College aantekeningen

Aantekeningen hoorcollege 5: DNA sequencing. Introduction to Bioinformatics

0 keer verkocht

Instelling
Vrije Universiteit Amsterdam (VU)

De aantekeningen van hoorcollege 5 over DNA sequencing van het vak introduction to bioinformatics. Het document bevat duidelijke afbeeldingen. Verder is het overzichtelijk en duidelijk gemarkeerd.

[Meer zien]

Voorbeeld 2 van de 6 pagina's

Bekijk voorbeeld

Geupload op 14 februari 2024
Aantal pagina's 6
Geschreven in 2023/2024
Type College aantekeningen
Docent(en) Evert bosdriesz
Bevat Hoorcollege 5

bioinformatics
sanger sequencing
illumina
electrophoresis
de bruijn graphs
universal string problem
1st 2nd 3th generation sequencing
oxford nanopore sequencing

Volgen

dboone264 Lid sinds 1 jaar 9 documenten verkocht

€4,48

Ook beschikbaar in voordeelbundel v.a. €15,49

In winkelwagen

Opslaan

100% tevredenheidsgarantie
Direct beschikbaar na je betaling
Lees online óf als PDF
Geen vaste maandelijkse kosten

Ook beschikbaar in voordeelbundel (1)

Introduction to Bioinformatics: alle hoorcollege aantekeningen

€ 22,40 € 15,49 5 items

1. College aantekeningen - Aantekeningen hoorcollege 6: machine learning. introduction to bioinformatics
2. College aantekeningen - Aantekeningen hoorcollege 5: dna sequencing. introduction to bioinformatics
3. College aantekeningen - Aantekeningen hoorcollege 4: transcriptomics / rna-sequencing . introduction to bioin...
4. College aantekeningen - Aantekeningen hoorcollege 3: alignments . introduction to bioinformatics
5. College aantekeningen - Aantekeningen hoorcollege 2: protein structures & sequence profiles . introduction to...
Meer zien

Introduction to bioinformatics
Hoorcollege 5 – 22 januari 2024
DNA sequencing
Genome sequencing: to determine the order of nucleotides of a DNA molecule
Nitrogenous bases: Adenine, Guanine, Thymine, Cytosine

Sugar and phosphate
Photo 51: molecular structure of nucleic acids

1st Generation Sequencing
- Sanger sequencing “chain termination”
First to use primers
Radiolabeled ddNTP (Dideoxynucleotides)
- Applied Biosystems
Fluorescent instead of radioactive ddNTP
Further improved later by capillarity electrophoresis & laser detection
- Whole Genome Sequencing
Break DNA in small fragments randomly
Sanger sequencing of each fragment
Assemble sequenced fragments together (assembly problem)
Difficult and time consuming

2nd Generation Sequencing
Pyrosequencing
First mass parallelization of sequencing reactions

, Substitution of radio/fluorescent labeled nt by luciferase technique
- Illumina sequencing
Flowcell with adapters complementary to DNA libraries
Bridge amplification produces cluster of clonal population of each original sequence
- SOLiD (Sequencing by Oligonucleotide ligation and detection) by Applied Biosystems
Sequencing by ligation, not by synthesis (less depth and length)
Based on polony sequence method
“Post-light” sequencing (measure PH change after addition of nucleotides)

3rd Generation Sequencing
Long read sequencing, no need to fragment DNA molecule.
ONT (Oxford Nanopore) and PacBio (Pacific Biosciences)

Cost per human genome
A big drop in 2007  they developed a next generating sequencing

Don’t have to know the dates etcetera. Need to know difference between 1/2/3 generation
First-generation methods enabled sequencing of clonal DNA populations.
The second-generation massively increased throughput by parallelizing many reactions.
Third-generation methods allow direct sequencing of single DNA molecules.

Sanger, illumine and ONT sequencing
DNA: Deoxy ribonucleic acid
2 Hydroxy group – Sugar - Phosphate
Hydroxy on 3’ is critical

Sanger sequencing
- Phosphodiester bonds between the 3'-hydroxyl group and the 5'-alpha-phosphate
- dNTPs are added to the 3’ end hydroxyl (5’ – 3’ sense)
- lack of hydroxyl group on 3’ end leads to chain termination
ddNTP: no OH on 3’. This stops the sequencing

Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:

Bewezen kwaliteit door reviews

Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!

In een paar klikken geregeld

Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, creditcard of je Stuvia-tegoed en je bent klaar. Geen abonnement nodig.

Direct to-the-point

Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.