, dus de kans om een
sequentie van n basen te vinden is 1/(4^n)
als het genoom m bp heeft dan: m/n = DNA-fragmenten
concentratie van een restrictie-enzym is in units/µl
- 1 unit enzym kan 1 µg DNA verteren in een uur tijd (op juiste temperatuur vaak 37℃)
partiele vertering: enzym heeft niet op elke restrictie site geknipt/geplakt
dubbele vertering: verteren van DNA met 2 verschillende restrictie enzymen (zelfde moment)
Genstructuur
cDNA is mRNA met een complementaire streng en bevat geen introns (alleen exons)
positie van introns en exons is te bepalen door vergelijken van genDNA en cDNA sequenties
= aligning
- rood is een mismatch
- rood en een - betekent een missende base (meerdere - is een gap)
startsignaal voor transcriptie ligt op de promotor (reguleert expressie)
TATA-box (op promotor) is enzymbindingsplaats voor RNA-polymerase
- 5’-TATAAAA-3’ (variaties: TATTAAA, TATTAAT, TATATAA)
eukaryoten: transcriptiefactoren nodig om die binding plaats te laten vinden
- essentieel voor RNA-synthese door RNA-polymerase
promotor zit in genomDNA, niet in cDNA
polyadenylationsite: signaalsequentie voor het einde van mRNA > daar kan
polyadenylatiecomplex binden (stabiliseert het einde van mRNA (3’) door toevoeging van
poly-A-staart)
die signaalsequentie kan niet functioneren in een intron, slicing vindt plaats voor de
polyadenylatie
ORF = open reading frame; begint met startcodon AUG (methionine) en eindigt met
stopcodon
- stopcodon is niet onderdeel van ORF, want codeert niet voor aminozuur; wordt niet
getransleerd
codon: 3 basen die samen coderen voor een aminozuur
dubbelstrengs DNA bevat 6 ORF’s
in je eiwitsequentie wordt een stopcodon weergegeven met *
UTR = untranslated region
stopcodon hoort bij 3’UTR (wordt niet getransleerd)
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper sanne035. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €4,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 71498 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen